Ограбив свою часть города, Боэмунд возвратился в Антиохию. Граф Раймунд предложил баронам собраться на совет в Ругье. Там он предложил свою кандидатуру в руководители похода на Иерусалим, обещал в этом случае платить жалование князьям и баронам. Он предложил по десять тысяч су Готфриду и Роберу Нормандскому, шесть тысяч Роберу Фландрскому, тысяч пять Танкреду и меньшие суммы другим баронам, очевидно, исходя из численности их армий. Согласились на это только Танкред (возможно, с одобрения Боэмунда, который хотел держать графа под наблюдением) и Робер Нормандский. Граф также принес князьям жалобу на Боэмунда, ограбившего принадлежащую ему Маарру. В ответ Боэмунд отказался от всякого общения с графом до тех пор, пока тот не выведет свои отряды из Антиохии.
Между тем бедный народ и калеки со всей армии, собравшиеся в Маарре, голодали, доходило даже до случаев проявления каннибализма. Узнав о распрях среди господ, они потребовали скорейшего продолжения похода на Иерусалим. Аноним рассказывает: «Франки пребывали в этом городе один месяц и четыре дня, как раз в это время скончался епископ Оранжский. Среди наших были такие, кто не смог найти то, в чем испытывал нужду, так как возникли трудности с пропитанием, как из-за длительности остановки, так и потому, что вне города они ничего не могли отыскать. И они вспарывали тела [арабов], потому что находили в их внутренностях безанты, которые те там попрятали; а кое-кто сдирал с мертвецов кожу и варил, чтобы есть».
Раймунд из Агийе пишет: «Бедняки были возмущены, узнав, что граф намерен оставить в Маарре многих рыцарей и пеших воинов из своего войска для ее охраны. "Как, — раздавались речи, — был спор из-за Антиохии, а теперь спор из-за Маарры! И во всяком месте, которое нам отдал бы Бог, будет распря между предводителями. А войско Божье будет уменьшаться! Нет, пусть в этом городе окончательно прекратятся раздоры. Пойдем и разрушим его стены, и тогда установится мир между крестоносцами, и граф уже наверняка обретет уверенность, что не утратит город…" И поднялись калеки со своих лежанок и, упираясь на костыли, двинулись к стенам. И там ослабевший от голода человек легко выворачивал из стены и далеко откатывал такой камень, который едва ли могли тащить три или четыре пары быков… И едва ли был среди народа кто-нибудь чересчур слабый или больной, кто остался бы в стороне от разрушения стен». Стены были срыты, мечети и жилища сожжены и разрушены, Маарра уже никогда не смогла от этого оправиться.
При этом известии Раймунд поспешил обратно в город. Благочестивый граф увидел в этом Божье вмешательство. 13 января 1099 г. он как кающийся грешник, босой, во главе своих войск вышел из Маарры и направился к Иерусалиму, остатки города были подожжены.
Участь Антиохии, населенной в основном христианами, не привлекла внимания мусульман. Участь же арабского города Маарры вызвала ужас и возмущение и приблизила начало джихада — священной войны. Помимо этого, мусульманский мир был поражен железной стойкостью голодавших в Маарре христиан.
Крестоносцы двинулись на юг двумя армиями. Первая армия, состоявшая из войск графа Тулузского и присоединившихся к нему войск герцога Робера Нормандского и Танкреда, шла восточнее Ансарийских гор. Вторая армия, состоявшая из войск Готфрида Бульонского и Робера Фландрского, вышла, подталкиваемая нетерпением солдат, на месяц позднее и шла вдоль побережья.
Князь Антиохийский Боэмунд сопровождал ее до Аатакии, а затем в нарушение клятвы вернулся в Антиохию. Он опасался нападения на нее византийцев, которые могли бы высадиться в Латакии. В свое оправдание он объяснил, что будет прикрывать паломников с тыла, когда те пойдут к Иерусалиму, и обещал выслать подкрепления. Оставленные графом Тулузским в Антиохии войска не удержались против Боэмунда и поспешили вдогонку за Раймундом.
Затем Боэмунду в союзе с киликийскими армянами пришлось дать отпор византийской армии, пришедшей подчинить императору Киликию (а затем, если удастся, и Антиохию). Византийские войска ушли из Киликии и заняли город Мараш. Далее Боэмунд взялся за Латакию. Овладеть Латакией для Боэмунда значило не только уменьшить угрозу нападения византийцев, но и приобрести необходимую для связи с Европой гавань, которая была больше и удобнее маленькой гавани Сен-Симеон.
Остался в Эдессе и Бодуэн. Он не явился на военный совет в Антиохии 5 ноября 1098 г. и не пошел освобождать Иерусалим. Вместо этого он продолжил расширять свои земли по обеим сторонам Евфрата на восток и на север.