Несмотря на преимущество в численности воинов, крестоносцев было слишком мало, чтобы плотно окружить весь город, укрепления которого протянулись на четыре километра. Они расположились только в тех местах, где город был уязвим для штурма, где можно было подобраться к стенам вплотную. На севере, против Цветочных ворот, разбили лагерь войска Робера Нормандского; на северо-западе, против ворот Святого Стефана (сегодня Дамасские), — войска Робера Фландрского; далее, до Яффских ворот, — войска Готфрида Бульонского, к которому присоединился Танкред, пришедший из Вифлеема и пригнавший захваченные по дороге стада; далее, на юг, против цитадели (башни Давида), — войска Раймунда Тулузского. Через пару дней он перебрался южнее, на гору Сион, а Готфрид перевел свой лагерь на север и разместился восточнее лагеря Робера Фландрского. На восточной стороне города крестоносцев не было.
Единственным источником воды у крестоносцев был Силоамский пруд к югу от Иерусалима, но людей, шедших по воду, можно было обстреливать из города из камнеметательных машин. Раймунд из Агийе рассказывает: «Силоамский источник у подножья горы Сион тек только каждый третий день. Жажда заставляла многих бросаться к источнику. Много вьючных животных и скота погибали в давке. В том месте, где вода вытекает из-под скалы, сильные толкались и бились [за воду] чуть ли не насмерть, в [высохшем] пруду валялись мертвые животные. Слабые лежали у источника, и их раскрытые рты онемели из-за высохших языков. Простирая руки, они умоляли о воде счастливцев… Пяти серебряных монет не хватало, чтобы купить воды на день».
Впрочем, жажду испытывали не все: «У знати и у тех еще, кто имел для этого деньги, постоянно были в изобилии виноград и вино; у бедных, лишенных всех средств паломников, как им положено, даже в воде был большой недостаток» (Альберт из Аахена).
Зной, пыль, скудость продовольствия, недостаток воды и слухи о вышедшей на выручку Иерусалима египетской армии заставили крестоносцев понять, что на долгую осаду рассчитывать не приходится и нужно штурмовать город как можно скорее.
12 июня паломники предприняли крестный ход на Масличную гору. Там местный старик-христианин предложил им атаковать город на следующее утро, убедив их, что Бог дарует им победу, если они истинно веруют.
Первый штурм был неудачным. Аноним рассказывает: «В понедельник [13 июня 1099 г.] мы с таким рвением повели приступ, что, если бы были готовы лестницы, город пал бы под нашим натиском. Однако мы разрушили малую стену и приставили лестницу к главной стене; наши рыцари поднялись по ней и вступили в рукопашную, поражая сарацин ударами мечей и копий. Там полегло много наших, но еще больше их воинов. Во время этой осады мы не могли достать хлеба в течение десяти дней, до появления гонца с наших кораблей, и мы страдали от такой нестерпимой жажды, что с большим страхом проходили до десяти миль, чтобы напиться и напоить наших коней и других животных. Силоамский источник, расположенный у подножия горы Сион, поддерживал нас, но среди наших воинов вода продавалась слишком дорого… Мы сшивали шкуры быков и буйволов и носили в них воду за пятнадцать километров. Вода, доставлявшаяся нами в этих бурдюках, была смрадной, и так же, как эта зловонная вода, и наш ячменный хлеб стал для нас предметом ежедневных забот и причиной мучений. Сарацины устраивали нам засады и загрязняли источники и колодцы; они убивали и рубили в куски всех, кого встречали, и прятали своих животных в [горных] пещерах».
Пришлось готовиться к штурму по-настоящему. В это время 17 июня в яффскую гавань вошли два генуэзских корабля и четыре английских с продовольствием, хлебом, вином и строительными материалами для осадных башен и метательных машин, что было необходимо и очень своевременно. Был послан гонец к осаждавшим. Тем временем в гавань вошла египетская эскадра. Франкские корабли выбросились на берег, сами корабли и весь их груз были перевезены к Иерусалиму, и вместе с людьми Раймунда моряки начали строить осадную башню. Танкред и Робер Фландрский добрались до лесов в Самарии (центральная Палестина) и добыли стволы сосен, пихт и кипарисов. В окрестностях Иерусалима людьми Готфрида были найдены тщательно укрытые балки и доски, оставшиеся с прошлого, 1098 г. от осадных машин египтян. Герцог начал строить другую осадную башню, были сооружены несколько камнеметательных машин и штурмовые лестницы. Чуть позже Робер Фландрский начал строительство третьей осадной башни.