Герцог Нормандский, графы Фландрский и Тулузский, а также немного позднее Эсташ Булонский увели с собой большую часть армии. В третьем государстве крестоносцев, охватывавшем несколько городов Палестины Иерусалим, Яффу, Наблус, Рамлу и Вифлеем, осталось, по оценке Гийома Тирского, только не более 300 рыцарей и 2000 пехотинцев, причем из них 80 рыцарей и около 500 пехотинцев составляли отряд Танкреда.
Осенью 1099 г. Готфрид отправился штурмовать Арсуф, а Танкред — в Тиверию на Генисаретском озере. Экспедиция Готфрида оказалась неудачной. У него не было флота, который блокировал бы крепость с моря. Арсуфцы выставили на стене связанным под стрелы и камни франков попавшего в их руки рыцаря Жерара д‘Авена. Напрасно он обращался с просьбами к Готфриду прекратить обстрел, тот заявил, что если бы вместо Жерара на стене был его брат Эсташ, и это не остановило бы его. Когда Жерар упал раненый, крестоносцы в ярости бросились на штурм. Неподготовленный штурм был отбит. Греческим огнем арабы сожгли осадные машины франков. В конце концов Готфриду пришлось увести войска, так и не взяв город.
Хроники рассказывают, что во время осады Арсуфа к Готфриду прибыли арабские эмиры из Самарии (средняя Палестина). У Готфрида была слава воина, могущего в бою разрубить противника на две части. Эмиры просили Готфрида продемонстрировать искусство. Человека рубить он не стал, но к восторгу эмиров одним ударом меча отрубил голову огромному верблюду.
После победы крестоносцев над аль-Афдалом в руках фатимидских наместников все еще оставались прибрежные города, кроме Яффы, поддерживаемые египетским флотом. Власть Готфрида распространилась на нагорье Самарии и Иудеи (южная Палестина), заселенное крестьянами-христианами. Готфрид укрепил Хеврон (который крестоносцы называли Сент-Авраамом в честь похороненного там прародителя Авраама), ставший опорным пунктом от набегов с юга египтян и бедуинов.
Удачной была экспедиция Танкреда в Галилею (северная Палестина). Это была область, за которую в последнее время спорили Фатимиды и Дукак Дамасский. Танкред взял Тиверию, Назарет и Бейсан и после ряда разбойничьих набегов на мусульманские земли обложил данью окрестных эмиров и заключил перемирие с эмиром Дукаком Дамасским, занятым войной с братом Ридваном Алеппским. Он открыл для себя еще одну статью доходов — облагать податью проходящие караваны. По требованию Танкреда Готфрид возвел его в князья Галилеи как вассала Иерусалимского государства.
Получив известие о смерти епископа Адемара, Урбан II незадолго до смерти назначил новым легатом в Святой Земле Даимберта, епископа Пизы. До этого в течение года он был легатом в Испании, при дворе Альфонса VI Кастильского. Он проявил себя энергичным и ревностным в деле священной войны. К сожалению, папа не заметил его тщеславия, упрямства и того, что он нечист на руку. Назначение его легатом в Палестину было ошибкой папы. Даимберт окончательно разрушил политику взаимодествия с греческой церковью, проводимую папой Урбаном и Адемаром.
Вместе с пизанской эскадрой Даимберт отправился на Восток в конце 1098 г. Совместное путешествие было выгодно обеим сторонам: флотилия укрепляла положение Даимберта, а легат мог обеспечить Пизе получение в Заморье высоких торговых привилегий. Поход на Восток был откровенно пиратской экспедицией. По дороге пизанцы напали на острова Керкира, Лефкас, Кефалонию, Закинф и Самос, и император выслал наперехват флот под командой Татикия и итальянского моряка Ландольфа. У острова Родос после погони византийцы настигли пизанцев и в коротком бою захватили один корабль, но налетевший шторм дал Даимберту возможность улизнуть. Пизанцы попытались ограбить Кипр, но были отражены византийскими войсками, затем они направились к Сирии, в то время как византийский флот следом за ними подошел к Кипру.
Проводив своих товарищей в поход на Иерусалим, Боэмунд занялся укреплением своего государства. Турки не представляли для него большой угрозы, главную опасность он видел со стороны Византии. И здесь порт Латакия мог сыграть для византийцев роль плацдарма при нападении на него. Боэмунд осадил Латакию, но город был сильно укреплен и, кроме того, получал морем с Кипра подкрепления и продовольствие, так что у Боэмунда было мало надежды завоевать его. Как раз в это время к берегу Сирии подошла пизанская флотилия. Будучи врагами византийцев, Боэмунд и Даимберт объединились для осады Латакии. Положение Татикия было сложным: он получил приказ императора положить конец грабежам пизанцев, но в то же время избегать открытой войны с государствами крестоносцев. Переговоры с Боэмундом не дали положительного результата, и Татикий с эскадрой отправился в Константинополь, чтобы получить дальнейшие инструкции императора, в то время как флот пизанцев захватил внешнюю укрепленную гавань Латакии.