Графство Эдесса постоянно находилось под угрозой нападения и не имело естественных границ в виде гор и рек. Поэтому оборона графства, с трех сторон окруженного врагами, строилась при помощи опорных пунктов — укрепленных городов и замков. Жизнь, постоянно проходившая в боевой тревоге, требовала, чтобы начальники гарнизонов были людьми, которым Бодуэн Эдесский мог полностью доверять, и, кроме того, их солдаты должны были быть людьми полу-разбойничьего склада, кому требовалось короткое время на сборы и которых к тому же не слишком обременяла семья. Одновременно Бодуэну нужно было жить в мире с местными христианами, так как латинцев ему недоставало. Первым делом Бодуэн дю Бург, став графом Эдесским, женился на Морфии, младшей дочери армянского князя Гавриила, правителя Мелитены. Он покровительствовал армянской апостольской церкви, и армяне составляли значительную часть его армии. Он дружелюбно относился к сирийцам-яковитам, и с его помощью был даже преодолен раскол яковитской церкви.
Единственный порок, в котором упрекали его хронисты, была жадность, поскольку ему постоянно нужны были деньги. Его рыцари весело рассказывали анекдот о том, как Бодуэн обманул своего тестя Гавриила. Он заявил тестю, что должен своим людям 30 тысяч безантов, и поклялся сбрить бороду, если не достанет денег. Армяне, как и греки, считали бороду обязательной принадлежностью настоящего мужчины, и, представив зятя безбородым, Гавриил пришел в ужас, он дал Бодуэну искомую сумму, предварительно взяв с него клятву, что тот никогда не будет закладывать бороду.
Вскоре Бодуэн II Эдесский получил надежного помощника. Им был прибывший в Эдессу вместе с крестоносцами 1101г. его двоюродный брат (по матерям-сестрам), Жослен де Куртне, младший сын, лишенный наследства. Он получил в лен от Бодуэна II земли на запад от Евфрата с Турбесселем и другими замками. Необыкновенно сильный физически, храбрый и жестокий, он был к тому же еще умным и верньм человеком. Он навел ужас на турок к северу от графства, Бодуэн II же совершал набеги на земли к востоку и югу от Эдессы.
В начале 1103 г. эмир Данишмендид Малик Гази напал на Мелитену. Бодуэн не смог или не захотел помочь своему тестю. Гавриил был нелюбим своими подданными за то, что перешел в православную веру. Мелитена была взята турками, а сам Гавриил попал в плен. Один из его замков в горах продолжал оказывать туркам сопротивление. Турки привезли Гавриила к замку, чтобы он приказал замку сдаться. Когда гарнизон отказался, турки зарубили его перед замком.
С самого начала правления Бодуэн Эдесский подвергся нападению Артукида Сокмана, эмира Мардина. Сокман напал на Сарудж, город, захваченный у мусульман еще Бодуэном I. В сражении был убит Фульк Шартрский, которому принадлежал город. Мусульмане овладели городом, но в цитадели франки удержались под командой Бенедикта, латинского архиепископа Эдессы, случайно оказавшегося в городе. Бодуэн Эдесский, набрав дополнительные войска в Антиохии, разбил Сокмана и прогнал его из города, захватив много пленных.
В мае 1103 г. в Мелитене Боэмунд был передан франкам. Прибыв в Антиохию, он взял власть в свои руки. И хотя он официально поблагодарил племянника за то, что тот управлял княжеством в его отсутствие, между ними с этих пор пробежала черная кошка. Князь не мог простить племяннику, что тот не принял никакого участия в его выкупе, а Танкред обиделся на Боэмунда за то, что тот отказался отдать ему во владение завоеванные в его отсутствие земли. Танкред мог вернуться в Галилею в качестве князя, но, видимо, не захотел менять дядю на короля Бодуэна в качестве сеньора.
Сразу после возвращения летом 1103 г. Боэмунд вместе с Жосленом де Куртне напал на Алеппо. Он захватил область севернее Алеппо и получил большую дань с ее обитателей. Деньги были возвращены королю Бодуэну и патриарху Бернару, принявшим участие в выкупе Боэмунда. Вместе с требованием к Боэмунду возвратить Византии киликийские города император послал туда летом 1103 г. войска во главе с Мануилом Вутумитом. Однако сил у него оказалось недостаточно, и он смог отстоять от франков только город Мараш, которым правил наместник императора армянин Татул (возможно, одно лицо с Тафнузом, отцом жены короля Бодуэна I Арды). После этого Вутумит был отозван в Константинополь, и весной 1104 г. Боэмунд и Жослен без боя захватили Мараш. Татула отпустили в Константинополь, город передали Жослену, а Боэмунд получил город Альбистан к северу от Мараша.
Теперь Боэмунд и Жослен обратились против мусульман. Их задача облегчалась тем, что в течение всего 1103 г. на мусульманском Востоке кипела гражданская война между старшим и вторым сыновьями Сельджукида Малик Шаха, султаном Баркияроком и Мухаммедом.