В отличие от Европы, где церковную десятину платил безземельный крестьянин, в Святой Земле ее должны были платить землевладельцы, включая короля, а также и церковные организации, если они не были освобождены от этого папой или епископатом. Десятина выплачивалась не отдельным приходским церквам, а центральному кафедральному собору по раскладке на приходы. Это обеспечивало латинской церкви получение налогов от большого круга нелатинских христиан, а также от мусульман, так как десятина выплачивалась из доходов латинских землевладельцев, а также через латинских владетелей от таких групп горожан (православные, христиане-еретики, евреи), от которых в Европе не могли бы взымать десятину в пользу церкви. Как мы уже говорили, рыцарские ордены, к неудовольствию епископов, освобождались папами от уплаты десятины от непосредственно управляемого ими имущества. Часть десятины тратилась на содержание приходов. Это положение не побуждало епископов покрывать страну густой сетью приходов. В городах имелась только одна приходская церковь, которая при пребывании в городе епископа являлась кафедральным собором. В Иерусалиме, где в середине XII в. было не менее 27 церквей, была единственная приходская церковь — Гроба Господня. В самом большом городе королевства Акре с 38 церквами было несколько приходских церквей, в том числе итальянские в итальянских кварталах города. Так как землевладельцы-латинцы не жили в деревнях и вообще франки вне городов и замков селились только в немногих защищенных селах, лишь в этих селах на всю страну имелось несколько латинских сельских церковных приходов.
Чтобы предотвратить перемещение недвижимого имущества в пользу церкви с целью сохранения воинских ленов, запрещалась продажа ленов церкви. Однако короли нуждались не только в моральной поддержке церкви, но и в ее финансовых возможностях, и поэтому часто обращались к церковному имуществу. Короли щедро наделяли церковь землями, завоеванными у мусульман, это уменьшало количество рыцарей, но, возможно, увеличивало денежные поступления от церкви.
С другой стороны, церковь активно влияла на государственную политику. Хотя Бодуэн I поддерживал папство в споре за инвеституру и после пленения папы Пасхалия II в 1111 г. в Риме германским императором Генрихом V патриарх Иерусалима Жиблен от имени королевства первым отлучил его от церкви, у себя в стране король Бодуэн I осуществлял строгий контроль за десятиной -главным источником дохода церкви, из-за чего он уже в 1101 г. вступил в ожесточенный спор с Даимбертом, патриархом Иерусалима. Только в 1120 г. в Наблусе его преемник Бодуэн II, в качестве платы за поддержку на выборах, торжественно возвратил церкви контроль за десятиной. После этого папство безуспешно пыталось устранить королевское влияние на выборы епископов и патриарха. Только папе Целестину III в конце XII в. удалось несколько ослабить право короля на их утверждение.
У латинской церкви самые напряженные отношения из всех христианских церквей были с православными греками. Они оставались только в церкви Гроба Господня, где иногда вели службу. Однако большинство православных монастырей сохранилось, уцелело также аббатство — архиепископство на Синайском полуострове, все они признавали сохранившийся теневой Иерусалимский патриархат в Византии. С яковитами латинская церковь почти всегда была в хороших отношениях. Королева Мелизанда одаривала их, а также армян и православных. Церковь маронитов в 1181 г. даже объединилась с латинской церковью. С течением времени уменьшалась власть короля и все более увеличивались властные права баронов, а затем также и патриарха.
Менее всего сохранилось сведений о положении церковных дел в Эдессе. Достоверно известно, что там латинский архиепископат с несколькими подчиненными епископатами в городах графства мирно сосуществовал с армянским и яковитским епископатами.
Среди франков наряду с дворянством образовался другой свободный класс буржуа (горожане). Этому способствовало, во-первых, то, что, местные горожане — христиане были издавна организованы в религиозные и этнические группы, и, во-вторых, сословная юрисдикция, отделявшая франков-дворян от франков-горожан. Горожанами были жители небольших новых поселков, образовавшихся внутри страны и на границах вокруг и внутри замков, и ремесленники, купцы и солдаты в Иерусалиме и прибрежных городах. Итальянские и южнофранцузские купцы были объединены в собственные общины, отделенные от франкских общин горожан.