Поздним вечером 2 июня Боэмунд увел войска по дороге к Железному мосту. Ночью они тихо вернулись и сосредоточились у башни Двух Сестер, где их ждал Фируз. Во главе с Фульком Шартрским (не путать со священником-хронистом Фульком из Шартра) 60 рыцарей по штурмовой лестнице поднялись на башню, вошли в крепость и открыли ворота армии. Крестоносцы ворвались в Антиохию. К ним присоединились армяне и греки. В эту ночь погибло несколько тысяч турок. К концу дня в городе не осталось ни одного живого турка. Аноним пишет: «Весь город был завален трупами, так что нельзя было находиться там из-за зловония. По улицам можно было пройти, лишь ступая по телам убитых». Дома горожан, вне зависимости от того, был ли хозяин мусульманином или христианином, были ограблены.
Яги-Сиан бежал из города через ворота Святого Павла, но в дороге упал с коня и был брошен спутниками. Когда он лежал без сил, его нашли армянские крестьяне. Один отрезал ему голову, другие забрали пояс и сабельные ножны.
Все это они принесли в Антиохию и передали за вознаграждение крестоносцам. За драгоценный пояс и ножны они получили по 60 безантов.
Сын Яги-Сиана Шамс ад-Дин пробился в цитадель и возглавил ее оборону с тремя тысячами мусульман. Боэмунд пробовал взять цитадель штурмом, но безуспешно.
Разгром Кербоги
Не прошло и трех дней, как к городу 5 июня 1098 г. подошла армия Кербоги, по меньшей мере в два раза превышавшая силы крестоносцев. Городские укрепления не пострадали. Можно было укрыть в городе обоз, небоеспособных женщин и детей, раненых и больных. Первым делом нужно было очистить город от трупов, чтобы не вызвать эпидемии. Священники и женщины вычистили оскверненный собор Святого Петра и церкви, чтобы возобновить в них христианское богослужение. Православный патриарх Иоанн был выпущен из тюрьмы и занял патриарший трон. Никто из крестоносцев, кроме Танкреда, против этого не возражал. Турки не раз во время осады выставляли патриарха в клетке на городской стене, его страдания за веру вызывали жалость и уважение.
Армия Кербоги обложила город со всех сторон. Аноним рассказывает: «На третий день после того, как мы вошли в город, турецкие разведчики появились у стен и их армия стала лагерем у Железного Моста. Они взяли штурмом одну башню [у моста] и убили всех, кто там находился, кроме их начальника, которого мы нашли после великой битвы закованным в цепи. На следующий день языческая армия отправилась в путь, подошла к городу и расположилась между двумя реками, где оставалась два дня». Крестоносцы были выбиты из всех наружных укреплений — из башни на холме Мальрегар, из башни Танкреда и из укрепления Ла Магомерия.
Кербога разделил армию на две части: меньшую оставил на южной стороне перед цитаделью, а с главными силами расположился на севере от города, направо (глядя из города) от укрепленного моста через Оронт, в бывшем лагере крестоносцев. Он сместил сына Яги-Сиана с должности командующего цитаделью и заменил его своим приближенным Ахметом ибн Мерваном.
Тактика осады Кербоги заключалась в следующем: он надежно блокировал со всех сторон крепость и выталкивал крестоносцев из города, постоянно атакуя их из цитадели; причем все время заменял в цитадели раненых и уставших воинов свежими.
«Турки, запертые в цитадели внутри города, не переставали днем и ночью нападать на нас, и лишь наше оружие держало их в отдалении. Наши, чувствуя, что не могут более терпеть эти страдания, ибо те, у кого был хлеб, не могли его съесть, а те, у кого была вода, не могли ее выпить, возвели между турками и нами стену из камней, скрепленных известью… чтобы обеспечить нашу безопасность. Часть турок оставалась в цитадели, чтобы сражаться с нами, другая же часть расположилась в долине возле цитадели», — рассказывает Аноним.
Продовольствия в городе почти не было. Все, что можно было съесть, съели во время долгой осады. Штурм и грабеж продовольствия не прибавили: «Эти святотатцы и враги Господа так крепко заперли нас в Антиохии, что многие из наших воинов умерли от голода. Маленький хлебец стоил безант, что уж говорить о вине. Мы ели и продавали мясо лошадей и ослов; курица стоила пятнадцать су, один орех — денье. Все было так чрезмерно дорого, а голод так велик, что варили и ели листья смоковницы, винограда и репейника. Другие варили и ели сухие шкуры лошадей, верблюдов, быков и буйволов» (Аноним).
При этом приходилось непрерывно сражаться против свежих сил сытых турок из цитадели. Очевидец рассказывает, что можно было иногда видеть, как среди боя кто-нибудь из крестоносцев падал не раненый, а от истощения, и засыпал, и, если его не убивали спящим, проснувшись, снова кидался в сражение.