Раймунд из Агийе пишет: «Бедняки были возмущены, узнав, что граф намерен оставить в Маарре многих рыцарей и пеших воинов из своего войска для ее охраны. “Как, — раздавались речи, — был спор из-за Антиохии, а теперь спор из-за Маарры! И во всяком месте, которое нам отдал бы Бог, будет распря между предводителями. А войско Божье будет уменьшаться! Нет, пусть в этом городе окончательно прекратятся раздоры. Пойдем и разрушим его стены, и тогда установится мир между крестоносцами, и граф уже наверняка обретет уверенность, что не утратит город…” И поднялись калеки со своих лежанок и, упираясь на костыли, двинулись к стенам. И там ослабевший от голода человек легко выворачивал из стены и далеко откатывал такой камень, который едва ли могли тащить три или четыре пары быков… И едва ли был среди народа кто-нибудь чересчур слабый или больной, кто остался бы в стороне от разрушения стен». Стены были срыты, мечети и жилища сожжены и разрушены, Маарра уже никогда не смогла от этого оправиться.
При этом известии Раймунд поспешил обратно в город. Благочестивый граф увидел в этом Божье вмешательство. 13 января 1099 г. он как кающийся грешник, босой, во главе своих войск вышел из Маарры и направился к Иерусалиму, остатки города были подожжены.
Участь Антиохии, населенной в основном христианами, не привлекла внимания мусульман. Участь же арабского города Маарры вызвала ужас и возмущение и приблизила начало
Крестоносцы двинулись на юг двумя армиями. Первая армия, состоявшая из войск графа Тулузского и присоединившихся к нему войск герцога Робера Нормандского и Танкреда, шла восточнее Ансарийских гор. Вторая армия, состоявшая из войск Готфрида Бульонского и Робера Фландрского, вышла, подталкиваемая нетерпением солдат, на месяц позднее и шла вдоль побережья.
Князь Антиохийский Боэмунд сопровождал ее до Латакии, а затем в нарушение клятвы вернулся в Антиохию. Он опасался нападения на нее византийцев, которые могли бы высадиться в Латакии. В свое оправдание он объяснил, что будет прикрывать паломников с тыла, когда те пойдут к Иерусалиму, и обещал выслать подкрепления. Оставленные графом Тулузским в Антиохии войска не удержались против Боэмунда и поспешили вдогонку за Раймундом.
Затем Боэмунду в союзе с киликийскими армянами пришлось дать отпор византийской армии, пришедшей подчинить императору Киликию (а затем, если удастся, и Антиохию). Византийские войска ушли из Киликии и заняли город Марат. Далее Боэмунд взялся за Латакию. Овладеть Латакией для Боэмунда значило не только уменьшить угрозу нападения византийцев, но и приобрести необходимую для связи с Европой гавань, которая была больше и удобнее маленькой гавани Сен-Симеон.
Остался в Эдессе и Бодуэн. Он не явился на военный совет в Антиохии 5 ноября 1098 г. и не пошел освобождать Иерусалим. Вместо этого он продолжил расширять свои земли по обеим сторонам Евфрата на восток и на север.
Ко времени прихода франков на Ближний Восток местное христианство состояло из православных греков, небольшого количества православных сирийцев и армян, сирийцев-яковитов, армян апостольской церкви, небольшого количества несториан и небольшой общины маронитов в горах Ливана. Большая часть крестоносцев относилась к православным и к сирийцам-яковитам с недоверием и презрением. Гораздо лучше крестоносцы относились к армянам и маронитам, с первыми они вступали в многочисленные браки, а последние в конце XII в. даже объединились с латинской антиохийской патриархией. Городское население Сирии и Палестины составляли сирийцы, армяне, евреи и греки, население в деревнях осталось в основном мусульманским и частично христианским.
Настоящим правителем Египта при несовершеннолетнем халифе Фатимиде аль-Мустали был визирь аль-Афдал, преемник своего отца, принявшего ислам армянина Бадра аль-Джамали. Когда франкское посольство прибыло в Каир вместе с посланцами визиря, выяснилось, что оно не уполномочено вести переговоры и что целью похода франков является Иерусалим. Узнав о поражении Кербоги под Антиохией, аль-Афдал решил отвоевать у турок Палестину вместе с Иерусалимом. Палестина находилась в руках сыновей Артука Сокмана и Ильгази под верховенством эмира Дукака Дамасского.