Брак оказался неудачным, приданое быстро ушло в уплату просроченного жалования солдатам и на строительство крепостей, и король вернулся к прежнему образу жизни. Брак был двоеженством, потому что была жива вторая жена Бодуэна. На патриарха Арнульфа, заключившего брак, посыпались доносы в Рим его многочисленных врагов. В 1114 г. в Иерусалим с инспекцией прибыл папский легат Беренгарий, епископ Оранжский. Он быстро обнаружил справедливость обвинений Арнульфа в незаконности заключенного брака короля, а также в симонии (продаже церковных должностей). Среди других обвинений патриарха, дошедших до папы, было совершение им бракосочетания между христианином и мусульманкой. Легат собрал синод и объявил Арнульфа отстраненным от должности. Но победить Арнульфа было непросто. Зимой 1115 г. он поехал в Рим. Там его красноречие, а главное, богатые подарки произвели неизгладимое впечатление на папу и кардиналов. Пасхалий объявил решение своего легата недействительным. Со своей стороны, Арнульф пообещал, что добьется от короля, чтобы тот прогнал свою сицилийскую сожительницу. При этом условии папа вручил ему архиепископскую мантию, чем подтвердил законность его положения патриарха. Летом 1116 г. Арнульф с торжеством вернулся в Иерусалим.
Так как богатства королевы были растрачены, Бодуэн уже сожалел о своем браке с Аделаидой, но ему еще оставался нужным военный союз с Сицилией, к тому же королева не мешала ему жить, как хочется, и поэтому король не соглашался на развод. К тому же королева предпочитала удобства и роскошь своих дворцов на Сицилии и много времени проводила там.
Весной 1117 г. король серьезно заболел. Бароны, при заключении брака короля с трудом смирившиеся с наследованием королевства Рожером Сицилийским ради золота королевы, теперь ни в коем случае не хотели видеть его своим королем. Священнослужители объявили короля грешником, он должен прогнать Аделаиду и призвать прежнюю жену. Когда король выздоровел, открытый собор с участием патриарха и с одобрения папы объявил брак Бодуэна с Аделаидой недействительным. Разгневанная Аделаида безо всех своих богатств и почти без свиты отплыла на родину. Это было первое крупное поражение короля и тяжелая политическая ошибка. Пройдет добрых 60 лет, пока королевство Сицилия простит нанесенную обиду. Помимо этого, династическое объединение с богатейшим и сильным великим графством, а затем королевством, могло коренным образом изменить судьбу королевства Иерусалим, не говоря уже о том, что сицилийцы в этом случае, возможно, оставили бы в покое Византию.
Однако если вассалы смогли принудить короля к расторжению брака, то они не могли заставить его согласиться ни на возвращение второй жены, ни на заключение нового брака. Король предпочел продолжить свой прежний образ жизни.
В 1118 г. Бодуэн осуществил давно задуманный поход на Египет. Он давно собирался добраться до Фатимидов. В 1113 г., когда он воевал с турками на севере, египтяне достигли стен Иерусалима, ограбив и опустошив окрестности, в 1115 г. им едва не удалось, напав врасплох, захватить Яффу. Предварительно договорившись с вождями бедуинских племен, в начале марта Бодуэн во главе отборной армии из 260 конных воинов и 400 человек пехоты, хорошо снабженной продовольствием, из Сент-Авраама через Синайский полуостров по берегу Средиземного моря двинулся к Нилу. Франкская армия добралась до аль-Ариша и захватила его, а затем 21 марта достигла города аль-Фарама на восточном рукаве Нила близи устья и без боя овладела им. Франки с восторгом глядели на прославленную в Библии реку. Здесь Бодуэн почувствовал первые признаки болезни. Он умер от лихорадки на обратном пути в аль-Арише 2 апреля 1118 г., на руках епископа Рамлы. Король был доставлен в Иерусалим и похоронен в Вербное воскресенье, 7 апреля, в церкви Гроба Господня, возле своего брата.
У первого правителя Иерусалима Готфрида почти не было времени на строительство государства. Подлинным основателем государства был Бодуэн. Он завоевал побережье, остановил египетские и турецкие наступления, установил отношения с Дамаском и расширил влияние государства на юг. Он стал верховным правителем всех христианских государств крестоносцев и пользовался уважением своих мусульманских соседей.
В последние годы правления он содействовал переселению христиан, как православных, так и из еретических сект, из мусульманских областей в Иудею. Он взял в жены армянку и содействовал заключению браков между франками и местными христианами. Среди поселенцев и простых солдат это стало обычным явлением. Для того чтобы можно было жениться на мусульманке, она должна была перейти в христианство. Он дружественно относился к мусульманам и евреям, находившимся в его подданстве, им было разрешено иметь несколько мечетей и синагог. Перед судом мусульмане должны были клясться на Коране, евреи — на Торе (Пятикнижии Моисея), нехристиане могли рассчитывать на справедливый суд.