Формирование полка проходило неподалеку от Люблина, в местечке Понятово. В январе 1944 года было принято решение развернуть полк в дивизию СС «Нойе Туркестан». Для этой цели из действующей армии были взяты следующие батальоны: 782, 786, 790, 791-й туркестанские, 818-й азербайджанский и 831-й волжско-татарский. В это время сам полк был отправлен в Белоруссию для участия в антипартизанских операциях. По прибытии штаб полка расположился в местечке Юратишки, неподалеку от Минска. 28 марта 1944 года во время одной из таких операций погиб командир полка Маейр-Мадер, его место занял СС-гауптштурмфюрер Биллиг. По сравнению с предыдущим командиром он не пользовался популярностью у своих людей, и в полку произошел ряд эксцессов, в результате чего Биллиг был смещен, а полк передан в состав боевой группы «фон Готтберг». В мае полк участвовал в крупной антипартизанской операции у Гродно, после чего вместе с другими национальными частями в конце мая – начале июня был выведен на территорию Польши. В июле 1944 года полк был отправлен на полигон Нойхаммер для пополнения и отдыха, однако вскоре он был отправлен в Луцк и подчинен особому полку СС Дирлевангер. С началом Варшавского восстания в августе 1944 года мусульманский полк и полк Дирлевангера были отправлены на его подавление. По прибытии, 4 августа, оба полка вошли в подчинение боевой группы Рейнефарт. В Варшаве туркестанцы действовали в городском районе Воля. В начале октября с Варшавским восстанием было покончено. При подавлении восстания туркестанцы получили признание у немецкого командования. 1 октября было объявлено о развертывании полка в Восточно-тюркское войсковое соединение СС. Мусульманский полк был переименован в войсковую группу «Туркестан» силой в один батальон, остальная часть полка вместе с пополнением из волжско-татарских частей армии составила войсковую группу «Идель– Урал». Кроме этого, в окрестностях Вены был создан сборный лагерь СС для тюркских добровольцев. Пятнадцатого октября соединение вместе с полком Дирлевангера было отправлено на подавление нового, теперь уже Словацкого восстания.
К началу ноября 1944 года соединение насчитывало в своих рядах 37 офицеров, 308 унтер-офицеров и 2317 солдат. В декабре из состава соединения была взята войсковая группа «Азербайджан». Эта группа была передана в состав Кавказского соединения. В декабре соединение преподнесло неприятный сюрприз немцам. 25 декабря 1944 года командир туркестанской группы Ваффен-оберштурмфюрер Гулям Алимов и 458 его подчиненных перешли к словацким повстанцам у Миявы. По требованию советских представителей повстанцы расстреляли Алимова. По этой причине около 300 туркестанцев опять переметнулись к немцам. Несмотря на этот печальный опыт, через два дня немцы организовали офицерские курсы для обучения туземных офицеров соединения в местечке Поради.
1 января 1945 года в состав соединения вошла войсковая группа «Крым», созданная из расформированной татарской бригады. В это же время в Венском сборном лагере СС-оберштурмбаннфюрером Антоном Циглером было собрано еще 2227 туркестанцев, 1622 азербайджанца, 1427 татар и 169 башкир. Все они готовились пополнить ряды тюркского соединения СС. В марте 1945 года соединение было передано в 48-ю пехотную дивизию (2-й формации). В апреле 1945 года 48-я дивизия и тюркское соединение находились в учебном лагере Доллерсхайм. Национальные комитеты планировали перебросить соединение в Северную Италию, но об осуществлении этого замысла ничего не известно.
Восточно-мусульманским полком СС и Восточно-тюркским соединением СС командовали: СС-обер-штурмбаннфюрер Андреас Майер-Мадер – ноябрь 1943 – 28 марта 1944 годов, СС-гауптштурмфюрер Биллиг – 28 марта – 6 апреля 1944 года, СС-гауптштурмфюрер Герман – 6 апреля – май 1944 года, СС-штурмбаннфюрер резерва Франц Либерманн – июнь – август 1944 года, СС-гауптштурмфюрер Райнер Ольцша – сентябрь – октябрь 1944 года, СС-штандартенфюрер Вильгельм Хинтерзац (под псевдонимом Харун аль Рашид) – октябрь – декабрь 1944 года, СС-гауптштурмфюрер Фюрст – январь – май 1945 года. При всех частях соединения находились муллы, а верховным имамом всего соединения был Нагиб Ходия.
Потери войск СС