Также в делах ДП имеется письмо № 17 от 11 марта 1906 года полковника военной разведки Главного управления Генерального штаба Михаила Алексеевича Адабаша, в котором сообщается: «Пресловутый японский шифр был добыт Мануйловым при помощи дворецкого японского посольства в Гааге некоего Ван-Веркенса; ему Мануйлов уплатил единовременно 1000 франков. Благодаря неосторожности Мануйлова японское правительство уже в 1905 году проведало о разоблачении помянутого шифра и о причастности к сему делу Ван-Веркенса, который вслед за тем и был уволен от должности дворецкого».
С марта 1905 года «Специальное отделение по розыску о международном шпионстве» стало называться «IV (секретным) отделением дипломатической агентуры» Особого отдела ДП, которое возглавил Аркадий Михайлович Гартинг (Гекельман). А заведующим Заграничной агентурой ДП с сентября того же года стал ротмистр Михаил Степанович Комиссаров.
В течение его существования до 1906 года сотрудники секретного отделения получили 12 дипломатических шифров и кодов: американский, китайский, бельгийский и др. Китайский шифр состоял из шести томов, а американский — из одной толстой книги. Все иностранные сношения контролировались, что не осталось незамеченным противниками.
Так, в июне 1904 года Чарльз Хардинг, занимавший должность посла Великобритании в Санкт-Петербурге с 1904-го по 1906 годы, докладывал в британское МИД, что он перенес «чрезвычайно огорчивший его удар», узнав о том, что начальнику его канцелярии была предложена сумма в одну тысячу фунтов за то, чтобы он похитил копию одного из дипломатических шифров. Он также сообщил, что один видный русский политик сказал, что ему «все равно, насколько обстоятельно я передаю наши с ним беседы, если это делается в письменной форме, но он умолял меня ни в коем случае не пересылать мои сообщения телеграфом, поскольку содержание всех наших телеграмм им известно».
Все усилия, направленные на модернизацию достаточно примитивной системы безопасности британского посольства, не принесли никаких результатов. Секретарь посольства Спринг Райс докладывал в феврале 1906 года: «Вот уже в течение некоторого времени из посольства исчезают бумаги… Курьер и другие лица, связанные по работе с посольством, находятся на содержании полицейского департамента и, кроме того, получают вознаграждение за доставку бумаг». Спринг Райс утверждал, что ему удалось установить организатора секретных операций против посольства Великобритании. По его словам, это был М. С. Комиссаров, сотрудник «охранки», по приказу которого «около посольства по вечерам постоянно находятся полицейские эмиссары, для того чтобы получить доставляемые бумаги».
Несмотря на то, что в посольстве был установлен новый сейф, в архивные шкафы врезаны новые замки, а сотрудники получили наистрожайшую инструкцию никому не передавать ключи от канцелярии, дипломатические бумаги продолжали исчезать. Через два месяца Спринг Райс получил доказательства того, что «к архивам посольства существует доступ, который позволяет выносить бумаги и делать их съемку в доме Комиссарова». Скорее всего, это было делом рук подкупленного сотрудника посольства, который, сделав восковые отпечатки с замков архивных шкафов, получил дубликаты ключей от «охранки». Что-то подобное происходило и в посольствах США, Швеции и Бельгии.
В течение всего периода правления Николая II Россия была лидером в сфере перехвата и дешифровки дипломатической почты. Великобритания, Германия, США и большинство менее влиятельных государств вообще не имели подобной службы вплоть до Первой мировой войны. Единственным серьезным конкурентом России в этой сфере была ее союзница Франция. В течение двадцати лет до начала Первой мировой войны ЧК МИД и службы безопасности «Сюртэ женераль» (
Летом 1905 года, в последние дни русско-японской войны и франко-немецкого кризиса в Марокко, Россия и ее союзница Франция в течение короткого периода сотрудничали в области перехвата и дешифровки секретной информации. Так, в июне русский посол по указанию своего правительства передал французскому премьер-министру копию дешифрованной немецкой телеграммы, связанной с марокканским кризисом. Для Франции эта телеграмма имела настолько большое значение, что «Сюртэ» получило указание передать иностранному отделу русской «охранки» всю японскую дипломатическую переписку, которую удалось перехватить и дешифровать ЧК «Сюртэ».