На протяжении всего XVIII и первой половины XIX века криптослужба МИД кроме дипломатических и других шифров разрабатывала шифры и для военного ведомства. Во второй половине XIX века «цифирная» экспедиция МИД также в известной мере обеспечивала это ведомство шифрами, однако уже с конца 1840-х годов в Главном штабе военного министерства была организована и начала работать собственная «цифирная» экспедиция.
Разработанные собственные шифры утверждались военным министром. Экземплярами военных шифров обеспечивались старшие начальники войск и военных управлений, перечисленные в особом списке. В этот список входили император и члены императорской семьи, занимавшие важные военные посты, военный министр, начальники главных управлений военного министерства, командующие войсками в округах, начальники штабов округов, командиры корпусов, коменданты крепостей, атаманы и др.
Естественно, что шифрованная переписка по линии военного министерства велась не только в военный период, но и в мирное время. Зашифровывались сообщения, касавшиеся мобилизационной и военной подготовки, а также готовности армий и крепостей к военным действиям, и некоторые другие сведения.
В военное время из «цифирной» экспедиции МИД в Военное министерство поступали экземпляры тех шифров, которые действовали в сетях общей связи, куда по политическим, военным или иным причинам могли входить дипломатические представители России за рубежом, командующие армиями, военно-морскими силами и др.
Во второй половине XIX века большинство шифров военного министерства было кодами малого (до 1000 словарных величин) объема. Кодовыми обозначениями здесь были трех- и четырехзначные числа. Военные шифры этого типа обычно применялись в течение длительного времени, переделывался лишь быстро устаревающий словарь, что объясняется, например, изменением географии военных действий и т. д. Коды с перешифрованием, созданные в 1860-х годах, использовались еще в начале ХХ века.
Примером шифра, который использовался во время Крымской войны, был русский словарный ключ № 299 на 600 величин, который был введен в действие в апреле 1854 года. Предназначался он для связи командиров частей Дунайской армии. После войны этот шифр продолжал использоваться. В 1891 году им были обеспечены Бухара, Кашгар, Кульджа, Сеул, Пекин, Токио, Иркутск, Омск, Ташкент, Хабаровск, Урга, Чугучак и Владивосток. Из действия его вывели только в 1901 году.
Построенная система телеграфной связи была не без успеха применена уже в ходе русско-турецкой войны (1877–1878). Во время этой войны в русской армии применялся французский биклавный ключ № 348, введенный в действие в 1870 году, русский биграммный ключ № 361, составленный в 1876 году, и некоторые другие шифры.
Ключ № 361 имел 992 шифровеличины — 28 букв упрощенного русского алфавита, три знака препинаний, а также всевозможные их биграммные сочетания. Им отвечали трехзначные кодовые обозначения. Этот шифр был сначала послан в консульства на Востоке, а также в Тифлис и Одессу. Французский ключ № 348 использовался на европейских линиях.
Во время русско-турецкой войны оба шифра были направлены в действующую армию. Их экземпляры были у генерала Н. П. Игнатьева и генерала В. Б. Фредерикса. Использовались эти шифры и после войны: французский ключ — до 1891 года, а русский — до 1903 года.
Во время русско-японской войны (1904–1905) применялся русский словарный ключ № 349, введенный в действие в 1868 году на линиях связи Министерства финансов для телеграфной шифропереписки. В 1879 году он был выведен из действия в результате утери двух экземпляров. Но в 1901 году он опять был использован для шифросвязи Министерства финансов с таможнями. Кроме того, этот шифр был введен в действие в 1900 году в Министерстве государственного имущества, а в 1902 году — в Порт-Артуре, Харбине, Мукдене и, наконец, в 1904 году — в действующей армии.
«Словарные ключи» были наиболее распространенным типом шифров, используемых в конце XIX века в военном ведомстве. Их так и называли «военными ключами». Имея универсальные принципы построения, шифры военного министерства конца XIX — начала ХХ века отличались друг от друга некоторыми особенностями. Рассмотрим некоторые из них:
1. Ключ военного министерства № 6 1906 года. Был трехзначным многовариантным цифровым кодом с маскировкой и скрытым началом сообщения. Объем составлял 1000 словарных величин. Последними были слова, слоги, буквы русского алфавита. Всем часто встречающимся буквам и наибольшим словам были добавлены по два и больше кодобозначений, остальные словарные величины имели по одному кодобозначению. В правила, кроме того, было введено одно обязательное требование: если в тексте телеграммы встречались одни и те же слова, то их следовало набирать разными способами, избегая повторений кодобозначений. Отдельно были даны перешифровальные цифровые таблицы.