Смута продолжалась. Подняли голову староверы. Они подбили стрелецкий полк Титова, вместе пришли к князю Хованскому и под его покровительством понесли государям челобитную о возвращении истинной веры. В Грановитой палате состоялся диспут, в котором победили Софья и патриарх Иоаким. Они умело откололи стрельцов от раскольников и припугнули их отставкой правительства. Без Софьи стрельцам была смерть. Иван Хованский, поддержавший староверов, оказался в оппозиции и вынужден был мутить воду для восстановления своего влияния.
12 июля стрельцы были подняты слухом, что бояре хотят извести всю надворную пехоту под корень, как класс. Стрельцы вошли в Кремль. Распространитель слуха, татарский царевич Матвейка с пытки сознался в корыстной клевете и был принародно четвертован, но смута не унималась. Еще дважды ловили и казнили паникеров. 16 августа Хованский принес во дворец новую челобитную с денежными требованиями стрельцов, получил отказ, и выйдя на крыльцо стал открыто призывать к бунту: «Как хотите, так и промышляйте!». Милославский от страху сбежал из Москвы, и пришлось Софье самой беспокоиться о своей власти. И она использовала все наличные средства. Вот как развивались дальнейшие события.
19 августа цари должны были идти крестным ходом из Успенского собора в Донской монастырь, — это был день победы над крымцами при Федоре Иоанновиче. Но Софья распускает слух о подготовке стрелецкого покушения и за крестом не идет.
20 августа все царское семейство уезжает в Коломенское. Запах опричнины оглушает стрельцов. Они посылают царевне оправдания. Софья сказывается не в курсе событий.
Хованский решает подогреть ситуацию. Он приезжает в Коломенское и сочиняет страшилку, что новгородцы идут жечь Москву, и без него стрельцам столицы не отстоять. Софья спокойно предлагает послать в Новгород увещевательную грамоту. Хованского пробивает озноб — такая грамота — это разоблачение и смерть.
Софья велит Хованскому прислать в Коломенское к именинам старшего царя 29 августа верный Стременной полк. Это означает вооруженное противостояние, и Хованский не выполняет приказа, самовольно готовит полк к отправке в Киев. Следует еще несколько прямых приказов, и Хованский не выдерживает, отправляет «стременных» к царевне.
К 1 сентября Хованскому велят быть в Кремле на встрече Нового года. Он не едет, все бояре тоже затаились по щелям или у Софьи. Праздник сорван, патриарх в бешенстве.
2 сентября двор начинает медленный поход по сёлам и их церковнопрестольным праздникам. Конечная цель похода — село Воздвиженское, куда для встречи сына гетмана к 18 сентября вызывается вся московская знать. Но вельможи спешат приехать к 17 — именинам Софьи, и только Иван Хованский с сыновьями Андреем и Иваном-младшим медлят и выезжают позже. Тем временем, именины гудят вовсю, Софья лично подносит гостям чарки с водкой, и, когда общее настроение окончательно поднимается, объявляет слушанье дела. Зачитывается подметное письмо, прибитое анонимными стрельцами к царским воротам в Коломенском. В письме приводятся вины Хованских, изложенные труднодоступным для хмельного рассудка языком, но очевидные по сути, — заговор с целью пострижения царевен и убийства дворян по длинному списку.
Тут же объявляется приговор — смерть! Встречать Хованских отправляется князь Лыков. Он хватает старика Ивана в дорожной палатке, а Андрея — в его подмосковной деревне. Арестованных привозят в Воздвиженское, останавливают у передних дворцовых ворот, зачитывают обвинение и приговор. Все именины, кроме Софьи, сидят здесь же, на лавочках у ворот. Хованские вопят о правосудии, молят Софью о пощаде, просят дать им слово в оправдание, но Софья из дворца велит не волынить. За неимением палача Хованских «вершит» стременной стрелец, прямо здесь же, на лужайке у ворот. Всё, гости дорогие, именины кончились!
А второй сын стрелецкого главкома Иван Иванович Хованский от казни увернулся, прибежал в Москву, сказал, что отца казнили бояре без государева указа и что всех стрельцов идут рубить. Он опередил ласковую грамоту Софьи к стрельцам. Стрельцы захватили Кремль, разобрали пушки и пороховой запас, приготовились к обороне.
Двор Софьи перебрался в Троицу и стал собирать силы из провинции. Стрелецкая Москва дрожала мелкой дрожью, стрельцы ждали казни. Состоялся обмен успокоительными грамотами. Стрельцы запросились явиться с повинной. Их согласились принять. Патриарх благословил делегацию и отпустил с нею своего митрополита Иллариона в качестве гаранта безопасности. 24 сентября Софья приняла покаяние и простила стрельцов на 9 условиях тихой, самоотверженной службы царю и отечеству. Стрельцы были по-новой приведены к присяге в Кремле, Ивана Хованского-младшего выдали в Троицу, там ему зачитали смертный приговор, положили на плаху, взмахнули топором, и — ради всеобщей радости — грохнули топором не по шее, а по настилу. После этого оцепеневший Иван отвезен был в ссылку.