История контр-инициации в общих чертах такова: в ходе циклического развития старые традиционные формы неизбежно сменяются новыми, применяющими принципы Единой Истины к новым условиям человеческой и космической среды. В том случае, когда новые традиционные формы являются ортодоксальными, то есть правомочными с точки зрения Примордиальной Традиции, сущностная сторона предшествующих форм интегрируется в новые, вбирается в них, сохраняется внутри новой оболочки. Но иногда определенные внешние аспекты этих предшествующих форм продолжают существовать в остаточном состоянии и сами по себе, отрываясь от своих высших принципов и не интегрируясь в новые формы. Такие «останки» становятся средой, в которой зреют зародыши контр-инициации. Иногда в мире традиции происходят и внутренние катаклизмы, наиболее ярким примером которых Генон считает так называемую "революцию кшатриев против брахманов", то есть восстание светской власти против власти духовной. Результатом такой «революции» часто становится появление извращенных и редуцированных, остаточных традиционных форм, также способных превратиться в контр-инициацию. И то и другое сохраняет определенную связь с традицией и засчет этого определенную оперативность по отношению к земной, социальной, и даже космической среде, но, будучи лишь останками, они являются духовно неполноценными, и в определенных условиях начинают выступать как чисто негативный, анти-традиционный, «дьявольский» фактор. Генон полагает, что история гибели Атлантиды также была инициатическим повествованием об исчезновении древней традиционной цивилизации, пришедшей в упадок, но он считает, что от этой цивилизации сохранились не только позитивные ортодоксальные следы в египетской, халдейской и семитской сакральности, но и определенные контр-инициатические «останки». Как бы то ни было, предыстория кризиса современного мира уходит в далекие тысячелетия, и именно там следует искать первые контр-инициатические зародыши актуального положения вещей.
Рассматривая более близкие к нашему времени периоды, Генон указывает на постепенное вырождение самой египетской традиции, которая была чрезвычайно развита в космологическом смысле, но не всегда сохраняла в неприкосновенности метафизическую чистоту. Такое горизонтальное развитие египетской традиции и явный приоритет сакральных наук по отношению к чисто метафизическим доктринам также привели к упадку этой традиции, чьи наиболее существенные элементы (герметизм) перешли позднее в эзотерические учения Иудаизма, Христианства и Ислама. Нижние же элементы отчасти обособились и превратились в «останки», чреватые контр-инициацией. И здесь важно заметить, что Египет и его сакральный центр, Фараон, и в Библии и в Коране являются символами Зла и Дьявола, что может относиться не к самой египетской традиции в целом, но к ее поздним деградировавшим формам. Нечто подобное произошло и с греческой традицией в конце первого тысячелетия до Р.Х. Здесь также метафизические принципы теряются из виду, и впервые в истории появляются признаки не только предельной деградации традиции, но и чистого, сугубо современного профанизма.