Обычно гнездо строится среди густой травы или просто на глинистом берегу реки, и основным его предназначением является поднятие кладки выше уровня воды, чтобы предотвратить ее гибель.
Обычно готовые гнезда появляются на пляжах к началу лета. Излюбленные места самки аллигаторов посещают из года в год, строя гнезда в одном и том же месте. Когда глиняная башня готова, мощными задними ногами самка роет на ее вершине коническое углубление, в которое и откладывает яйца. Число их может варьировать от 20–30 до 90. Обычный размер кладки взрослого аллигатора – 40 яиц. Сверху гнездо надежно закрывается слоем сорванной травы.
Весь период инкубации (а он продолжается более 2 месяцев) самка практически не отходит от гнезда. Она тщательно следит за температурой воздуха, и то нагребает на гнездо дополнительную кучу прелой листвы, то, напротив, почти обнажает кладку, чтобы проветрить. Единственное, от чего не может уберечь аллигатор свое будущее потомство – это от резкого повышения уровня воды. Залитые водой яйца погибают через 10–12 ч. Самки находятся вблизи гнезда, проводя время на отмели или же в укрытии. В случае опасности, которая грозит кладке, они выходят к гнезду и обороняют его.
Вылупляются молодые крокодильчики в самом конце лета и заранее тонким писком подают о себе знать из яйца. Услышав их крики, мать отгребает с гнезда «одеяло» из растений, работая передними лапами и челюстями. Ее помощь очень важна, поскольку к этому времени глина, связывающая растительную основу гнезда, затвердевает, и расколоть ее нелегко. Если же самка в момент вылупления оказалась далеко и не смогла вовремя прийти на помощь, новорожденные гибнут, так и не выбравшись из своей глиняной тюрьмы. Молодые аллигаторы, только что вышедшие из яйца, чуть длиннее карандаша (15–20 см) и еще очень слабы. Самка переносит потомство к воде, захватывая челюстями по 8–10 детенышей и подстилая язык, в который она их сажает, как в сумку. Очутившись в воде, она открывает челюсти и трясет головой, выпуская свое потомство в новый для него мир.
Молодые крокодильчики быстро сбиваются в группы, причем если гнезда самок находились рядом, их потомство быстро перемешивается. Но аллигаторы-мамы на это не обращают никакого внимания и ухаживают за приемными детьми так же, как и за своими. Зачастую они просто делят потомство на две относительно равные группы, и каждая присматривает за своей половиной. Опека длится длительное время, мать и детеныши всегда зимуют в одном водоеме, а иногда не расстаются в течение 2–3 лет. Молодые животные питаются преимущественно водяными насекомыми, ракообразными, мелкой рыбой и лягушками. По мере того как они увеличиваются в размерах, их рацион пополняется крупной добычей. Несмотря на тщательную родительскую опеку, процент гибели молодых крокодилов очень высок, хорошо, если 20 % из них достигнут 2 лет. Основными врагами молодых аллигаторов, крадущими детенышей буквально из-под пасти зубастой мамаши, являются еноты, хищные птицы, выдры и змеи. В водоемах на них часто нападают крупные рыбы, не прочь закусить молодым крокодилом и взрослый аллигатор, свободный в данный момент от забот за собственным потомством.
Первые годы самки обороняют свое потомство, быстро реагируя на крики тревоги. Молодые крокодилы растут как на дрожжах, вытягиваясь каждый год на 20–25 см и прибавляя по 0,5 кг массы. Как только аллигатор дорастает до 2-метровой длины (что удается только каждому двадцатому крокодильчику), он уже сам представляет угрозу для своих недавних преследователей, и ему никто не угрожает, кроме человека.
Участки обитания щучьих аллигаторов сильно различаются у представителей разного пола. У самок он относительно небольшой по размерам, с источником пресной воды, причем они предпочитают медленно текущую воду озер, болот. Самцы более претенциозны и требуют себе большую территорию. Иногда они селятся и в водоемах с соленой водой, но не могут там находиться долгое время и периодически откочевывают в глубину прибрежных мангровых болот, где вода более пресная. Как уже отмечалось, во время сезона размножения и самцы, и самки много перемещаются в пределах своих участков и часто выходят за их границы. Молодые аллигаторы остаются в том месте, где родились, но через 2–3 года они покидают эти места в поисках новых охотничьих угодий. Чаще всего им «способствуют» в этом другие, более крупные аллигаторы.