Здесь же, при госпитале, в одном из его флигелей, занимала семья доктора В. И. Исаева скромную квартиру, в которой он прожил почти семнадцать лет. Всю свою энергию и замечательные организационные способности посвятил доктор В. И. Исаев порученному делу. Он считал любое санитарное мероприятие делом государственной важности и принимал непосредственное участие во всех проявлениях жизни города крепости, которые имели отношение к здоровью населения. Занимался модернизацией операционных и обустройством мясных складов, следил за тем, как казармы перестраивают в «матросские дома», а также за санитарным состоянием этих домов, контролировал создание запасов продовольствия для флотских нужд, добивался изменений в рационе матросов. При его участии строятся паровые кухня и хлебопекарня, проводится электрическая вентиляция, канализация. За время, что Василий Исаевич возглавлял госпиталь, была кардинально перестроена хозяйственно административная часть. Амбулатория была приведена в образцовое состояние. Хирурги получили отличную операционную. Начали работать зубные кабинеты. Наконец, по инициативе доктора В. И. Исаева в госпитале был открыт рентгеновский кабинет — первый в России, где установили рентгеновский аппарат, изобретенный здесь же, в Кронштадте, Александром Поповым.
В 1901 году В. И. Исаев был направлен в город Астрахань для ликвидации эпидемии чумы. Изучая характер эпидемии, он установил, что чума эндемична и очаги ее находятся в степях Киргизии, а не завозятся на судах из стран Каспийского моря. Это заключение привело к отмене дорогостоящих карантинных мероприятий на судах и в портах Каспийского моря. За эту успешно проведенную работу, Русское географическое общество наградило В. И. Исаева медалью им. СеменоваТянШанского. В дальнейшем он продолжил изучение вопросов борьбы с чумой в противочумной лаборатории, организованной на форту «Александр».
Когда потребовалось перевести из Санкт-Петербурга противочумную лабораторию Императорского института экспериментальной медицины, то именно он, доктор В. И. Исаев, предложил разместить ее на форту «Император Александр I». Там врачи энтузиасты работали над изучением особо опасных инфекций и поиском лекарств от них. Там же, в казематах бывшего форта впервые в мире была произведена противочумная вакцина, которая отправлялась в очаги заболеваний.
Главный доктор госпиталя лейб-медик В. И. Исаев впервые в мире применил в целях дезинфекции хлорирование питьевой воды. На форту Александр I он хлорировал воду в обычных деревянных бочках, изучал ее под микроскопом на предмет болезнетворных бактерий и проверял на крысах. Была найдена такая концентрация хлора в воде, которая была безжалостна к возбудителям инфекции и вместе с тем безопасна для людей. И в Кронштадтском водопроводе стали хлорировать воду. Сначала периодически — во время эпидемий, а потом уже и постоянно. Впервые в истории человечества. Отсюда этот способ стал применяться не только во всей России, но и во всем мире.
В качестве инспектора Кронштадтского военного порта В. И. Исаев провел дезинфекцию всей городской водопроводной сети, что способствовало отсутствию эпидемии холеры в городе в 1910 году, хотя эпидемия холеры поразила в это время весь Санкт-Петербург.
Скончался В. И. Исаев 12 июня 1911 года от крупозного воспаления легких и был похоронен в Ораниенбауме. В 1970е годы прах и надгробие Исаева было перенесено в Ленинград на Серафимовское кладбище.
29 октября (11 ноября) 1913 года в госпитальном саду перед главным зданием госпиталя был открыт памятник доктору В. И. Исаеву работы скульптора Л. В. Шервуда. Памятник В. И. Исаеву представляет собой высокий, усеченный сверху обелиск из красного полированного гранита. Обелиск завершен бронзовой эмблемой медицины — чашей со змеей. Пьедестал обелиска опирается на гранитную трехступенчатую базу. На лицевой стороне памятника помещен обрамленный листьями врезанный в плоскость горельефный портрет В. И. Исаева. Над портретом в камне высечена цитата из сочинений В. И. Исаева: «Жизнь мчится стремительно вперед, спешите трудиться. В. Исаев». В нижней части обелиска с двух сторон помещены две мраморные доски с текстами. На лицевой стороне памятника доска с текстом: «Почетному Лейб-медику Василию Исаевичу Исаеву. Медицинскому инспектору Кронштадтского порта и главному доктору сего госпиталя. 1854—1911», на обратной стороне установлена доска с текстом: «Врачу Ученому Администратору Общественному деятелю».
Возложение цветов к памятнику В. И. Исаеву в госпитальном парке, 2014 год
На главном здании госпиталя установлена в честь В. И. Исаева мемориальная доска из белого мрамора: «Здесь жил и работал с 1894 года по 1911 год Главный доктор Кронштадтского Морского госпиталя Василий Исаевич Исаев (1854—1911)».
В заключение приводим знаменитые цитаты из его рукописных изданий:
«Каждый тифозный больной вправе упрекать нашу совесть в том, что мы не можем дать населению здоровую воду»;