В самом начале наступившего 1921 года к постоянно мучившей Петра Алексеевича болезни сердца добавилось воспаление легких. Возможно, он простудился, играя в нетопленой комнате на рояле этюды Скрябина, ноты которых ему привезли из Москвы. В. Д. Бонч-Бруевич сообщил о болезни Кропоткина Ленину, который распорядился отправить в Дмитров специальный поезд с продовольствием, не подлежащий осмотру и конфискации, а также лучших врачей во главе с наркомом здравоохранения Н. Я. Семашко и профессором Д. Плетневым. Состоялся консилиум, после чего врачи уехали и с больным остался его друг, врач по специальности, Александр Атабекян. «Известия ВЦИК» стали каждый день публиковать бюллетени о состоянии здоровья больного. 23 января наступило некоторое улучшение, и появилась надежда на выздоровление. Петр Алексеевич смог заняться корреспонденцией, и в прессу попали его слова: «Меня огорчает, что людям, столь занятым и заваленным работой, пришлось пожертвовать драгоценным для них временем и, быть может, отдыхом… Я не понимаю, от чего меня лечат…»
Но улучшение было недолгим. Через неделю внезапно снова поднялась температура — начался второй этап воспаления легких. Теперь с каждым днем ему становилось хуже. Он надолго терял сознание, периоды просветления становились все короче и короче. В один из таких моментов больной принялся рассказывать о своей самой большой сибирской экспедиции и на конверте Общества сближения с Англией начертил свой олёкминско-витимский маршрут: от Лены на Витим, потом на юг, через долину Муи, к Чите. По-видимому, ему вспомнилось наиболее яркое впечатление жизни…
Петр Алексеевич Кропоткин скончался в ночь на 8 февраля в 3 часа 10 минут. Через день прибыл специальный поезд, на котором гроб с телом был доставлен в Москву и установлен в Колонном зале Дома труда (потом он стал называться Домом союзов), в том самом зале Дворянского собрания, где 70 лет назад мальчик Петя в восточном костюмчике заснул на коленях российской императрицы и был пожалован монаршей милостью — определен учиться в Пажеский Его Величества корпус…
Три дня шло прощание с покойным в Колонном зале. 13 февраля состоялись похороны. Похоронная процессия растянулась во всю длину Волхонки, Пречистенки, Большой Царицынской (ныне Большая Пироговская), в ней участвовали и представители правящей партии. По просьбе вдовы и дочери Кропоткина, во исполнение его последней воли, на время похорон под честное слово были отпущены из внутренней тюрьмы ВЧК заключенные-анархисты. Но, когда гражданская панихида закончилась и настал момент выноса гроба, узников еще не было. Тогда анархисты, приехавшие из Дмитрова, изготовили специальное «знамя протеста» и отказались выносить гроб, пока не придут их товарищи.
Только через полчаса, по указанию председателя Моссовета Льва Каменева, семеро заключенных во главе с организатором анархистской конфедерации «Набат» Ароном Бароном и Ольгой Таратутой были доставлены к месту прощания. Они шли с черным знаменем протеста впереди колонны из десятков тысяч людей, пришедших на похороны. Когда траурный кортеж приблизился к дому Льва Николаевича Толстого на Пречистенке, работники музея вынесли бюст великого писателя, а хор Большого театра исполнил фрагмент православного канона «Вечная память», что было совсем не в новых, советских обычаях.
Более двух часов двигалась траурная процессия к Новодевичьему кладбищу. Был ясный, морозный день, и зимнее солнце освещало заполненные народом улицы, множество красных и черных знамен. Венков было не менее восьмидесяти. Государство, с действиями которого этот человек не соглашался, решило использовать в своих интересах популярное во всем мире имя. Поэтому на первом месте были венки от ЦК РКП(б), Исполкома Коминтерна, Совнаркома и ВЦИКа, а потом уже от политкаторжан, партии левых эсеров, Академии наук, двух факультетов Московского университета, студентов, работников просвещения Дмитровского уезда, от толстовских и множества анархических организаций.
На гражданской панихиде выступил бывший секретарь Толстого В. Ф. Булгаков: «В лице Кропоткина мы хороним одного из благороднейших защитников человеческой личности, одного из вдохновеннейших певцов свободы, — той свободы, самое понятие, самое имя которой уже стыдимся теперь произносить!.. Надо действительно углублять революцию, а не считать (смешно сказать!) революцией то насилие, которым кучка правящих людей защищает себя…» Еще более резко прозвучала речь анархиста Арона Барона. Он говорил о новом деспотизме, о палачах в подвалах ЧК, о том, что революция оказалась предана и растоптана. Он, как и остальные отпущенные, вечером вернулся в свою камеру. В 1937 году его расстреляли.