В декабре 1963 года Военная коллегия Верховного суда вынесла постановление о том, что срок лишения свободы Леонида Эйтингона должен включать полтора года, проведенные им в тюрьме еще до смерти Сталина. В результате общий срок его заключения сократился. Эта маленькая, но все же победа была достигнута вскоре после того как Эйтингон едва не умер от опухоли в кишечнике. Его спасла экстренная операция, мастерски выполненная ведущим хирургом-онкологом Минцем. Положение было настолько серьезным, что, накануне операции, Эйтингон решил обратиться к партии с прощальным письмом, адресованным на имя Хрущева.
«С этим письмом я обращаюсь к Вам после того, как я уже более десяти лет провел в тюремном заключении, и весьма возможно, что это последнее письмо, с которым я обращаюсь в ЦК КПСС. Дело в том, что пребывание в тюрьме окончательно подорвало мое здоровье, и в ближайшие дни мне предстоит тяжелая операция в связи с тем, что у меня обнаружена опухоль в области кишечника… В связи с этим вполне естественно мое желание обратиться в ЦК партии, той партии, в которую я вступил в дни моей молодости в 1919 году, которая меня воспитала, за идеи которой я боролся всю жизнь, которой я был и остаюсь преданным до последнего своего вздоха… За что меня судили? Я ни в чем перед партией и Советской властью не виноват. Всю свою сознательную жизнь, по указанию партии, я провел в самой активной борьбе с врагами нашей партии и Советского государства… И работой моей были довольны в Москве… В 1925 году я был направлен на работу в разведку. И с тех пор до начала Отечественной войны находился за пределами страны на работе в качестве нелегального резидента в Китае, Греции, Франции, Иране, США. В 1938–1939 гг. руководил легальной резидентурой НКВД в Испании. Этой работой ЦК был доволен. После ликвидации Троцкого в особом порядке мне было официально объявлено от имени инстанции, что проведенной мною работой довольны, что меня никогда не забудут, равно как и людей, участвовавших в этом деле. Меня наградили тогда орденом Ленина… Но это только часть работы, которая делалась по указанию партии, в борьбе с врагами революции…
И вот от одного липового дела к другому, от одной тюрьмы в другую, в течение более 10 лет я влачу свое бесцельное существование…
Кому это нужно, что мы сидим и мучаемся в тюрьме? Партии? ЦК? Я уверен, что нет…
Прошу извинить за то, что я Вас побеспокоил. Разрешите пожелать Вам всего наилучшего. Да здравствует наша ленинская партия! Да здравствует коммунизм! Прощайте!..»
Эйтингона освободили в 1964 году. Освободили, но не реабилитировали. Более того, он вскоре снова становится нежелательным свидетелем — на сей раз для Брежнева, которому никак не хотелось ворошить старое. Не по душе пришлась ему и петиция за подписью двадцати четырех ветеранов НКВД-КГБ, включая Абеля, Рыбкину и других легендарных разведчиков. Петиция, переданная во время празднования 20-й годовщины победы над гитлеровской Германией, призывала генсека пересмотреть дело Эйтингона и реабилитировать его, восстановить его доброе имя.