Договор о приобретении акций 'Апатита' обязывал 'Волну' сразу инвестировать в комбинат 30% от общего объема инвестиций, а до 1 июля 1995 года внести оставшиеся 70% инвестиций. Но не для того Ходорковский инсценировал конкурс, чтобы исполнять условия соглашения. Вместо перечисления средств на счет предприятия, 'Волна' предложила 'Апатиту' заключить кредитный договор с банком Менатеп. В свою очередь, член совета директоров банка Менатеп Сергей Абрамов на встрече с работниками предприятия сказал, что банк - это не альтруистская организация и что, взяв на себя обязательства выплатить огромную сумму, инвестор не собирался просто так 'дарить' ее кому-то. Таким образом, получается, что инвестиционные обязательства брались на себя подставной фирмой, всего лишь имеющей банковские гарантии Ходорковского, но не располагавшей средствами для инвестиций. Цель, которую ставили перед собой хозяева 'Волны' - завладение правом на 20% пакет акций 'Апатита'. Исполнять договор никто не собирался изначально, что стало понятно сразу после завершения конкурса.
Уже с 1994 года начинаются обращения прокуратуры Мурманской области в арбитражный суд. Но в исках прокуратуре было отказано. Клевреты Ходорковского и здесь провели оперативную мошенническую операцию. Глава 'Волны' Андрей Крайнов и подчиненный Ходорковского по Менатепу на суде продемонстрировал платежные поручения о перечислении денег со счета 'Волны' в Менатепе на счет 'Апатита' в том же банке. Излишне говорить, что платежи были фиктивными - в тот же день средства переводились обратно на счет 'Волны'.
Ходорковский в полной мере воспользовался своими правами крупнейшего акционера 'Апатита'. По сути 20% акций обеспечили бизнесмену полный контроль над комбинатом. Бизнесмен, возглавлял совет директоров 'Роспрома' (в который влился 'Апатит') и в этом качестве распорядился отобрать у руководства комбината право распоряжаться выработанной продукцией и деньгами. После издания соответствующего приказа права руководства 'Апатита' перешли менеджерам Менатепа. В результате деятельности меатеповцев, продукция комбината отгружалась подставным фирмам-посредникам в России и Швейцарии по цене вдвое ниже, чем была определена тогда на рынке. Эти фирмы получали продукцию 'Апатита' по заниженным ценам - не более 30 долларов США за тонну, а затем продавали апатитовый концентрат зарубежным предприятиям в Польшу, Бельгию, Норвегию, Данию, Израиль, Канаду, Мальту, Болгарию и Литву по цене до 78,5 долларов США за тонну. Разница между реальной ценой и фиктивной оседала в карманах Ходорковского и его приближенных. Как установила Генеральная прокуратура, чистая прибыль в результате указанных выше действий только за период 2000-2002 г.г. была занижена на сумму более 6 миллиардов рублей.
Надо отдать должное Фонду имущества Мурманской области, который не оставлял попыток вернуть пакет акций 'Апатита' в ведение государства. Чтобы избежать этого и замести следы, Ходорковским была изобретена следующая схема: 'Волна' дробит свой пакет акций и продает доли различным подставным фирмам. Но тот факт, что новые владельцы пакета акций являются аффилированными с Менатепом лицами, не было загадкой для чиновников. После исковых требований и апелляций Арбитражный суд Москвы расторг договор о продаже акций 'Апатита' 'Волне'. Суд указал на то, что фирма не исполнила инвестиционные обязательства и вообще распоряжалась акциями нецелевым образом. 'Волна', согласно судебному решению, должна была вернуть акции государству, но возвращать было нечего - бумаги были уже распылены. Ходорковский, укрывший акции в своих подставных фирмах, не торопился исполнять решение суда на протяжении целых четырех лет. Лишь когда проблему подняли губернаторы Новгородской, Смоленской, Тамбовской, Орловской, Тульской и Белгородской областей совместно с депутатами Госдумы, ему пришлось пойти на некоторые уступки.
В марте 2002 года Платон Лебедев предложил Российскому фонду федерального имущества (РФФИ) урегулировать проблему за счет Менатепа. Стороны заключили мировое соглашение. Согласно соглашению 'Волна' должна была выплатить государству 15 миллионов долларов США - это была якобы разница между действительной рыночной и номинальной стоимостью 20% пакета акций 'Апатита'. Между тем, на 1 октября 2002 г. рыночная стоимость 20% акций 'Апатита' равнялась 62 миллионам долларов. Мало того, что Ходорковский и Лебедев лукавили, когда говорили о невозможности возвращения акций государству (все акции находились в ведении подконтрольных им фирм), но еще и занизили размер 'компенсации' в четыре раза.