В конце мая 1998 года состоялся еще более крупный митинг под лозунгами: "Долой "ЮКСИ" со святой Руси!", "Зарплату учителя — Ходорковскому!", "Москва, не руби сук, на котором сидишь!". На митинге выступил и Петухов, который назвал руководство ЮКОСа преступной группировкой, наживающейся на реализации нефти. Был создан стачечный комитет, который угрожал остановить с 3 июня добычу нефти объединением "Юганскнефтегаз".
В следующей акции протеста 2 июня приняла участие четверть населения Нефтеюганска — около 25 тысяч человек. Митинг вылился в блокирование кабинета председателя совета директоров "Юганскнефтегаза" Сергея Муравленко. Его не выпускали с рабочего места почти двое суток пока ЮКОС не перевел 25 миллионов рублей в счет погашения задолженности. Столь серьезные волнения вынудили прилететь в Нефтеюганск самого Ходорковского. На встрече с жителями он цинично призвал их "молиться на мировой рынок, который регулирует цены на нефть".
Пытаясь поставить на место строптивого мэра, ЮКОС реализовал хитроумную и незаконную схему, начав перечислять средства на зарплату бюджетникам непосредственно на счета организаций, минуя городской бюджет. Таким абсурдным методом Ходорковский "наказывал" Петухова, которого считал организатором протестных акций. Местное отделение Менатепа вскоре выплатило бюджетникам города на зарплаты около 30 миллионов рублей через специально созданный бюджетный комитет.
Подобные незаконные действия Ходорковского, его прямое вмешательство в дела местного самоуправления, вынудили Петухова объявить 15 июня голодовку. Мэр потребовал возбудить уголовное дело в отношении ЮКОСа и освободить виновных от занимаемых должностей. Кроме того, глава города потребовал погасить накопленную компанией налоговую задолженность и прекратить вмешательство в деятельность местного самоуправления Нефтеюганска со стороны ЮКОСа.
Вот выдержки из письма Петухова:
"Президенту РФ г-ну Ельцину Б.Н, Премьер-министру РФ г-ну Кириенко С.В., Председателю Совета Федерации РФ г-ну Строеву Е.С., Председателю Государственной Думы РФ г-ну Селезнёву Г.А., Генеральному прокурору РФ г-ну Скуратову Ю.И., Начальнику ГНИ г-ну Федорову Б.П., Председателю ФСБ РФ г-ну Ковалеву Н., Губернатору Тюменской области г-ну Рокецкому Л.Ю., Губернатору ХМАО г-ну Филипенко А.В., Председателю Думы ХМАО г-ну Собянину С.С.
Я, Глава г. Нефтеюганска Петухов В.А., протестую против циничных действий и убийственной политики, проводимой олигархами из ОАО "Роспром-ЮКОС" и банка "Менатеп" в Нефтеюганском регионе. В знак протеста против бездействия Правительства РФ и политики удушения регионального сопротивления командой г-на Ходорковского М.Б., исчерпав все свои возможности убеждения, объявляю бессрочную голодовку и выставляю следующие требования:
1. Возбудить уголовное дело по факту сокрытия налогов в крупных размерах РОСПРОМ-ЮКОСом 1996–1998 гг.
2. Отстранить от занимаемой должности начальника ГНИ г. Нефтеюганска Наумову Л.З. и начальника ГНИ ХМАО Ефимова А.В., а также объединить налоговые органы г. Нефтеюганска и Нефтеюганского района.
3. Активизировать следствие по факту мошенничества на сумму 450 млрд. руб. (неденоминированных) фирмой РОНДО-С и АНК ЮКОС, а также мошенничества с фальшивыми векселями фирмы ЭЛТЕМ на сумму 100 млрд. руб., выпущенных РОСПРОМ-ЮКОСом.
4. Погасить накопившиеся по налогам, штрафам и пени РОСПРОМ-ЮКОСом в размере 1,2 триллиона неденоминированных руб. г. Нефтеюганску финансовыми ресурсами, нефтью и нефтепродуктами.
5. Прекратить вмешательство в деятельность органов местного самоуправления г. Нефтеюганска со стороны олигархов из РОСПРОМ-МЕНАТЕП-ЮКОС.
6. Провести процедуру отмены противозаконного аукциона по покупке АНК ЮКОС РОСПРОМ-МЕНАТЕПом и передаче государственного пакета акций ОАО "Юганскнефтегаз" за долги г. Нефтеюганску, г. Пыть-Яху, Нефтеюганскому району и Ханты-Мансийскому автономному округу.
7. Восстановить хозяйственную самостоятельность ОАО — производственного объединения "Юганскнефтегаз"[21].
Очевидно, что за любое из требований Петухова ЮКОС мог бы его убрать, но наиболее опасными для руководства корпорации были 6 и 7 пункт из заявления мэра.
Что немаловажно — Петухова в его борьбе поддерживал не только Нефтеюганск, поскольку аналогичные проблемы с ЮКОСом испытывали и другие города Западной Сибири. Но на проблемы людей Михаилу Ходорковскому было глубоко наплевать. Дело в том, что в это время все его внимание было поглощено созданием холдинга с "Сибнефтью" — так называемого "ЮКСИ". Еще в январе 1998 года ЮКОС и "Сибнефть" подписали протокол о намерении объединить свои управленческие и операционные структуры. Создаваемый холдинг ЮКСИ по сырьевым запасам (3,2 млрд т) должен был занять первое место среди мировых нефтекомпаний, а по нефтедобыче (65 млн т) стать третьим после Shell и Exxon.