До полуночи 8 октября поход проходил в благоприятных условиях, со скоростью 12-13 узлов. Поднявшийся ночью ветер быстро окреп, разведя сильную встречную зыбь. С двух часов ночи 9 октября волны начали бить в носовую часть понтона яхты – сначала редкие, эти удары с усилением ветра и высоты волн участились. Ход пришлось уменьшить до 4- 5 уз., но удары не прекращались. Весьма сдержанный в своих оценках Рид писал: «удары волн в плоское днище яхты были ужасны по временам…» О том же сообщал в рапорте и И. К. Вогак: «… один из них был особенно сильный, произведший на всех впечатление как от удара о твердый предмет…» В 10 часов утра обнаружили, что первое междудонное отделение заполнилось водой; срочно пришлось менять курс и направиться в испанский порт Ферроль.
По сведениям очевидцев, высота волн достигала 6-7 м, при этом бортовая качка не превышала 3,5° на борт, а килевая – 9° в размахе 5,5° в нос и 3,5° в корму. Винты ни разу не оголялись. «На яхте ничего не падало» – рапортовал командир: сервировка стола и высокие канделябры оставались недвижимы как в штиль, ни суп в тарелках, ни вода в стаканах ни разу не пролились.
Каким же образом «Ливадия», ведомая опытными моряками, попала в самый центр шторма, да еще шла против волны? Это тем более непонятно, так как на ее борту находились судостроители, намекавшие, еще на испытаниях, что яхта хороша «при волнах не слишком большой величины». Как отмечал член приемной комиссии капитан 2 ранга В. П. Верховский «яхта никогда не предназначалась для океанского плавания, а потому для суждения о ее качествах достаточно Черного моря… ее во всяком случае нет оснований подвергать даже на . Черном море суточным действиям тяжелого шторма. Наибольший переход из Одессы в Поти… яхта сделает легко в 30 или 35 часов, причем конечно не будет никакой крайности выходить из порта в самый шторм…»
Рид прямо ссылается на генерал- адмирала, который, по его словам, полагал, что не следует упускать удобный случай «произвести обстоятельное испытание яхты и потому мы направились в самую пасть Бискайского шторма». О том же, но более дипломатично, пишет и Верховский: «были желающие встретить… хороший шторм, желали, чтоб нас трепнуло, чтобы ветер и волнение были посильней… а без этого… и полное суждение о качествах яхты невозможно…». Сам ли руководитель похода решился на такое «испытание» или ему помогли и посоветовали, осталось неизвестным.
В Феррольской бухте водолазы обнаружили в носовой части понтона, с левого борта, 5-метровую вмятину с разрывами и трещинами в листах обшивки, погнутыми и сломанными шпангоутами. Было затоплено пять бортовых и одно междудонное отделение. Первоначально причиной повреждений посчитали столкновение с плавающими обломками, о чем и послали сообщение в «Правительственный вестник», но, после обстоятельного осмотра, и русские и иностранные специалисты пришли к единодушному мнению – повреждения вызваны ударами волн!
Ремонт пришлось выполнять на плаву силами команды под управлением судовых инженер-механиков: ни один европейский док не мог вместить «Ливадию», а Стандфильский в это время только дооборудовался в Севастополе для приема яхты.
Только через семь с половиной месяцев исправленная яхта покинула испанский порт, продолжив 26 апреля 1881 г. свой переход. Теперь им руководил вице-адмирал И. А. Шестаков. Шли неторопливо и осторожно, укрываясь от непогоды под берегом или в портах. Утром 27 мая «Ливадия» вошла в Севастопольскую бухту. 3890 миль она преодолела за 381 ходовой час, истратив более 2900 т угля.
В специальной записке И. А. Шестаков отметил легкость управления яхтой, прямолинейность ее хода, комфорт и отсутствие качки. Однако он констатировал, что независимо от скорости, даже при незначительной мертвой зыби «подергивало от ударов в скулы блина», а при встречном волнении «удары в нос были очень ощутительны», при этом надстройки «ходили» (вибрировали). Тем не менее адмирал считал хорошо и тщательно сделанную яхту «достойной на существование», но… после испытаний «при всех обстоятельствах моря и погоды».
Пока определялась ее судьба, «Ливадия» выполнила свой единственный, как оказалось, рейс по Черному морю. 29 мая, под флагом главного командира Черноморского флота, она перешла в Ялту и, приняв на борт генерал- адмирала и его брата, великого князя Михаила Николаевича, направилась в Батум, откуда вернулась через три дня. Пассажирам не очень повезло: море штормило и надстройки тряслись от ударов волн в понтон.
В середине июня яхту подняли в Стандфильском доке, где ее осмотрели члены комиссии, назначенной новым главой морского ведомства великим князем Алексеем Александровичем. Подтверждая сложившееся еще в Ферроле мнение, комиссия признала, что повреждения яхты получены от ударов волн и посчитала конструкцию корпуса понтона, особенно в носовой части, неудовлетворительной для сопротивления этим ударам. В МТК с этими выводами согласились и предписали «для безопасного плавания» заменить все поврежденные части новыми с усилением набора в носовой оконечности.