Последним эпизодом, связанным с кругосветным плаванием, был судебный процесс против Дрейка, начатый Джоном Доути, братом казненного им капитана. Не добившись ничего через суд, Доути вошел в сговор с пострадавшими от Дрейка испанскими купцами, замышляя его убийство. Это было раскрыто, Доути был арестован. В ходе дознания выяснилось, что Филипп II обещал 20 тыс. дукатов тому, кто выкрадет Дрейка и доставит в Мадрид или хотя бы пришлет в Эскуриал его голову. Именно это и намеревался сделать Джон Доути. Несмотря на поддержку всесильного канцлера лорда Берли, он был заключен в тюрьму.
Внешне жизнь Дрейка в первые пять лет после возвращения из кругосветного плавания шла размеренно и спокойно: управление своими поместьями, обязанности мэра Плимута, поездки в Лондон ко двору королевы, несложная деятельность члена палаты общин английского парламента. На самом деле это было не так.
За день до возведения Дрейка в рыцарское звание, 3 апреля 1581 г., Уоллсингем представил королеве на рассмотрение два альтернативных плана морских экспедиций, направленных против Испании.
Первый план был назван Уоллсингемом «первым предприятием», второй — «вторым предприятием». «Первое предприятие» предусматривало отправку восьми кораблей и шести пиннас с тысячей матросов и солдат на Азорские острова для создания на Терсейре своего рода «пиратского королевства» под эгидой неудачливого претендента на португальский престол дона Антонио, внебрачного сына младшего брата испанского короля Жуана III, который был дедом бездетного португальского короля Себастьяна. Смерть последнего и вызвала борьбу за португальскую корону между доном Антонио и Филиппом II.
Находившийся в изгнании во Франции после захвата герцогом Альбой Лиссабона дон Антонио сохранял еще власть над Азорскими островами. Уоллсингем и хотел, воспользовавшись этим, обосноваться в столь стратегически важном месте. Английский флот получил бы прекрасную базу для нападения на испанский флот, перевозивший драгоценности Америки в Севилью. В плане Уоллсингема Дрейку отводилось центральное место командующего всей экспедицией.
«Второе предприятие» предусматривало организацию экспедиции в Каликут для того, чтобы, с одной стороны, не допустить захвата Испанией португальских колоний в Азии, а с другой — обеспечить торговлю с ними английских купцов. Эта операция также должна была осуществляться в интересах дона Антонио.
Королева выбрала первый вариант, но сказала, что разрешит начать «предприятие» лишь в том случае, если в нем примет участие Франция. Темпераментный дон Антонио через своего представителя в Лондоне торопил английское правительство с началом экспедиции. В обеспечение займов, которые надо было сделать для финансирования экспедиции, он даже передал Уоллсингему крупный бриллиант. Приготовления к экспедиции, которыми руководили Дрейк и Хокинс, шли полным ходом. Все должно было быть закончено в июне 1581 г. В конце июня дон Антонио прибыл в Лондон. 1 июля он был принят королевой. Дон Антонио просил послать на Азорские острова как можно более мощный флот. Елизавета же, в обычной для себя манере, осторожничала, стараясь обеспечить себе сильного союзника в этом чреватом опасностями деле. Она послала Уоллсингема в Париж для того, чтобы тот сумел втянуть в «предприятие» Францию.