Разоблачения Семенова и Коноплевой потрясли советский народ и прогрессивную общественность мира. Однако главные обвиняемые – члены Центрального комитета партии эсеров, находившиеся под стражей, а также эмигрировавшие активисты этой партии – не признавали своей вины и решили превратить предстоящий суд в трибуну для пропаганды и оправдания политики своей партии в русской революции. Эмигрантская группа членов ЦК партии эсеров выступила за границей с опровержением разоблачений Семенова и Коноплевой и попыталась изобразить готовившийся процесс как расправу. Эсеры клеветнически утверждали, будто суд незаконен, так как за свою прошлую деятельность эсеры в феврале 1919 г. были Советским правительством амнистированы; что подсудимым предрешен смертный приговор. Подняв шумную кампанию, эсеры обратились за поддержкой к «социалистическим партиям всего мира». В то время III, Коммунистический Интернационал намечал тактику единого рабочего фронта и предложил созвать всемирный конгресс из представителей всех международных объединений рабочего класса для выработки плана совместных действий в борьбе с капиталом. Воспользовавшись собравшейся в связи с этим 2–3 апреля 1922 г. в Берлине конференцией трех Интернационалов, лидеры реформистских II и II 1/2 (Венского) Интернационалов, взявшие под защиту эсеров, потребовали от делегации Коминтерна в качестве непременного условия соглашения о совместных действиях согласия на допуск представителей обоих реформистских Интернационалов в качестве защитников на судебный процесс и письменного заверения, что в отношении обвиняемых не будет применена смертная казнь. Представители РКП (б) в Коминтерне Бухарин и Радек дали от имени Коминтерна соответствующие обязательства. В статье «Мы заплатили слишком дорого», опубликованной в «Правде» 11 апреля 1922 г., В. И. Ленин подверг критике этот шаг, квалифицируя его как политическую уступку, сделанную пролетариатом без какой-либо компенсации со стороны международной буржуазии по отношению к революционному пролетариату.
В ответ на провокационные заявления эмигрантских кругов о незаконности предстоящего суда ввиду амнистии 1919 г. народный комиссар юстиции Д. И. Курский заявил, что амнистия касалась лишь тех правых эсеров, участвовавших в вооруженной борьбе с Советской властью, которые пересмотрели свое поведение и отказались от продолжения борьбы. Те же обвиняемые, которые не отказались от террора, диверсий и экспроприации, не подлежат амнистии.
Когда рассматривалось дело правых эсеров, в Советской стране были провозглашены новые начала революционной законности, которые в судебной области означали предоставление подсудимым больших прав на защиту, большую гласность процесса. Эти начала, зафиксированные в первом Уголовно-процессуальном кодексе РСФСР, принятом ВЦИК 25 мая 1922 г., формально вводились в жизнь с 1 августа, но фактически влияли на практику уже с момента их провозглашения. Поэтому, хотя судебный процесс (8 июня – 7 августа) проводился по правилам судопроизводства, предусмотренным Положением о революционных трибуналах, фактически на процесс по делу правых эсеров оказывали сильное влияние новые начала революционной законности.
Расследование по делу эсеров вело сначала ГПУ, а затем по постановлению пленума Верховного революционного трибунала от 29 апреля группа следователей трибунала во главе с Е. Ф. Розмирович.
Следователи допросили сотни свидетелей и обвиняемых, приобщили к делу партийные решения, письма и т. д., материалы многих судебных процессов по делам о контрреволюции. Число обвиняемых достигало 218 человек. Следователи и Верховный трибунал исключили из процесса неразысканных обвиняемых, находившихся за границей, лиц, которые подлежали амнистии (они давали подписку об отказе от вооруженной борьбы с Советской властью); из основного дела выделили материалы для отдельных производств. В конечном итоге суду Верховного революционного трибунала по основному делу были преданы 34 человека. Обвинительное заключение представляло собой книгу, изданную типографским способом, объемом в 117 страниц.