Весною 1919 г. ВЦИК подтвердил, что ВЧК и губернским чрезвычайным комиссиям принадлежит право непосредственной расправы (вплоть до расстрела) за контрреволюционные и некоторые другие преступления в местностях, объявленных на военном положении. После расстрела заговорщиков, готовивших мятеж в районе Кронштадта, ВЧК 12 июля заявила: «Опыт полутора лет гражданской войны показал, что иностранные и отечественные империалисты не надеются в открытом бою победить революцию… Одним из главных средств борьбы у контрреволюции является дезорганизация нашей обороны, нашего тыла». Указав, что контрреволюция пытается заговорами и предательством, изменой и шпионажем победить рабочих и крестьян, Всероссийская Чрезвычайная комиссия объявила о необходимости строже наказывать виновных в подобного рода преступлениях и тем самым помочь Красной Армии как можно скорее покончить с внутренними и внешними врагами. «Никакой пощады изобличенным в белогвардейских заговорах и организациях не будет», — говорилось в этом заявлении. Обращаясь с последним предостережением ко всем тем, кто оказался втянутым в белогвардейские организации по неосмотрительности или излишней доверчивости, ВЧК предлагала им в недельный срок явиться в ВЧК, гарантируя «явившимся и раскаявшимся полную безнаказанность».
Принимая решительные меры борьбы против вражеской агентуры, ЦК Коммунистической партии и Советское правительство вместе с тем предостерегали от возврата к методам массового красного террора. После взрыва в помещении Московского комитета партии, организованного анархистами и левыми эсерами, пленум ЦК РКП (б) рассмотрел вопрос о красном терроре и опубликовал извещение, в котором указывал, что это новое преступление может побудить рабочих расправиться с заложниками и находящимися на свободе представителями буржуазных и правосоциалистических партии. Однако ЦК считал, что взрыв в помещении Московского комитета не должен отразиться на обычной деятельности ВЧК и губернских ЧК, ибо Советская власть настолько окрепла, что может навести страх на врагов и обезвредить их организации, «не впадая в нервность, сохраняя обычный темп работы трибуналов и комиссий по борьбе с контрреволюцией, не допуская случайных ошибок…».
Исключительная опасность контрреволюционных заговоров, злодейский взрыв в помещении МК РКП (б), естественно, вызвали суровые репрессии: эти дела рассматривала внесудебным порядком ВЧК. Активные участники этих преступлений были расстреляны. Но, как правило, подавляющее большинство дел о контрреволюционных преступлениях рассматривалось не чрезвычайными комиссиями, а реорганизованными и ставшими вполне эффективными органами советского правосудия — революционными трибуналами. Весьма гибкая тактика применялась в отношении обвиняемых из мелкобуржуазных слоев.
Согласно постановлению Президиума ВЦИК об амнистии, в ноябре 1918 г. было прекращено расследование по известному делу «рабочей конференции» и освобождены видные меньшевики и правые эсеры, арестованные в июле того же года. 30 июня 1919 г. Верховный революционный трибунал при ВЦИК освободил от суда и наказания обвинявшихся по делу саратовской, петроградской и московской организаций правых эсеров, выразивших солидарность с резолюцией конференции своей партии об отказе от вооруженной борьбы с Советской властью. 5 ноября 1919 г. Советское правительство в дополнение к общей амнистии в ознаменование годовщины Октябрьской революции опубликовало решение «освободить из мест заключения и концентрационных лагерей всех членов тех политических групп и партий, которые объявили мобилизацию своих членов в защиту Советской республики, как это сделали интернационалисты, революционные коммунисты, поалейционисты, группа социалистов-революционеров «Народ», РСДРП (меньшевиков) и бундовцы, за исключением тех из них, которым предъявлены обвинения в участии в контрреволюционных организациях».
Вместе с тем советские органы принимали решительные меры пресечения деятельности мелкобуржуазных партий и их «активистов», когда они наносили вред обороне республики. Были такие моменты в годы гражданской войны, когда в «профилактических целях» приходилось заключать в места лишения свободы правых и левых эсеров и часть активных меньшевиков и анархистов. Однако они рассматривались не как наказуемые, а как временно, в интересах революции, изолируемые от общества.