26 февраля 1918 г. ВЧК расстреляла известного авантюриста-бандита, самозваного князя Эболи (он же де Гриколи, Найди, Маковский, Далматов) и его сообщницу Бритт за ряд грабежей, совершенных ими под видом обысков от имени советских органов. Этот первый расстрел был произведен по специальному постановлению Коллегии ВЧК. Заместитель председателя ВЧК Я. X. Петерс так объяснял причины применения расстрела: «Вопрос о смертной казни с самого начала нашей деятельности поднимался в нашей среде, и в течение нескольких месяцев после долгого обсуждения этого вопроса смертную казнь мы отклоняли как средство борьбы с врагами. Но бандитизм развивался с ужасающей быстротой и принимал слишком угрожающие размеры. К тому же, как мы убедились, около 70 % наиболее серьезных нападений и грабежей совершались интеллигентными лицами, в большинстве бывшими офицерами. Эти обстоятельства заставили нас в конце концов решить, что применение смертной казни неизбежно, и расстрел князя Эболи был произведен по единогласному решению».
28 февраля по постановлению Коллегии ВЧК были расстреляны бандиты В. Смирнов и И. Заноза (он же гайдамак Строгов), которые, назвавшись комиссарами Чрезвычайной комиссии, с шайкой вооруженных лиц явились в гостиницу «Медведь» и ограбили находившихся там посетителей. Преступников задержали с поличным — награбленными деньгами.
Определенную политическую подоплеку имело дело бывших офицеров лейб-гвардии Семеновского полка братьев А. А. и В. А. Череп-Спиридовичей. Согласно Брестскому мирному договору, Советское правительство должно было оплачивать все русские ценные бумаги, предъявляемые Германией. Используя это положение договора, немецкие агенты по указанию германского посла Мирбаха скупали за бесценок акции национализированных Советской властью предприятий, с тем чтобы предъявлять их к оплате. Братья Череп-Спиридовичи, являвшиеся крупными акционерами и членами правления Веселянских рудников, были задержаны при попытке продать германскому представительству акции национализированных рудников на сумму 5 миллионов рублей. За это преступление, расцененное как государственная измена, братья Череп-Спиридовичи и их комиссионер, биржевой маклер Б. П. Бейлипсон, 31 мая 1918 г. были расстреляны.
Исключительные обстоятельства военного времени вынудили Советское правительство принять решение о более широком применении расстрелов для борьбы с контрреволюцией. В обращении СНК от 10 июня 1918 г. ко всем трудящимся в связи с мятежом чехословацкого корпуса говорилось: «Главная цель заговорщиков состоит в том, чтобы отрезать Сибирскую дорогу, приостановить подвоз сибирского хлеба и взять голодом Советскую Республику… Уральский бандит Дутов, степной полковник Иванов
[21], чехословаки, беглые русские офицеры, агенты англо-французского империализма, бывшие помещики и сибирские кулаки объединились в один священный союз против рабочих и крестьян. Если бы этот союз победил, пролились бы реки народной крови и на русской земле снова восстановилась бы власть монархии и буржуазии… Для того чтобы… смести с лица земли буржуазную измену и обеспечить Великую сибирскую дорогу от дальнейших… покушений, Совет Народных Комиссаров считает необходимым принять исключительные меры». Среди них предлагалось: «Всем Совдепам вменяется в обязанность бдительный надзор над местной буржуазией и суровая расправа с заговорщиками… Офицеры-заговорщики, предатели, сообщники Скоропадского, Краснова, сибирского полковника Иванова, должны беспощадно истребляться… Долой изменников-насильников! Смерть врагам народа!»Применение расстрела в качестве меры борьбы с контрреволюционерами изменило характер деятельности Чрезвычайной комиссии. В беседе с сотрудником газеты «Новая жизнь» председатель ВЧК Ф. Э. Дзержинский сказал: «Наша задача — борьба с врагами Советской власти и нового строя жизни. Такими врагами являются как политические наши противники, так и все бандиты, жулики, спекулянты и другие преступники, подрывающие основы социалистической власти. По отношению к ним мы не знаем пощады… Комиссия состоит из 18 испытанных революционеров, представителей ЦК партий и представителей ЦИК. Казнь возможна лишь по единогласным постановлениям всех членов Комиссии в полном составе… Все дела о преступлениях, которые представляются нам не особенно опасными для Советской власти, мы передаем в военно-революционный трибунал и оставляем за собой непосредственных врагов, с которыми и боремся предоставленными нам СНК средствами».
26 июня ВЧК выступила с официальным разъяснением, в котором говорилось: «В большинстве газет Комиссия трактуется как следственная, в то время как Комиссия является Всероссийской Чрезвычайной комиссией по борьбе с контрреволюцией, саботажем и спекуляцией. Подобное «недоразумение» ведет к тому, что в значительной степени извращает задачи и цели работы Комиссии и представляет в совершенно ложном свете как функции, так и способы и образ действий Комиссии».