Многие свидетели — рабочие и честные специалисты — рассказали на предварительном следствии (а затем и на суде) о вредительских актах, совершенных обвиняемыми, их антисоветском поведении и издевательском отношении к рабочим. «Нет почти ни одной области в производстве, — говорилось в обвинительном заключении, — где бы рабочие не указывали следствию на конкретные случаи вредительства и на определенных виновников его. Уличенные этими показаниями обвиняемые были вынуждены признать свою вредительскую работу».
Десятки свидетелей характеризовали бывшего шахтовладельца и управляющего рудниками акционерного общества «Грушевский антрацит», а в 1920—23 гг. заведующего шахтой Емельяна Колодуба. Рабочий Вайлов на очной ставке с ним заявил: «Много сирот, вдов и матерей плачут от действий этого палача при царизме и при власти его соратников белогвардейцев… Пусть он скажет, как обирал рабочих и загонял их в могилу. Пусть он скажет, как нажитые эксплуатацией рабочих 30000 денег отправил в германский банк». Рабочий Федор Куропаткин рассказывал, что Колодуб до революции «всегда ходил с толстой палкой, рабочих считал за собак. Эта палка Колодуба в 1913 году ходила и по моей спине».
Некоторые из обвиняемых «шахтинцев» во времена господства белогвардейцев в Донбассе были связаны с деникинской контрразведкой. Их разоблачили рабочие-шахтеры. Это же подтвердили и арестованные бывшие сотрудники шахтинской контрразведки. Константин Клатько показал: «Контрразведку посещали и были связаны с ней специалисты с рудника Петропавловского механик-инженер Абрам Борисович Башкин, техник Калганов Николай Ефимович и инженер Николай Николаевич Березовский. Все эти лица были связаны лично с головкой контрразведки ротмистром Прудентовым и его помощниками… Эти лица, безусловно, давали сведения о лицах, сочувствующих Советской власти… Контрразведка по этим донесениям принимала меры арестов и расстрелов рабочих. Рабочие расстреливались пачками». Бывший начальник шахтинской контрразведки ротмистр Павел Прудентов также показал: «Инженер Калганов имел тесную связь с шахтинской контрразведкой, и не один раз его экипаж останавливался у подъезда, где помещалась наша контрразведка. В свои посещения контрразведки Калганов делился с нами сведениями о настроениях рабочих в Петропавловске, указывая на тех рабочих, которые выделялись среди последних или как агитаторы, или как большевистски настроенные». Прудентов подтвердил также связи с шахтинской контрразведкой Н. Н. Березовского, Емельяна и Андрея Колодубовых.
По окончании расследования 53 участника вредительской организации предали суду. Среди них оказались четыре бывших шахтовладельца. Основную массу обвиняемых составили старые инженеры и техники, занимавшие при капиталистах крупные посты.
Согласно обвинительному заключению, составленному старшим помощником Прокурора РСФСР Н. В. Крыленко и Прокурором Верховного суда СССР П. А. Красиковым, привлеченные к суду обвинялись в том, что «состояли членами вредительской контрреволюционной организации, действовавшей с 1920 по 1928 г., разновременно вступив в нее и поставив своей целью подрыв советской каменноугольной промышленности в контрреволюционных целях, для достижения чего производили:
1. Разрушение и срыв производства на местах.
2. Срыв работы организационного центра каменноугольной промышленности Донбасса — «Донуголь».
3. Срыв работы центральных органов, руководивших каменноугольной промышленностью.
Для достижения этих целей означенная контрреволюционная организация не только использовала аппараты советских учреждений, противодействуя их нормальной деятельности, но и, связавшись с пребывающими за границей и на территории СССР враждебными СССР лицами, группировками и органами, выполняла их враждебные в отношении СССР задания, передавала им сведения об экономическом состоянии каменноугольной промышленности для использования этих сведений во вред СССР и получала от заграничных контрреволюционных объединений и иных органов денежные средства для продолжения и дальнейшего развития своей контрреволюционной деятельности».
Большинство подсудимых как на предварительном, так и на судебном следствии признало свою вину. Их показания подтверждались и другими материалами расследования (технической экспертизой, свидетельскими показаниями и др.)-