«Боинг» минует контрольную точку «Neeva» и начинает постепенно отклоняться от международной трассы в сторону государственной границы СССР. В этот момент к нему вплотную приближается американский разведывательный самолет PC-135 и пересекает его маршрут. Южнокорейский «Боинг» вторгается в воздушное пространство СССР и начинает двигаться в глубь советской территории в районе полуострова Камчатка. Бортовая навигационная система сигнализирует экипажу об отклонении от установленного маршрута, но он не реагирует на ее предупреждения. Капитан передает наземной станции слежения ложные координаты полета (хотя на борту находится три современных компьютера, одновременный сбой в работе которых труднообъясним).
Советские радиотехнические подразделения обнаруживают приближающуюся к государственной границе СССР воздушную цель около 20.00 31 августа (время московское). За неопознанным иностранным самолетом устанавливается наблюдение. Поначалу считается, что это очередной PC-135. На перехват поднимаются два дежурных истребителя авиационного полка ВВС Дальневосточного военного округа, но им не удается обнаружить нарушителя.
В воздух были подняты несколько самолетов-перехватчиков. Один из них контролировал действия американского самолета — “PC-135”. Второй вышел в район нахождения самолета-нарушителя, сигнализируя ему, что он вторгся в воздушное пространство СССР. Предупреждение игнорировалось».
«Боинг» беспрепятственно пересекает Камчатку и в районе 21.00 выходит в Охотское море. Он продолжает держать курс на Сеул. Советские радиотехнические подразделения теряют самолет, но через 40 минут РЛС на острове Сахалин обнаруживает его. В воздух срочно поднимаются дежурные истребители. Тем временем рейс KAL 007 пересекает северо-восточнее города Долинска государственную границу и летит над южной частью Сахалина.
Из воспоминаний Героя Советского Союза генерала армии Ивана Моисеевича Третьяка, в 1983 году командующего войсками Дальневосточного военного округа:
«Рано утром мне на квартиру раздался звонок от начальника штаба округа, доложившего, что в наше воздушное пространство в районе Камчатки вторгся иностранный самолет. Он летел по необычному маршруту. Это нас насторожило. Части ОСНАЗа установили, что из самолета передается радиограмма на спутник. Расшифровав ее, мы узнали, что экипаж докладывает об успешном выполнении задачи по наблюдению за нашими подводными лодками, находящимися в Охотском море.
Исходя из такой обстановки, я был вынужден доложить начальнику Генерального штаба Маршалу Советского Союза Николаю Васильевичу Огаркову, который дал команду заставить самолет сесть, а если он не будет выполнять наших команд, уничтожить его».
Организовывать реализацию решения начальника Генштаба пришлось командиру дислоцированной на Сахалине 40-й истребительной авиационной дивизии ДВО генерал-майору Анатолию Корнукову, уже после распада СССР ставшему генералом армии, главкомом ВВС России. Его разбудил в 4.15 местного времени звонок оперативного дежурного: PC-135 вошел в воздушное пространство СССР и направляется в сторону Сахалина. Комдив вызывает машину, чтобы прибыть на командный пункт.
И тут чуть было не происходит конфуз, который мог стоить молодому генералу карьеры. Дело в том, что по приказанию командующего войсками ДВО он жил в недостроенном доме, чтобы быть ближе к КП, а заодно подгонять строителей. Но в то злополучное утро двери подъезда оказались заперты. Чтобы ночью не охранять подъезд от воров, солдаты повесили на входную дверь замок. Комдиву с трудом с пятого или шестого раза удалось выбить дверь плечом. Можно представить, в каком психологическом состоянии прибыл он на командный пункт.