Во Владивостоке в мае 1938 года у меня распалась семья. Я тяжело переживал эту трагедию. Николай Герасимович и член военного совета Яков Васильевич Волков пытались исправить случившееся, но ничего не получилось. Мне Николай Герасимович сказал: «Елисей, мы с Яковом Васильевичем говорили с твоей женой, но безрезультатно; гнилую веревку не свяжешь. Я вижу, как тебе тяжело, тебе надо изменить обстановку. На днях мне звонил В.К. Блюхер и просил меня выделить ему хорошего, опытного командира с академическим образованием для сформирования при оперативном отделе штаба ОКДВА морского оперативного отделения и руководства им. Это необходимо для эффективного взаимодействия ОКДВА с ТОФ. Тебе нечего объяснять важность и необходимость этого мероприятия. Мы с Яковом Васильевичем посоветовались и решили, что ты больше всего подходишь для этого дела. Мы рекомендуем тебе отправиться в Хабаровск. Здесь тебе трудно, а в новой обстановке тебе будет легче, ты там быстрее приведешь себя в порядок. Мне не хочется отпускать тебя и менять руководство отдела, но я действую в твоих интересах. Согласен поехать в Хабаровск?» Я согласился.
Через неделю я был уже в Хабаровске в штабе ОКВДА. Здесь меня встретили приветливо, особенно начальник штаба Г.М. Штерн, дали мне хорошее жилье, материально устроили так, что ни в чем не нуждался. Я с увлечением принялся за работу и постепенно стал привыкать к одиночеству. Но 22 сентября 1938 года меня, как и многих других сотрудников штаба, арестовали, и я оказался в Хабаровской особой тюрьме. Мне, как «врагу народа», предъявили обвинение по нескольким статьям, каждая из которых предусматривала только высшую меру наказания. В начале 1939 года меня перевезли из Хабаровска во Владивостокскую особую тюрьму. И в Хабаровске и во Владивостоке я подвергался тяжелым и оскорбительным допросам, до предела терпимого унижавшим человеческое достоинство. На допросы нас возили в «черном вороне», причем всегда после 12 часов ночи, чтобы оказывать психическое воздействие.
В конце 1939 года мне предложили подписать обвинительное заключение, которое необходимо для предания суду, но я, наученный опытными «врагами народа», от подписи обвинительного заключения, а заодно и от всех своих «чистосердечных» признаний, данных на допросах, категорически отказался. Мне угрожали, уговаривали, убеждая, что за чистосердечное признание суд сделает снисхождение и снизит меру наказания. Но я решительно отверг и угрозы и уговоры. Не знаю, откуда у меня взялись силы на это. В тюрьме ходило выражение «Лучше умереть стоя, чем вымаливать снисхождения на коленях», и я это мнение разделял. Меня надолго оставили в покое.
Я сидел и, не знаю, в который уже раз, до мелочей вспоминал свою прожитую жизнь. Было очень трудно и до душевной боли обидно. За какую вину мне и всем моим товарищам по тюрьме судьба послала такое тяжелое испытание, что происходит и кому это нужно?! Я старался не потерять веры в справедливость, в благополучный исход, не потерять веры в себя, в свои силы, так как видел, до какого тяжелого состояния апатии, депрессии дошли некоторые мои товарищи по камере, потерявшие веру в эти жизненные категории.
Но неожиданно, в начале марта 1940 года, меня под конвоем двух матросов пешим ходом (на допросы нас всегда возили в «черном вороне») доставили в прокуратуру к прокурору по особо важным делам. Прокурор вежливо предложил мне сесть. «Вы Елисей Андреевич Чернощек?» — спросил он, глядя на меня с приветливой улыбкой. «Да, я Елисей Андреевич Чернощек», — ответил я, пораженный столь вежливым обращением, от которого давно уже отвык. «Вот что, Елисей Андреевич, политические статьи, которые вам инкриминируют, заменены на уголовные; судить вас будут не по политическим статьям, а по уголовным, а это уже совсем иное дело. Но возможно, вас даже не будут судить, возможно даже, что вы встретитесь в скором времени с Николаем Герасимовичем Кузнецовым». Когда прокурор все это говорил, я приходил в какое-то странное, непонятное состояние, мне казалось, что внутри что-то обрывается. За все время пребывания в заключении я впервые не сдержался и заплакал. Придя в себя, я спросил прокурора: «Николай Герасимович жив, здоров, где он находится?» — «Николай Герасимович жив и здоров. Он находится в Москве и является народным комиссаром ВМФ». Тогда я кое-что стал понимать.
Дело в том, что в Хабаровске во время одного из допросов следователь задал мне вопрос: «А почему именно тебя Кузнецов направил в распоряжение Блюхера?» — «Не знаю», — ответил я. «Ах, ты не знаешь! Ну мы тебе объясним, зачем Кузнецов направил тебя к Блюхеру», — со злобой пригрозил мне следователь. После этого диалога у меня появилась убежденность, что Николай Герасимович разделил участь своих предшественников — командующих ТОФ Викторова и Киреева. Эта убежденность укрепилась после того, как во Владивостокской тюрьме я из «тюремного телеграфа» (перестукивание), которым достаточно хорошо овладел, узнал, что Блюхера уже нет в живых.