Любой вынужденный простой в производстве воздушных кораблей Сикорский использовал для выпуска новых легких самолетов. В конце 1914 г. им был спроектирован с использованием опыта создания С-8 и С-10 маленький одностоечный биплан. Первоначально он был двухместным с сиденьями, расположенными рядом в тесной кабине, и предназначался для отрядов « Муромцев» в качестве тренировочного самолета, а также скоростного разведчика для поиска целей для воздушных кораблей. Первый С-16 с заводским номером 154 поступил в эскадру для испытаний в боевых условиях 24 января 1915 г. В марте туда же были направлены еще две машины (№ 155 и 156).
В процессе эксплуатации этих трех опытных машин появилась мысль использовать их в качестве самолетов воздушного боя - сначала как истребителей-перехватчиков для прикрытия мест базирования «Муромцев», а затем и как истребителей сопровождения воздушных кораблей. 9 сентября 1915 г. от ГВТУ был получен заказ на 18 «Сикорских маленьких», так их звали в действующей армии. В соответствии с этим заказом « Авиа-Балт» в дополнение к первым трем С-16 сдал в начале 1916 г. еще 15 новых самолетов С-16сер, мало отличавшихся от первых. Большая часть их была одноместными. Для превращения безоружного поначалу самолета в боевой истребитель ГВТУ заключило с РБВЗ дополнительный контракт на оснащение С-16 пулеметами «Виккерс» и «Кольт». Синхронизатор был разработан хорошо нам известным Г. И. Лавровым. На двухместных машинах иногда устанавливали второй пулемет для стрельбы назад.
Поступившие в эскадру С-16 были первыми серийными истребителями отечественной конструкции. О них тотчас прознал Августейший коммандующий тяжелой авиацией. У него появилась реальная отхватить отхватить от эскадры приличный кусок, 3 февраля 1916 г. Великий Князь Александр Михайлович шлет начальнику штаба Верховного Главнокомандования генералу М. В. Алексееву депешу: «…Прошу разрешения, ввиду того что Эскадра еще не приступила к боевой работе, послать в 7 и 11 армии аппараты Сикорского-16, являющиеся ныне наиболее быстроходными. В противном случае дальнейшая разведка станет невозможной.» Что ж, достаточно высокая оценка в устах недоброжелателя. Шидловский, надеясь на широкое в будущем использование С-16, не только согласился уступить шесть машин, но й предложил переобучить на них славных соколов Великого Князя. Однако от последнего Августейший высокомерно отказался: «Всякий «моранист» полетит на «Сикорском»** . Но и этим отказом Великий Князь невольно подчеркнул простоту техники пилотирования «Сикорского маленького».
Вскоре один из запрошенных (№ 205) поступил в истребительное звено 33-го корпусного отряда. Его «оседлал» поручик Вокуловский. Три других (№201, 202 и 204) были переданы в знаменитый 7-й истребительный авиаотряд под командованием поручика И. А. Орлова, где были с энтузиазмом приняты летчиками. С-16 активно использовали, применяли в воздушных боях. 27 апреля 1916 г., возвращаясь с боевого задания, потерпел аварию двухместный С-16 известного русского аса прапорщика Ю. В. Гильшера. Самолет на снижении попал в штопор. Летнаб Квасников отделался испугом, летчик же сильно повредил ногу. Авария произошла после тяжелого и победного воздушного боя с австрийцем, но «Мефистофель Муромцев», как называет Великого Князя Александра Михайловича крупнейший зарубежный знаток русской авиации, и в частности творчества Сикорского, английский историк Харри Уудман, разбираться в причинах не стал и запретил применять С-16 в подчиненной ему авиации. Все машины вернули в эскадру, где претензий к ним не было. Смущала только ставшая к тому времени недостаточной скорость, однако исправить этот показатель было нельзя - более мощных двигателей для этих самолетов не было. Как только летом 1916 г. на одном из серийных С-16 (№ 210) был поставлен двигатель «Гном-Моносупап» в 100 л.с, летно-технические характеристики самолета заметно улучшились. Под этот двигатель начала готовиться следующая серия С-16. Первый образец новой серии «С-16-3» (№ 246) отправили в эскадру для испытаний в августе 1916 г. Он отличался более обтекаемыми формами. За кабиной был установлен алюминиевый гаргрот. Крылья сделаны разного размера. Элероны с нижнего крыла удалены, а на верхнем увеличены. Биплан начал превращаться в полутораплан в полном соответствии с общим ходом развития класса истребителей.