В качестве наиболее общего термина, охватывающего внутреннее строение, структуру государства как территориального образования, правовой наукой выработано понятие территориальной организации государства.
Россия является федеративным государством, что предполагает разграничение государственно-властных полномочий между двумя субъектами территориальной организации: Российской Федерацией в целом и субъектами Федерации. Организация территории в России и субъектах Российской Федерации при этих условиях включает несколько уровней, каждый из которых предстает в качестве самостоятельной территориальной системы.
Административно-территориальное устройство субъекта Российской Федерации является в то же время самостоятельным, целостным компонентом, особой подсистемой в рамках территориальной организации Российской Федерации. Особенности этой подсистемы определяются правовым статусом субъекта Федерации. Субъект Российской Федерации обладает территорией, которая непосредственно входит в состав территории Российской Федерации, имеет установленные границы, которые могут быть изменены только с взаимного согласия соответствующих субъектов Российской Федерации (части 1, 3 ст. 67 Конституции Российской Федерации); является носителем государственной власти.
Вне пределов ведения Российской Федерации и полномочий Российской Федерации по предметам совместного ведения Российской Федерации и субъектов Российской Федерации субъекты Российской Федерации обладают всей полнотой государственной власти (ст. 73 Конституции Российской Федерации); имеют право самостоятельно устанавливать систему собственных органов государственной власти (часть 1 ст. 77 Конституции Российской Федерации); устанавливают общие принципы организации системы органов государственной власти и местного самоуправления (п. «н» ст. 72 Конституции Российской Федерации); самостоятельно регулируют собственное административно-территориальное устройство (пп. «л» п. 2 ст. 5 Федерального закона «Об общих принципах организации законодательных (представительных) и исполнительных органов государственной власти субъектов Российской Федерации»).
Таким образом, субъект Российской Федерации является государственно-территориальным образованием, его территория занимает центральное место в территориальном устройстве России. В пределах данной территории и в соответствии со структурой ее организации реализуются полномочия федеральных органов государственной власти, органов государственной власти субъектов Российской Федерации, органов местного самоуправления. Юридическими гарантиями целостности и относительной самостоятельности территориальной организации субъекта Российской Федерации являются право субъекта Российской Федерации на установление собственного административно-территориального устройства, определение порядка его изменения, запрет на одностороннее изменение статуса и границ субъекта Российской Федерации федеральными органами государственной власти.
Взаимосвязь между территориальным делением и построением системы органов власти выражена в определениях административно-территориального устройства, сформулированных С.Н. Бабуриным, М.А. Шафиром, В.А. Барахтяном, Р.С. Павловским и рядом других ученых. Построение (организационное оформление) системы органов власти включает процесс создания указанных органов, определения их структуры (включая образование территориальных подразделений) и компетенции.
Эффективное выполнение государственных функций невозможно без глубокого внутреннего единства принципов территориальной организации всех органов государственной власти, действующих на территории субъекта Российской Федерации. Данные принципы должны обеспечивать согласованное, скоординированное осуществление деятельности федеральных органов государственной власти, органов государственной власти субъекта Российской Федерации в процессе государственного управления территорией субъекта Российской Федерации, что невозможно без определенного единства и общности территориальной основы деятельности соответствующих федеральных органов государственной власти, их подразделений на местах, органов государственной власти субъектов Российской Федерации, органов местного самоуправления.
Элементы прежнего административно-территориального устройства, вошедшие в состав новой государственной системы, претерпели существенные изменения, стали основой для формирования современного административно-территориального устройства.
Процесс формирования территориальной организации государства, закрепления стабильного положения федеральных органов власти так же как и в вопросе формирования самих субъектов Федерации еще не завершен. Ключевым при оценке этого процесса является конституционное положение о том, что субъекты Российской Федерации находятся в составе России (ч. 1 ст. 65 Конституции РФ), а не объединяются в Федерацию.