Структура экономики Крыма в силу природных особенностей и географического положения полуострова всегда отличалась от средней по Украине. Надуманная «общность экономики Украины и Крыма» существовала в 1954 году лишь в головах украинских и российских партийных и советских чиновников. Традиционно роль Крыма в территориальном разделении труда определяли машиностроение, пищевая промышленность, промышленность строительных материалов, производство зерна, подсолнечника, винограда, овощей, фруктов, а также курортное и портовое хозяйство. Такая народнохозяйственная специализация сложилась благодаря приморскому положению Крымской области, его близости к плодородным почвам и теплому климату, большим рекреационным ресурсам.
В 90-х годах происходил упадок и рекреационной сферы и оздоровительного комплекса региона — санаторно-курортного лечения, домов отдыха, детских оздоровительных лагерей, что было вызвано непомерно высокими ценами на услуги в условиях узкого платежеспособного спроса населения. Если в 1996 г. доля отраслей социально-культурной сферы в структуре экономики Крыма составляла 22,3% (по Украине — 10,6%), то в 2000 г. — всего лишь 14% (7,4% соответственно).
В 2003 году объем промышленного производства в Крыму составлял всего 54% от уровня 1990 года. Одной из основных проблем промышленности Крыма остается высокая степень физического и морального износа. Степень износа основных средств в 2003 г. составила 55,4% (в 2002 г. — 46,7%), из них в легкой промышленности — 58,1%, машиностроении — 57,2%, производстве и распределении электроэнергии, газа и воды — 61,2%. Вследствие недостатка инвестиционных ресурсов и консервации физического и морального износа оборудования, обновление основных производственных средств происходит очень умеренными темпами, что не позволяет приостановить процесс их старения.
Другой проблемой является недостаточная технологическая гибкость крымского промышленного потенциала. Доминирует промышленная продукция с низким инновационным уровнем, устаревшей технологической и сырьевой базой. Доля инновационно активных предприятий Крыма снизилась с 15,5% в 2001 г. до 13,4% в 2003 г.
Территориальная структура рекреационного комплекса Крыма, сложившаяся в 1960-1970 гг., остается прежней. Наиболее освоенной частью полуострова является район Большой Ялты, производящий около половины всего объема санаторно-курортных и туристических услуг. В то же время во многих районах Западного и Восточного Крыма получили развитие лишь очаговые формы пляжного отдыха. Горные и предгорные районы характеризуются развитием преимущественно спортивного неорганизованного туризма, а районы равнинного Крыма используются как территория транзита туристических потоков.
Потенциал Крыма как санаторно-курортной зоны очень велик, по богатству и разнообразию природы он обгоняет многие известные мировые курорты. Однако у крымских курортов много проблем и едва ли не главная из них — инфраструктура. По некоторым данным, в аварийном состоянии находятся 40% водопроводных сетей региона, а износ насосного оборудования составляет 70%. Свыше 30 населенных пунктов Крыма пользуются привозной питьевой водой. Другая проблема крымских курортов — экология. Пока ни один из них не получил Европейский экологический сертификат в рамках программы «Голубой флаг Европы» — своеобразная гарантия чистоты моря, пляжей, питьевой воды, атмосферы и т. д. Наконец, разработанный в 1980-х годах проект по созданию Крымской объединенной рекреационной системы не был реализован.
В 2005 г. правительство Украины приняло программу развития и сохранения морского побережья и обеспечения его питьевой водой «Морской берег». Программа предусматривает полную переориентацию экономики полуострова на обслуживание туристов. Приоритетными сферами должны стать гостиничный бизнес, сельское хозяйство и перерабатывающая промышленность. Программа рассчитана на период 2006-2016 гг. и охватывает 1,5 тыс. км береговой линии с шириной в 10 км. На финансирование программы предполагается выделить 4 млрд. долларов. Ожидается, что источниками финансирования станут бюджетные средства и частные инвесторы, в том числе зарубежные. Истекшие годы показали, что все эти программы являются очередным мифом и обречены на провал.
Таким образом, распад единого народнохозяйственного комплекса СССР оказался для Крыма тяжелым ударом. Большинство отраслей крымской экономики (сельское хозяйство, промышленность, рекреационный комплекс), эффективные в рамках союзного государства, после его распада стали неконкурентоспособны. Крым столкнулся с очень серьезными экономическими проблемами и, как следствие, падением уровня жизни населения.