В 1862 году академиком А.А. Куником была проведена экспертиза первого собрания рукописей Фирковича. Резкое неприятие вызвали встречавшиеся в надгробиях тюркские имена. Куник был убежден, что имя Тохтамыш, по его мнению, могло появиться не ранее, чем на полуостров пришли татары. Указал он на различие чернил в разных частях рукописей. Надпись на надгробии 625 года, по его мнению, высечена другим резцом. Но это был только первый «критический выстрел», который остался почти незамеченным. Интерес же к находкам Фирковича был огромен. В 1865 по материалам находок опубликовано сочинение семитолога Д.А. Хвольсона. Это было интересное непредвзятое исследование, но вот в 1875 появляется совместный труд А.Я. Гаркави и немецкого ученого Т. Штрака «Каталог рукописей из собрания Фирковича» в котором они официально обвинили Фирковича в фальсификациях: приписках на полях рукописей, в подскабливании дат, нанесении новых надписей. Параллельно обвинялась и «научная крыша» Фирковича – Хвольвсон. Гаркави представил в Академию общественных наук обширный доклад, в котором поведал о вскрытом по его убеждению огромном по своим размерами и значению подлоге.
Научный мир оказался в смятении, но документы, найденные Фирковичем, были столь обширны и интересны, что пренебрегать ими было, просто, невозможно. К ним обращаются ученые ориенталисты, не отягощенные «еврейским вопросом» – В.В. Григорьев, В.Д. Смирнов и их вывод неожидан и парадоксален. Караимы – тюрки, прямые потомки хазар и к традиционному еврейству никакого отношения не имеют!
Подобное заявление было встречено обструкцией со стороны абсолютного числа ученых, которые уверенно считали Хазарский Каганат еврейским государством, а самих хазар одним из колен Израилевых.
А.Я. Гаркави, А.А. Куник, Г. Штрак, С.А. Дубнов, Д.Г. Мапид допускали появление евреев в Крыму в 1–2 век н. э., но отрицали какую-либо их религиозную самобытность. Караимы признавались исключительно еврейским этносом, с незначительной привнесенностью тюркского элемента, но не за счет хазар, те тоже считались евреями, а за счет половцев.
Едва ли не единственным противником этой теории оставался Хвольсон, который лично отправился в Чуфут-Кале и самостоятельно нашел надписи о существовании, которых Фиркович не знал.
Прошедшие годы, десятилетия не внесли ясности. Как-то незаметно исчезли наиболее ценные эпитафии, спиленные с надгробий караимских кладбищ. Современная экспертиза рукописей показала, что имеется несколько исправлений и нанесения надписей другими чернилами. Но сделал ли это Фиркович или прежние переписчики не известно.
В 1987 семитолог Н.И. Бабаликашвили опубликовал 8 надгробных надписей от 956 года по 1048 год. Все они не были зафиксированы ни Фирковичем, ни Хвольвсоном.
С другой стороны «хазарский след» не нашел поддержки и у самих караимов. В те годы главным врагом Российской империи была Османская империя – турки! Поэтому известие о том, что караимы не древние евреи, а всего лишь тюрки – потомки хазар огорошило караимских патриархов.
«Как ныне сбирается Вещий Олег отмстить неразумным хазарам…» Эти строки Пушкина знает сегодня каждый школьник, но, знали ее и в те годы. Быть «неразумными хазарами» караимам совершенно не улыбалось. Избежав участи безвинных изгоев – евреев, караимы должны были обречь себя на участь других париев империи – крымских татар, чья судьба тоже была в общем-то незавидной. А посему был избран довольно спорный и, прямо скажем, скользкий вариант: караимы не евреи, но и не тюрки, а древний народ с самобытной религией, которую он вынес в незапамятные времена с Земли Обетованной. Надо признать, что власти Российской империи отнеслись к такому компромиссу весьма благосклонно. Начиная с Александра І все российские императоры протежировали караимам, охотно посещали Кале и даже останавливались у их патриархов: Бобовича, Бейма, Пампулова.
К концу ХIХ началу ХХ века каpаимские фамилии Дуван, Катык, Стамболи стали известны во всей России и даже за ее пpеделами. Фабрика «Дукат» – аббревиатура от фамилий Дуван и Катык. Табачная фабрика Габая – «Ява». Двоpец Стамболи в Феодосии и сегодня является укpашением гоpода. В Москве караим Арабаджи был избран председателем купеческой гильдии столицы. Широко были известны машиностроительные заводы Айваза, Катламы, конезавод М.М. Шапшала, цирк Дувана…