В дальнейшем, несмотря на помощь поляков и крымских татар, из-за нерешительности и слабоволия не сумел одержать решительной победы над противниками.
Русский воевода Шереметев так охарактеризовал X.: «Этому гетманишке надобно было бы гусей пасти, а не гетманствовать».
Испытывая постоянные сомнения в правильности своих действий, в 1662 г. X. отказывается от гетманства и постригается в монахи.
Однако мирская биография X. на этом не закончилась. Через два года он сбрасывает монашеское одеяние и присоединяется к противникам правобережного гетмана П. Дорошенко П. Суховею и М. Ханенко, которых поддерживали крымские татары и поляки.
В результате прямого военного столкновения объединенные войска мятежников были разбиты, при этом X. был пленен. П. Дорошенко отправил X. к турецкому султану, который вел в то время войну с крымским ханом. X. был заключен турками в Семибашенный замок, но затем освобожден, пожалован «кормом и двором».
В апреле 1666 г. турецкий султан провозгласил гетманом Малороссии своего пленника, который прислал на Запорожье грамоту следующего содержания:
«Спасителю нашему все возможно, нищего посадить с князьями, смиренного вознести, сильного низложить. Лихие люди не допустили меня пожить в милой отчизне; убегал от них, претерпел и много бед, попал в неволю. Но бог подвигнул сердце наияснейшего цесаря турского, тремя частями света государствующего, который грешных больше милует, чем наказывает (с меня берите образец!), даровал мне цесарь свободу, удоволил меня своею милостию и князем малороссийским утвердил. Когда я был в Запорожье, то вы мне обещали оказать любовь и желательство и вождем меня иметь; так теперь обещание исполните и направьте послов своих в Казыкермень для переговоров со мной.
Это послание имело успех в Запорожском войске, которое, однако, не решилось до времени открыто поддержать X.
В августе того же года X. во главе турецкого и татарского (противники к этому времени помирились) войска осадил Чигирин, однако в сражении с подошедшим русским войском и отрядами гетмана Самойловича потерпел сокрушительное поражение.
Весной 1678 г. посол русского царя в Турции получил от константинопольского патриарха сведения о том, что турецкий султан готовит новый поход в Малороссию с участием X. На вопрос посла по патриаршему ли благословению снято с X. монашество, патриарх ответил: «Хмельницкий снял с себя монашество своевольно, желал себе столько же освобождения на неволи, сколько княжения и гетманства. По его наущению визирь несколько раз присылал ко мне с просьбами и угрозами, чтоб я с Юраски монашество снял, на княжение малороссийское благословил, но я от этого принуждения освободился подарками и Юраску к себе не пустил».
Летом 1678 г. турецкие войска действительно возобновили поход, в котором вновь принял участие X. На этот раз русским не удалось отстоять Чигирин, они подожгли город и отступили. X. с татарским войском удалось захватить Немиров, Корсунь и ряд других городов.
Обе воюющие стороны понесли большие потери и начали мирные переговоры. Султан потребовал уступок небольшой территории «где бы жить Юраске Хмельницкому», однако одновременно довел до сведения русских буквально следующее: «Мы рады были бы, чтоб его не было, вся беда от него, мы ждали, что казаки только что заслышат об нем, так все к нему и пойдут, но теперь ничего этого нет. Теперь он беспрестанно пьян и безумен». В 1681 г. мир с турками и крымскими татарами был заключен при значительных уступках с русской стороны.
По условиям договора, X. переехал на жительство в г. Немиров, откуда вел по всей Малороссии агитационную работу в свою пользу и в пользу турецкого султана. Кроме того, он засылал на Украину лазутчиков и поджигателей, некоторые из которых были схвачены и показали, что совершают. поджоги, чтобы вынудить жителей восточной стороны Днепра переселяться на западную. Они также выдали осведомителя X., некоего грека Митрофана, который информировал из Нежина ставленника султана о политике московитов и об обстановке в малороссийских городах. Однако вскоре X. снизил свою активность и даже попытался наладить отношения с представителями московского правительства, которые, впрочем, не доверяли ему и на контакты с ним не шли.