Поначалу Рэнд планировала написать книгу, которая будет лишь повторно транслировать те же идеи, что уже были задействованы в «Источнике» – но впоследствии существенно расширила спектр затрагиваемых тем. «Атлант» стал приключенческой историей, главные герои которой отказались принимать участие в развитии экономики, подконтрольной государству, проводящему в жизнь идею всеобщего благосостояния. Основная сюжетная линия была позаимствована из собственной биографии Рэнд – в особенности это напоминало реакцию ее отца на русскую революцию. Изначально она думала, что книга «просто продемонстрирует преимущества капитализма над другими экономическими системами». Читая труды Аристотеля и Платона в процессе подготовки заброшенного в итоге нехудожественного проекта «Моральный фундамент индивидуализма», Рэнд стала ставить во главу угла рациональную философию. Она решила, что ее новый роман должен показывать связь между разумом и реальностью. Когда же она начала более предметно развивать эту тему, возник ряд вопросов: «Самое главное – почему разум является важным? Каким конкретным образом он влияет на человеческое существование?». Размышляя над этими вопросами, Рэнд начала понимать, что ее роман должен стать, все-таки, чем-то большим, нежели просто интересной политической басней. К тому моменту, когда она начала всерьез работать над планом-схемой романа, Рэнд уже видела перед собой крупномасштабный проект, который, по своей природе, имел, в первую очередь, метафизический характер. Однако ей было трудно понять суть задачи, которую она взвалила на свои плечи.
Рэнд утверждала, что написала книгу почти полностью на протяжении следующих нескольких лет. К июлю 1947 у нее было готово 247 страниц. Годом позже, когда в книге насчитывалось 150 000 слов, Айн все еще полагала, что этот роман будет короче, чем «Источник». Лишь когда толщина рукописи превысила три дюйма, а вес – пять фунтов, Рэнд наконец-то признала, что книга будет «больше по объему и масштабу», нежели предыдущий роман. Но даже несмотря на это, она имела основания полагать, что работа над ней близится к завершению. Планирование сюжета прошло быстрее, чем она могла себе представить, и она уже закончила большую часть своих практических исследований. Ее главные герои были реалистичны, а второстепенные персонажи разрабатывались очень быстро. В 1950 году она расторгла контракт с Хэлом Уоллисом, чтобы уделять литературным занятиям максимально возможное время. К тому моменту перспектива завершить работу над книгой в течение нескольких месяцев казалась вполне реальной. Но Рэнд еще не знала, что «Атлант расправил плечи» станет, как она позднее выразилась, самым недооцененным произведением за всю ее жизнь.
Хоть Рэнд и погрузилась с головой в писательство, она продолжала принимать гостей. Каждый уикенд к ней заглядывали Рут Хилл и ее муж Баззи, также регулярными были собрания небольшого кружка интеллектуалов из расположенного неподалеку Калифорнийского университета (на тот момент называвшегося лос-анджелесским государственным колледжем). Получив приглашение от профессора, Рэнд пообщалась со студентами факультета политологии и, убедившись, что они не являются коммунистами, пригласила их к себе домой. Их профессор вспоминал: «Она была доброжелательной и гостеприимной, но все же в ней присутствовала некоторая холодность.
Это было связано с ее личностью. У нее были собственные взгляды и собственные мнения – все остальное ее словно бы не интересовало». Рэнд хотела – и добилась в этом некоторого успеха – убедить студентов разделить ее взгляды. Один из них вспоминал: «Я столкнулся с двумястами пятьюдесятью различными философскими школами – но все это было как огромное колесо, которое стояло на месте, потому что все эти утверждения противоречили друг другу, уравновешивали друг друга. Я просто перестал понимать, что же я думаю обо всем этом. А она принялась удалять одно высказывание за другим, еще и еще. И в конце концов колесо начало вращаться. И я определенно последовал за ней». Рэнд обнаружила, что, в отличие от зрелых консерваторов, с которыми она встречалась в Нью-Йорке и Голливуде, этих юных искателей смысла жизни, довольно легко обращать в свою «веру».