Примерно с середины эпохи Дзёмон на Японские острова начинают прибывать другие этнические группы. Вначале прибывают мигранты из Юго-Восточной Азии (ЮВА) и Южного Китая. Мигранты из ЮВА, в основном, говорят на австронезийских языках. Они селятся преимущественно на южных островах японского архипелага и начинают практиковать земледелие, а именно рисоводство. Поскольку рис очень продуктивная культура, то он позволяет жить достаточно большому числу людей на очень небольшой территории. Постепенно число земледельцев увеличивается и они начинают оказывать давление на окружающую природную среду и таким образом угрожать природному равновесию, которое столь важно для нормального существования культуры неолитических айнов. Начинается миграция айнов на Сахалин, нижний Амур, Приморье и Курильские острова. Затем, в конце эпохи Дзёмон — начале Яёй на Японские острова прибывает несколько этнических групп из Центральной Азии. Они занимались скотоводством и охотой и говорили на алтайских языках. (Эти этнические группы дали начало корейскому и японскому этносам.) Согласно японскому антропологу Ока Масао самый мощный клан тех алтайских мигрантов, которые осели на Японских островах, развился в то, что потом получило название «род тэнно».
Когда складывается государство Ямато, начинается эпоха постоянной войны между государством Ямато и айнами. (В настоящее время есть все основания считать, что государство Ямато — это развитие древнеайнского[источник не указан 445 дней] государства Яматай. Так, например, исследование ДНК японцев показало, что доминирующей Y хромосомой у японцев является D2, то есть, та Y хромосома, которая обнаруживается у 80 % айнов, но почти отсутствует у корейцев. Это говорит о том, что правили люди дзёмонского антропологического типа, а не яёйского. Здесь также важно иметь в виду, что существовали различные группы айнов: одни занимались собирательством, охотой и рыболовством, а другие создавали более сложные социальные системы. И вполне возможно, что те айны, с которыми позднее вело войны государство Ямато, рассматривались как «дикари» и государством Яматай.)
Противостояние государства Ямато и айнов продолжалось почти полторы тысячи лет. Длительное время (начиная с восьмого и почти до пятнадцатого века) граница государства Ямато проходила в районе современного города Сэндай, и северная часть острова Хонсю была очень плохо освоена японцами. В военном отношении японцы очень долго уступали айнам. Вот как охарактеризованы айны в японской хронике «Нихон сёки», где они фигурируют под именем эмиси/эбису; слово эмиси по всей видимости происходит от айнского слова emus — «меч»: «Среди восточных дикарей самые сильные — эмиси. Мужчины и женщины у них соединяются беспорядочно, кто отец, кто сын — не различается. Зимой они живут в пещерах, летом в гнездах [на деревьях]. Носят звериные шкуры, пьют сырую кровь, старший и младший братья друг другу не доверяют. В горы они взбираются подобно птицам, по траве мчатся как дикие звери. Добро забывают, но если им вред причинить — непременно отомстят. Ещё — спрятав стрелы в волосах и привязав клинок под одеждой, они, собравшись гурьбой соплеменников, нарушают границы или же, разведав, где поля и шелковица, грабят народ страны Ямато. Если на них нападают, они скрываются в траве, если преследуют — взбираются в горы. Издревле и поныне они не подчиняются владыкам Ямато.» Даже если учесть, что большая часть этого текста из «Нихон сёки» является стандартной характеристикой любых «варваров», заимствованной японцами из древнекитайских хроник «Вэньсюань» и «Лицзи», то все равно айну охарактеризованы достаточно точно. Лишь через несколько веков постоянных стычек из японских военных отрядов, оборонявших северные границы Ямато сформировалось то, что впоследствии получило наименование «самурайство». Самурайская культура и самурайская техника ведения боя во многом восходят к айнским боевым приемам и несут в себе множество айнских элементов, а отдельные самурайские кланы по своему происхождению являются айнскими, наиболее известный — клан Абэ.
Только в середине XV века небольшой группе самураев во главе с Такэда Нобухирō удалось переправиться на Хоккайдо, который тогда назывался Эдзо, (здесь следует отметить, что японцы называли айнов эдзо — 蝦夷 или 夷 — эмиси/эбису, что означало «варвары», «дикари») и основал на южной оконечности острова (на полуострове Осима) первое японское поселение. Такэда Нобухиро считается основателем клана Мацумаэ, который правил островом Хоккайдо до 1798 года, а затем управление перешло в руки центрального правительства. В ходе колонизации острова самураям клана Мацумаэ постоянно приходилось сталкиваться с вооружённым сопротивлением со стороны айнов.