Большевистскому руководству для претворения в жизнь своих планов требовалась организация, перед которой можно было ставить задачи специфического характера. Партийные органы для этого не годились. В борьбе с политическими противниками (от членов антибольшевистских партий до оппозиции) самое больше, что они могли дать — это оказать моральное воздействие, исключить из партии и в крайнем случае, выгнать с работы. Но они не могли арестовывать, допрашивать, проводить судебные процессы, и тем более исполнять приговоры. Такие функции были возложены на органы государственной безопасности. Это было и одной из главных причин постоянного уточнения компетенции и функциональных обязанностей органов ВЧК-ОГПУ, неизменного возрастания их роли в жизни страны, в том числе и в совершенно не свойственных им сферах деятельности. Очень часто они наделялись особыми полномочиями, выходившими за рамки социалистической законности, действовали по принципу политической целесообразности. В последующем органы безопасности даже стали орудием внутрипартийной борьбы с оппозиционными группами в самой коммунистической партии.
Органы ВЧК-ОГПУ стали как бы его опорной структурой для реализации сложных политических решений РКП (б) — ВКП (б). Как составная часть механизма советского государства, органы ВЧК-ОГПУ строили свою практическую деятельность на основе единых теоретических принципов и политики РКП (б). Они претворяли в жизнь волю партии, ее вождей, только формально подчиняясь Совнаркому, а фактически — Политбюро ЦК компартии.
Красной нитью через все программные документы РКП(б) — ВКП(б). проходит проблемы политического руководства. При этом принципиальное значение придавалось взаимоотношениям партийного аппарата и органов власти, которые занимали особое место в советской политической системе, постепенно становясь все более сильным инструментом власти большевиков.
Решения вышестоящих партийных органов для них были обязательны: парткомы не имели право вмешиваться только в оперативную деятельность чекистов, но зато внимательно следили за повседневной жизнью каждого сотрудника. Обособленность, ввиду специфики службы и официальной точке зрения партийного руководства, считавшего органы безопасности «вооруженным отрядом партии» свидетельствовали о том месте, которое им отводилось в Советском государстве. Так что чекистское ведомство никогда не играло самостоятельной роли и тем более не «стояло над партией» и само не проводило репрессии вопреки воле партии. Легенда о возвышении органов безопасности над партией и государством была изобретена в середине 1950-х гг. самими партийными функционерами. Наоборот, оно было самым послушным, наиболее дисциплинированным и наиболее острым орудием большевиков.
Кроме того, органы безопасности не входили в организационную структуру партийного аппарата, они работали по директивам правящей партии и под ее контролем, к тому же в Советском государстве не было ни одной структуры, которая не была бы создана без участия РКП(б). Безусловно, органы безопасности были частью системы государственной власти и государственного управления. Но особой ее частью. Именно «от полноты, интенсивности и своевременности мероприятий, принимаемых ВЧК, зависит, быть может, самое бытие Советской республики»[86]. Дзержинский указывал на необходимость тесной связи в работе чекистов с Советами и различными наркоматами и другими ведомствами: «У нас должна быть ставка на местную власть».[87] Он писал, что сотрудники органов ВЧК-ОГПУ не должны подчеркивать «прав и власти ЧК», держаться скромнее, работать под руководством губисполкомов и губкомов, «у которых вся полнота власти, а не в губчека»[88]. Более того, Дзержинский считал «вообще опасным, если губчека или ос[обые] отделы будут думать, что они только соль земли…Чека и ос[обые] от[делы] должны объективно сыграть громадную роль в борьбе с неурядицами. Но это возможно только тогда, если субъективно и даже формально (в правовом отношении) мы будем только слугами (а не спасителями) других ведомств. А от политики (спецы-антиспецы, верхи-низы и т. д.) мы должны бежать».[89] Он писал, что органы ВЧК «никогда еще не нарушали партийных директив и линии, а всегда были и есть слуга партии и борец партии» [90]; «ЧК должна быть органом Центрального Комитета, иначе она вредна, тогда она выродится в охранку или в орган контрреволюции».[91].
Руководитель ведомства безопасности внушал своим подчиненным необходимость слаженной работы с партийными комитетами. 4 апреля 1921 г. Ф.Э.Дзержинский и В.М. Молотов подписали циркулярное письмо, в котором указывалось: «Председатель и члены коллегий ЧК со своей сторон должны держать губкомы в полном курсе своей работы, делать им периодически доклады, информировать о получаемых заданиях из ВЧК, строго согласовать свою работу с, директивами ЦК РКП, получаемыми губкомами, кои информируют о таковых председателей губчека.