Во время Гражданской войны Дзержинский нацеливал чекистов на проведение в жизнь политики «военного коммунизма». 30 декабря 1918 г. он подписал приказ № 122, разъяснявший Декрет СНК от 21 ноября 1918 г. о порядке конфискации продуктов и товаров. 15 февраля 1919 г. в своем приказе Дзержинский уточнил его положения, суть которых сводилась к тому, что реквизиция и конфискация оптовых товарных складов и национализация соответствующих товарных фирм могут осуществляться только местными органами Компрода с утверждением исполкома, а продукты для личного потребления и домашнего хозяйства, находившиеся 834 на учете или реквизированные учреждениями ВСНХ, сдаются в распоряжение Компрода. В случае реквизиции или конфискации кем бы то не было (в том числе железными дорогами, судом ВЧК) эти продукты должны сдаваться в течение двух недель после реквизиции или конфискации в центральный и местные органы Компрода»3
.ВЧК раскрыла попытки совершения диверсионных актов на важнейших железных дорогах, попытки взрыва Петроградской станции водопровода, где в подвале были обнаружены взрывчатые вещества и «адская машина». 2 апреля 1919 г. было опубликовано сообщение ВЧК за подписью Дзержинского о раскрытии заговора, ставившего своей целью посредством взрывов, порчи железных дорог и поджогов вызвать вооруженные выступления против советской власти. «Во имя спасения от голода сотен и тысяч невинных жертв Всероссийская Чрезвычайная комиссия принуждена будет принять самые суровые меры наказания против всех, кто будет причастен к белогвардейским выступлениям и попыткам вооруженного восстания».4
Опасаясь намерения белогвардейцев и бандитов помешать подвозу продовольствия из хлебородных губерний к голодающим, их попыток взрыва железнодорожных мостов и путей, складов на станциях, 3 апреля 1919 г. Дзержинский приказал всем губЧК и УЧК установить бдительный надзор за всеми железнодорожными постройками, имеющими стратегическое значение, чтобы не дать возможности злоумышленниками хоть на минуту приостановить доставку продовольственных грузов, а «ко всем пойманным на месте преступления применять самую суровую кару. Всех агитировавших против советской власти предавать суду реорганизованного ревтрибунала, не считаясь с их партийной принадлежностью»5
.Зимой 1920 г. возникли трудности в доставке грузов, виду снежных заносов. На борьбу с ними были направлены части ВОХР. 7 февраля 1920 г. Дзержинский приказал командирам бригад «немедленно стянуть 50% всех своих частей, за исключением работающих по выкачке хлеба и несущих охрану железных дорог», эти части сосредоточить у ближайших железнодорожных пунктов, подчинив их начальникам железных дорог для использования по очистке путей от снега». Каждая часть должна иметь комсостав, хозяйственный аппарат, кухни и продовольствие на 20 суток6
.В проведении продовольственной политики важное значение имели отношения чекистов с хозяйственниками. 22 декабря 1919 г.
он рекомендовал всем сотрудникам ЧК оказать всемерное содействие всем продовольственным работникам при исполнении возложенных на них обязанностей, а к арестом прибегать только в тех случаях, когда саботажем и спекуляцией они срывают продовольственную политику, ставя в известность вышестоящие органы ВЧК7
.Случаев несогласованности в их работе был немало. Так, в адрес ЦК РКП (б) и наркомат продовольствия Н. П. Брюханову поступили письма губпродкомиссара Области Немцев Поволжья о разногласиях между губпродкомиссаром и губЧК, что привело к террору продработников, с предложением оградить их от вмешательства губЧК. Дзержинский дал задание Ягоде составить ответ8
и 13 ноября 1920 г. в телеграмме органам ВЧК этого района предложил «прекратите мелкие дела, возникшие благодаря недопустимой придирчивости, подозрительности продработникам с Вашей стороны. Срочно сообщите обстоятельства ведущегося Вами дела губродкомиссара. Вмените в обязанность сотрудникам, чтоб все Ваши агентурные мероприятия действительно проводить секретным порядком, внимательно относясь к заявлением крестьян на неправильные действии отрядов, передавая все дела в трибунал»9.Чтобы избежать нареканий чекистам за использование служебного положения, Дзержинский запретил «под страхом ответственности» провоз в отдельных вагонах каких-либо предметов и продуктов, запрещенные к ввозу и вывозу соответствующими декретами, кем бы то ни было». Каждая ЖЧК обязана была следить за исполнением данного распоряжения10
.