Казахская база АН СССР была организована в 1932 году по инициативе правительства республики. Курс на индустриализацию, взятый страной, требовал для развития народного хозяйства надежной научной основы. Поэтому Казахстану был необходим академический центр. При своем основании база имела два отдела — ботанический и зоологический. Первый из них в том же году заложил Алма-атинский ботанический сад, существующий поныне. А зоологический начал планомерное изучение животного мира степи.
Через три года возникло еще два отдела (они стали называться секторами) — исторический и геологический. В 1936 году база снова расширилась: открылись секторы казахского языка, а также литературы и народного творчества имени Джамбула Джабаева.
От года к году республика набирала силы, креп ее хозяйственно-экономический потенциал. Соответственно усложнялся состав базы, рос штат научных работников. Развивающаяся промышленность требовала все большего размаха исследований. Потому в 1938 году Президиум АН СССР преобразовал казахскую базу в филиал, дополнительно организовав еще два сектора — почвоведения и географический.
Институт геологических наук, куда Каныша Имантаевича пригласили директором, был первым самостоятельным научно-исследовательским учреждением в системе КазФАНа. Вслед за ним в том же 1941 году открылся Институт истории, языка и литературы.
Дальнейший рост казахского филиала тесно связан с возросшими в условиях военного времени запросами промышленности и сельского хозяйства республики. Поскольку филиал нацелил всю свою научную деятельность на удовлетворение нужд обороны страны, в большой степени повысилось практическое значение выполняемых исследований. Вскоре после начала войны на базе соответствующих секторов возникли химико-металлургический институт и Институт астрономии и физики.
Свидетельствует академик АН СССР В.Г.Фесенков:
«В первый год Великой Отечественной войны советские астрономы, приехавшие в Алма-Ату для наблюдения полного солнечного затмения 21 сентября 1941 года, оказались на положении эвакуированных, так как после окончания своей работы уже не могли вернуться обратно. Однако мы не почувствовали тяжести положения, так как встретили активную поддержку со стороны руководства Казфилиала... и особенно со стороны Каныша Имантаевича Сатпаева. Для успешного продолжения научной работы мы предложили создать при Казфилиале АН СССР Институт астрономии и физики. Этот проект активно поддержал К.И.Сатпаев. После его доклада в Совнаркоме Казахской ССР в октябре 1941 года можно было приступить к организации института, его астрономической обсерватории и созданию для его сотрудников необходимых условий... Несмотря на то, что институт сначала занимал всего лишь одну комнату в здании Казфилиала, в нем началась активная научная работа. Каждую пятницу проводились научные собрания с докладами сотрудников, в которых время от времени принимал участие и Каныш Имантаевич».
О работах, выполненных Институтом геологических наук под непосредственным руководством Сатпаева в тот тяжелый для страны период, мы уже говорили. А какую лепту внесли в дело обороны страны новые институты, например, астрономии и физики? Архивы свидетельствуют, что в годы войны в лабораториях была налажена такая тонкая и сложная работа, как спектральный радиометрический анализ руд, поступающих от полевых экспедиций. В основном это было уделом физиков. Но и астрономы плодотворно трудились для фронта. В творческом содружестве с ботаниками они занялись исследованиями, необходимыми для изготовления светофильтров. И вскоре противовоздушная оборона страны получила эти приборы. А содружество столь несхожих на первый взгляд наук привело в конце концов к неожиданному результату: в Казахстане родилась астроботаника — наука, до тех пор не существовавшая.