Динмухамеду Ахмедовичу Кунаеву, человеку, мыслящему «по-государственному, широко, смело» (как пишет Л.И.Брежнев в книге «Целина»), который сменил Каныша Имантаевича на посту президента, не хотелось расставаться с ученым такого масштаба, как Сатпаев. Он лучше всех понимал, что значит деятельность академика для руководимого им научного центра. И теперь, когда Каныша Имантаевича пригласили в Москву, он использовал это обстоятельство, чтобы защитить от необоснованных нападок доброе имя всеми уважаемого ученого, и предложил ему оставаться во главе института, обещав свою поддержку.
Каныша Имантаевича такое решение вполне устраивало. И он, позабыв свои мытарства, приступил к давно задуманной работе...
Оценивая этот сложный период, Леонид Ильич Брежнев пишет в книге «Целина»:
«Замечу, что поборники национальной обособленности под предлогом защиты «чисто национальных традиций» обычно выступают изворотливо, редко в открытую. Напротив, ловко пользуясь ошибками противников, они хотят выглядеть, как говорится, святее папы римского. Помню, какой шум был поднят вокруг роли некоего Кенесары. Вначале объявили его прогрессивным деятелем, выступавшим за объединение Казахстана с Россией. Потом нашли документы, показывающие, что он был реакционер и объединения не одобрял... Не хочу ворошить старую историю, да и специалистом в этой области себя не считаю, а волновало меня другое. Баталии, которые навязывали некоторые демагоги, привели к тому, что из республики были вынуждены уехать такие выдающиеся люди, как писатель Мухтар Ауэзов и академик Каныш Сатпаев.
Мы помогли им вернуться в Алма-Ату. Замечательному ученому Канышу Сатпаеву принадлежат громадные заслуги в развитии производительных сил Казахстана. Мухтар Омарханович Ауэзов — признанный классик казахской литературы. С благодарностью вспоминаю этих людей, с которыми часто встречался, тесно сотрудничал и просто по-человечески дружил. В беседах мы говорили о том, что любые крайности вредны...»
В другом месте книги «Целина» Л.И.Брежнев вспоминает:
«30 января 1954 года состоялось заседание Президиума ЦК, обсудившее положение в Казахстане и задачи, связанные с подъемом целины. Через пару дней я вылетел в Алма-Ату... Едва осмотревшись на новом месте, я должен был присутствовать на пленуме ЦК Компартии Казахстана. Должен сказать, о делах в республике многие ораторы говорили на нем самокритично и резко...»
К руководству в республике пришли люди, с большим мужеством и энергией восстанавливавшие ленинский стиль руководства, нормы партийной демократии. Вскоре они разобрались и в делах академии.