Как бы результативно ни работали они, эта множественность вносила разобщенность в исследования, приводила к снижению эффективности разведки, дублированию изысканий. И снова как ведущий авторитет в геологии Каныш Имантаевич не смог остаться в стороне. Он ставит перед казахстанским правительством вопрос об учреждении единого геологического центра. В 1956 году было создано Министерство геологии и охраны недр Казахской ССР, которое объединило все территориальные геологические управления и специализированные тресты.
Так, при непосредственном участии и практической помощи Каныша Имантаевича было создано единое геологическое ведомство, которое по сегодняшний день занимается всеми разведочными работами в республике.
Не только геологическая служба, но и вся система научных учреждений требовала в то время коренной реорганизации. «Теперь нельзя довольствоваться такими геологическими исследованиями, которые ориентируются только на открытие месторождений полезных ископаемых, руды которых выходят на земную поверхность. Фонд таких месторождений из года в год сокращается, и важнейшее значение приобретает проблема поисков скрытых месторождений, осуществление которых должно опираться на достижения передовой теории», — говорил П.Я.Антропов, министр геологии и охраны недр СССР, выступая на Первом металлогеническом совещании в Алма-Ате. А по поводу состояния геологической науки того времени он писал впоследствии: «Был такой случай. Я договорился с академиком А.Н.Несмеяновым в бытность его президентом Академии наук СССР, чтобы он принял группу ученых-геологов для беседы о положении геологической науки. Тогда с геологической наукой дело обстояло следующим образом. Институт геохимии и аналитической химии имени В.И.Вернадского был в отделении химических, а не геолого-географических наук; геофизические методы поисков полезных ископаемых находились в отделении физико-математических наук, палеонтология — в отделении биологических наук. Короче говоря, наиболее передовые методы поисков минерального сырья были изъяты из отделения геолого-географических наук, и тем самым геологическая наука лишилась возможности не только ими пользоваться в процессе своих исследований, но и в какой-то мере направлять их и совершенствовать. При этой беседе присутствовали академики К.И.Сатпаев, Н.С.Шатский, Н.М.Страхов и Д.И.Щербаков. В вопросе геологических наук К.И.Сатпаев занимал совершенно четкую и последовательную позицию. Он решительно отстаивал положение, при котором все геологические науки были бы сконцентрированы в одном отделении Академии наук СССР, то есть чтобы комплексность в изучении минерального сырья соблюдалась не только в геологической практике, но и в геологической науке».
Требовали преобразования и взаимоотношения научных учреждений АН СССР с отраслевыми институтами Министерства геологии и охраны недр. Деятельность тех и других, тематика исследований, хотя они и старались объединить усилия для решения ряда проблем, все же оставались изолированными или же, наоборот, разные коллективы повторяли друг друга в разработке общих проблем геологии.
Каныш Имантаевич всегда остро и конструктивно выступал по этому вопросу.
— Продолжая идти в таком направлении, недолго и в тупик зайти. Всю геологию затопим в наших межведомственных спорах, — говорил он в беседе с президентом АН СССР. — Нужны срочные организационные мероприятия...
«...Около года учеными в Академии наук СССР обсуждался вопрос о взаимодействии наук, занимающихся изучением земли и явлениями, протекающими в ее оболочках. Высказывались разные точки зрения... К.И.Сатпаев, опираясь на опыт проводимых им крупных комплексных исследований, последовательно и упорно доказывал необходимость создания нового отделения наук о Земле. Его мнение сыграло большую роль в принятом Президиумом Академии наук СССР решении о создании отделения наук о Земле», — вспоминал академик Д.И.Щербаков.
Реорганизация отделений Академии наук была проведена в 1963 году. А какие изменения происходили в структуре АН Казахской ССР?