Теперь доказано, что ко всем этим делам, к деятельности «лаборатории Майрановского» ни Судоплатов, ни его заместитель Эйтингон не имели никакого отношения. Но прежде это было одним из важнейших пунктов обвинения. Его арестовали в пятницу, 21 августа 1953 года, прямо в рабочем кабинете. С седьмого этажа офицеры сопроводили арестованного вниз, во внутреннюю тюрьму. Он заполнил регистрационную карточку и был заперт в тюремной камере в подвалах Лубянки, как заключенный под номером 8. После обыска и первых допросов перевели в одиночную камеру Бутырской тюрьмы, где не было даже окна. Судоплатову было объявлено, что он арестован, как активный участник заговора Берии по захвату власти и ликвидации Советского правительства. По этому делу проходили 50 чекистов. О надуманности этого обвинения говорит хотя бы тот факт, что во все годы работы под началом Берии Павел Анатольевич, что называется, был у него «под колпаком». Не раз арестовывались ближайшие сотрудники Судоплатова, из которых выбивались показания против начальника. Сидел в тюрьме и Эйтингон, освобожденный по ходатайству того же Судоплатова лишь с началом войны.
Его судили в здании Верховного суда на улице Воровского без прокурора и защиты. Но даже тогда, в период обострения борьбы за власть после смерти Сталина, не сумели найти повода к расстрелу. Не было доказательств причастности Судоплатова ни к каким-то заговорам, ни к убийству Михоэлса, ни к работе «Лаборатории X» с ее экспериментами на людях, приговоренных к казни. Оттого и приговор был «мягкий» – 15 лет тюрьмы. Он провел их в «знаменитых» тюрьмах: «Крестах», Бутырке, Лефортово, Владимирском централе. На допросах его не били, но лишали сна, продуктовых посылок, свиданий с женой и детьми.
В тюрьмах Павел Анатольевич перенес три инфаркта, ослеп на один глаз, приобрел целый «букет» хронических заболеваний. Однако все это не сломило его, не уничтожило преданности той стране, которой служил и которой теперь нет.
За освобождение Судоплатова ходатайствовали многие известные люди, крупнейшие разведчики, среди которых было 5 Героев Советского Союза и его давний друг Рудольф Абель. Добиться правды было невозможно, а сам узник и не пытался облегчить свою участь путем наговора или предательства ни в чем не повинных людей. В результате, весь срок он отсидел «от звонка до звонка» и вышел на свободу лишь 21 августа 1968 года. По странной иронии судьбы это был день вторжения советских войск в Чехословакию.
Лишь в 1991 году Главный военный прокурор, уходя в отставку и, видимо, не желая оставлять на душе грех сокрытия правды, прекратил дела Судоплатова и Эйтингона и подписал Постановление о полной реабилитации с восстановлением воинских званий, наград и гражданских прав. Это произошло за 5 лет до смерти Павла Анатольевича. Но и эти годы дались ему нелегко. Мы видели, какую боль причиняло ему все, что происходило тогда в стране, все, чему он отдал жизнь. И, конечно, в первую очередь это относилось к разгрому спецслужб и анархии, установившейся там. Героями стали иуды, многие годы бывшие двойными агентами, или оголтелые лжедемократы, распахнувшие двери в святая святых для всех желающих. Они носились по кабинетам Лубянки, громили сейфы, архивы, вывозили чемоданами и ящиками секретнейшие документы, за многими из которых были судьбы людей, а иногда и честь страны. Все пошло на продажу, а покупателей было хоть отбавляй: и своих и чужих. Хорошо еще, что у бывших руководителей спецслужб хватило предвидения разместить в свое время наиболее ценные документы и архивы разведки по адресам, которые были известны лишь немногим посвященным.