Долгое время Медведев оставался лояльным до альтруизма. Оба — и Путин, и Медведев — знали, что добрая ссора внутри правящей верхушки только обострит существующие конфликты. Но как бы оба не старались, сдержать конфликта не удалось. Силовики (представители органов безопасности) все еще чувствовали себя настоящими хозяевами страны. Этой группой верховодил Игорь Сечин. Давнишний руководитель путинской администрации считался закулисным заправилой авторитарной политики правительства. Бесспорным является тот факт, что разрушение концерна «ЮКОС» происходило под руководством Сечина, и что он, как председатель наблюдательного совета НК «Роснефть», извлек выгоду из покупки частей «Юкоса». Он продемонстрировал всем, как государство обходным путём и с помощью спецслужб может заполучить обратно утраченный в 90-е годы контроль над стратегическими промышленными отраслями.
Второй лагерь состоял из реформаторов, таких как министр финансов Кудрин (в середине 90-х нашедший для Путина работу в Москве, когда тот после провала Собчака на выборах остался безработным), министр юстиции Александр Коновалов, президент «Сбербанка» Герман Греф, а также советник президента по экономическим вопросам Аркадий Дворкович. От последних мало что зависело, так как им не хватало нужных рычагов власти. Консерваторы вместе с партией «Единая Россия» обладали большинством в Госдуме. Медведев и Сечин по сути образовали полярные полюса в политике. Когда-то они оба сидели в одном офисе Комитета по внешним связям мэрии Санкт-Петербурга. Видимо, разрыв между ними произошел вследствие уничтожения «Юкоса» и возврата России к государственному монополизму. Война между Медведевым и Сечиным велась, прежде всего, посредством интриг в штабе. В 2007 году Сечин пытался скинуть кандидата в президенты Медведева с помощью слива компрометирующих материалов о его команде реформаторов. Один заместитель министра-реформатора Кудрина был арестован. В отместку лагерь Медведева пустил слух, что Сечин и его силовики берут «крышевые» у частных предприятий. Это привело к горячим стычкам в секретных службах. Путин выбрал последователем Медведева, однако усилил и Сечина, назначив его вице-премьером.
В 2011 году, решающем для президентской кампании, конфликт между Сечиным и Медведевым повторился по той же схеме. На этот раз люди Медведева попытались изобличить Сечина в «телефонной юстиции» по делу Ходорковского и выжитого из России директора «Эрмитаж-Капитала» Билла Браудера. Кроме того, была разоблачена криминальная организация ведущих прокуроров, покрывавших нелегальные казино. Сечин заранее готовил пути к отступлению и использовал для своей защиты интервью в западной прессе. Несколько дней спустя Медведев публично отчитал Сечина за то, что тот не смог предотвратить скачок тарифов на электроэнергию в стране. Когда уверенный в победе Сечин хотел создать стратегическую кооперацию своей фирмы «Роснефть» с нефтяной транснациональной корпорацией «ВР», сделка неожиданно сорвалась. «ВР» с некоторыми могущественными олигархами владела в России совместным предприятием «ΤΝΚ-ΒΡ». Русское правление «ΤΝΚ» усмотрело в альянсе «ВР» с «Роснефтью» ущемление своих прав, подало иск в Стокгольмский экономический суд и выиграло его. Было ясно, что верные государству олигархи никогда не отважились бы выступить против такого могущественного человека, как друг Путина Сечин, если бы за ними не стояли силы еще более высокого ранга. Очевидно, за иском стоял Медведев. «ВР» стала невольной жертвой политических интриг. Сечин был повержен, а Медведев наступал. Он повторил свое распоряжение, согласно которому государственные чиновники должны были освободить посты в наблюдательных советах государственных концернов, чтобы порвать тесную связь между политикой и стратегическими отраслями экономики, так как она препятствует осуществлению любых экономических реформ. И надо же, Сечин, против которого был в особенности направлен приказ Медведева, покинул свою должность председателя совета директоров «Роснефти»! В день отставки Сечина телезрители могли наблюдать подавленного Путина. Выросли ли в связи с этим шансы Медведева на повторное президентство? А может, ему даже удалось поставить Путина на место?
12 апреля 2011 года Россия праздновала 50-летие полета в космос Юрия Гагарина. Поистине исторический день, который в России всегда символизировал прорыв. За день до этого Сечин ушёл из «Роснефти». Медведев сразу же после этой промежуточной победы пошел в атаку и в одном из интервью китайскому телевидению назвал Путина ретроградом. Мол, хотя десять лет правления Путина и принесли России стабильность, сейчас страна нуждается в перспективном видении будущего. Одновременно он огласил свои амбиции по поводу следующего президентского срока. Медведев хотел объявить о своем решении, опередив Путина. Государственное телевидение обошло это заявление молчанием.