Наверное, именно теперь наступают для Дионисия самые тяжёлые времена. У людей, которых называют сынами Отечества, всегда свой, неповторимый путь. Им не суждено учиться на чужих искушениях, на них щедро сыплются свои. Дионисия оклеветали. Да-да, оклеветали свои же, лаврские чернецы. Что делать? Чёрные подрясники не спасают от человеческих слабостей, если человек сам не прикладывает усилий к спасению. Царь Михаил Федорович, зная, что лаврский архимандрит и учён, и благочестив, поручил ему сделать исправления в богослужебных книгах. Книги переписывали от руки, и ошибок в них вкрадывалось множество. Видимо, какую-то ошибку допустил при работе и Дионисий. Завистливые братья, один Лонгин, другой Филарет, решили, что их час настал. Они сообщили на Собор, что архимандрит - еретик и молчать больше они не могут. Собор отреагировал быстро. Дионисия лишили сана и заточили. Заточили в Московский Новоспасский монастырь. Если бы только заточили! Над достойным человеком издевались самыми изощрёнными способами. Его морили голодом, томили в дыму бани, заставляли класть по тысяче поклонов в день. Тысяча поклонов! Какая спина выдержит эту нечеловеческую нагрузку? Что делает Дионисий? Дионисий сие послушание принимает со смирением и от себя добавляет... ещё тысячу поклонов.
Верный сын Отечества, отдавший лучшие годы его спасению, не жалевший сил, здоровья, жизни «за всё хорошее», стал узником, над которым издевались все, кому не лень. Как можно пережить этот удар? Как можно не сломаться, не дрогнуть, не разувериться? Своими силами нельзя, Божиими - можно. И именно Божьи силы черпал несчастный узник в утомительных поклонах и ночных молитвах. Уж он-то хорошо знал о существовании злой, тёмной силы. Она не терпит торжества света, ей люба темнота. В данном случае темнота тюремного подвала. А потому не держал Дионисий зла на своих бывших сотрапезников Лонгина и Филарета. Не устояли, подставились тёмным силам, немощны, несчастны...
- Великая беда с тобой, отче, - говорили ему жалеющие его.
А он весело:
- Нет никакой беды, а милость Божия. Смиряют меня по делам моим. А то я слишком горд.
Его обложили штрафом в пятьсот рублей, сумма по тем временам космическая.
- Чем платить будешь, отче? А он весело:
- Денег не имею, да и давать не за что. Лихо чернецу то, что расстричь его велят, а если только достричь - то ему и венец, и радость. Мне грозят Сибирью и Соловками. Но я рад тому - это жизнь мне.
По праздникам его водили к митрополиту на смирение. В митрополичьем дворе он стоял, бывало, с утра до вечера, и зной терпел, и холод, и дожди проливные. А сколько было вокруг улюлюкающих, злопыхающих, ненавистных. В него плевали, бросали комья грязи. Всё это уже было. «Распни, распни его!» - формула знакомая, страшная, но привычная. Человек в беде не одинок, во все времена находилось немало торопящихся к нему, чтобы его беде порадоваться. Дионисий. Архимандрит Троице-Сергиевой Лавры - жертва зависти и неудовлетворённых амбиций. Сломали? Добились желаемого?
Началось это давно. Архимандрит был настолько смиренен, кроток, что даже, если приказывал кому-то из братии, то говорил так: «Сделай это, если хочешь, брат». Некоторые пользовались его кротостью. А он по-другому не мог, потому что смирение не было для него итогом борьбы с гордыней, а было его естеством, как само дыхание, как стук сердца, как ток крови. «Сделай, если хочешь...» Один раз не хватало певчих. Дионисий сам встал на клирос. Лонгин подлетел к нему, вырвал из рук служебник. Молча перекрестился Дионисий, ушёл с клироса. Так Лонгин догнал его и плюнул в него. Но и тут (смирение - стук сердца, ток крови) Дионисий негромко произнёс: «Перестань, Лонгин, не мешай пению Божию и братию не смущай». Наверное, смирение-то архимандрита и разъярило вконец озверевшего наглеца. Он выхватил из рук Дионисия пастырский посох, переломил и швырнул обломки в настоятеля. И тут Дионисий заплакал. Он встал на колени перед иконой Спасителя и плакал, и просил: «Ты всё ведаешь, Господи, прости меня, грешного, ибо я согрешил пред Тобою, а не он». Долго плакал, а братия просила разбушевавшегося инока попросить прощение за свою дерзость. Не допросилась...
Всё, что происходило в обители, настоятель покрывал любовью. Конечно, слухи об издевательствах над ним просачивались и доходили до митрополита. Он посылал с поручениями разобраться. Но Дионисий всё отрицал, от всего отказывался.
Целый год провёл настоятель лаврский в душном подвале Новоспасского монастыря. Спасение пришло от Иерусалимского патриарха Феофана. Именно он удостоверил невинность архимандрита Дионисия, не найдя в исправленных им книгах никакой ереси и никаких отступлений от догматов. Настоятель был возвращён в Троицкий монастырь. Произошло это летом 1619 года.