Во время этих переговоров пал Дерпт. Ему обещаны были, безопасность жителей и сохранение прав, но появилось в окрестности русское юрьевское дворянство, а в городе православный епископ. Хотя, пользуясь уходом главных сил, ливонцы имели некоторые успехи, но в 1559 г. снова вступила в их земли русская рать, доходила до Риги, опустошила Курляндию. Посредничество короля датского и опасения со стороны Крыма побудили дать Ливонии шестимесячное перемирие. В этот промежуток времени ливонцы обращались и к Германии, и к другим государствам, но пользы от того было не много, хотя магистр и архиепископ отдались под защиту Польши, а епископы эзельский и курляндский — под защиту Дании. Брат датского короля Магнус выбран был коадъютером эзельского епископа и скоро приобрёл епископство ревельское, но Ревель поддался Швеции. Русские войска продолжали опустошать Ливонию. В конце 1561 г. магистр Кетлер заключил договор с польским королём, по которому Ливония подчинялась Польше, а он делался наследственным герцогом курляндским. Так Ливония окончательно разорвалась между Польшей, Швецией, Данией (Эзель остался за Магнусом), Россией и вассалами Польши, герцогами курляндскими. Пока в Ливонии совершались эти события, в самой Москве вышло наружу то, что доселе таилось: царь разорвал со своими советниками, и начала всё более и более развиваться в нём подозрительность. Совершилось то, что ещё до сих пор по старой привычке называют переменою в характере Грозного. Приближая к себе Сильвестра и Адашева, Иван надеялся встретить в них людей лично ему преданных; но сам друг их Курбский прямо указывает на то, что они завладели правлением и окружили царя избранными ими людьми. Влияние Сильвестра на царя было сильно до 1553 г., и основа его была в уважении Ивана к нравственным качествам Сильвестра. Но пугать «детскими страшилами» можно было только на первых порах: Сильвестр надеялся управлять, а управлять такими людьми, как Иван, чрезвычайно трудно. Сильный удар влиянию Сильвестра нанесён был в 1553 г., когда Иван опасно занемог. Больной хотел, чтобы, на случай его смерти, была принесена присяга его сыну, тогда младенцу, Димитрию. Большинство окружающих его отказалось принести присягу и желало избрать Владимира Андреевича, сына Андрея Иоанновича. Окольничий Адашев, отец Алексея, прямо говорил: «Сын твой, государь наш, ещё в пелёнках, а владеть нами Захарьиным». Владимир Андреевич и мать его старались привлечь на свою сторону деньгами; Сильвестр стоял за Владимира и тем возбудил и к себе недоверие. Сами Захарьины колебались, боясь за свою участь. Тяжёлое сомнение налегло на душу Ивана Васильевича, но он не спешил разрывать со своими советниками. Спокойное отношение царя к событиям во время его болезни многим казалось неестественным; некоторые, более предусмотрительные, решились прибегнуть к старому средству — отъезду, В июле 1554 г. в Троице был пойман князь Никита Семёнович Ростовский, отец которого был из сторонников Владимира Андреевича. По следствию оказалось, что у него заранее велись сношения о литовским посольством, что он действовал с согласия не только отца своего, но и многих родичей. Бояре приговорили князя Семёна казнить, но царь по ходатайству митрополита послал его в тюрьму на Белоозеро. Несмотря на всё это, несмотря на несогласие царя с советниками по вопросу о войне Ливонской — причём советники указывали на необходимость покончить с Крымом, а всё случившееся дурное выставляли наказанием за то, что он их не послушался и начал войну Ливонскую, — разрыва ещё не было. Тем не менее влияние Сильвестра и друзей было тягостно для Ивана. В характере его была черта, тонко подмеченная И. Н. Ждановым: увлекаясь мыслью, он охотно отдавал подробности исполнения другим, но потом, заметив, что они забрали слишком много власти, вооружался против тех, кому верил. Доверие сменялось подозрительностью; к тому же недовольство советниками у него всегда соединялось с недовольством собой. От доверия к Сильвестру Иван перешёл к подозрительности, старался окружить себя людьми, которые не выходили из повиновения ему; научившись презирать этих людей, простёр своё презрение на всех, перестал верить в свой народ.