Как видим, «идеологическая атака» не удалась. Тогда Василий II решил покончить с соперником иным образом. В Новгород отправился посол — дьяк Василия Степан Бородатый с большой суммой денег и «лютым зельем». Ему удалось подкупить боярина Шемяки Ивана Котова, а тот, в свою очередь, подкупил повара, служившего Шемяке. И прозвище-то было у повара вполне подходящее — Поганка. И вот Поганка поднес князю яд «в куряти». Дмитрий болел 12 дней и 17 июля 1453 г. скончался.
23 июля, в понедельник, Василий II в Москве в церкви Бориса и Глеба, «что на рву», слушал вечерню, а 24 июля был день поминовения блаженных страстотерпцев князей Бориса и Глеба, которые стали жертвами убийц, подосланных братом («приятное» совпадение для Василия II и его бояр). Прямо в церковь ворвался гонец из Новгорода и сообщил великому князю о смерти Шемяки. Василий впал в неприличную радость. Гонец, а им оказался подьячий Василий Беда, был немедленно пожалован в дьяки. Позже дьяк Беда стал доверенным лицом Василия II и составителем его завещания.
Митрополит Иона, бывший соратник Шемяки, а теперь верой и правдой служивший Василию, запретил поминать отравленного князя. В ответ игумен Боровского монастыря Пафнутий самого Иону не велел именовать митрополитом.
Тогда Иона послал в Боровский монастырь митрополита и бояр с дружинниками, которые доставили Пафнутия в Москву. Там митрополит на игумена «страшную брань положил». Пафнутий же продолжал стоять на своем и очутился в железах в монастырской тюрьме. Однако эта расправа вызвала возмущение большой части духовенства. И, как сказано в летописи, «...митрополит смирился и сам пред Пафнотием повинился и мир дав ему и дарова его и отпусти его с миром о Христе Исусе. И Пафнотей до конца поминовал князя Дмитрея».
Известен и еще один случай неподчинения церковных иерархов Василию II. Так, узнав об отравлении Шемяки, троицкий игумен Мартиниан публично наложил на Василия строгую епитимью (церковное наказание). Неизвестно, стал ли Темный выполнять епитимью, но с 3 июля 1453 г. великий князь перестал называть в своих грамотах троицкого игумена по имени. А летом 1454 г. Мартиниана заставили покинуть Троицу и уйти в Ферапонтов монастырь на Белое озеро. На его место был назначен троицкий старец Вассиан Рыло. Позже Мартиниан Белозерский был причислен к лику святых так же, как и Пафнутий Боровский.
Через несколько месяцев после смерти Дмитрия Шемяки в Боровский монастырь явился его убийца (бывший повар Поганка), постригшийся в монахи. Пафнутий, узнав об этом, изобличил его перед всей братией и отказался принять в своей обители.
Приключения храброго князя Дмитрия Юрьевича не кончились его смертью. Перенесемся в 1614 г. в Новгород. На Руси заканчивалось Смутное время. Поляки были выбиты из Москвы, но в Новгороде еще хозяйничали шведы. Шведские солдаты грабили Юрьев монастырь в 20 верстах от Новгорода. Кому-то пришла мысль вскрыть гробницы в древнем Георгиевском соборе. В большинстве могил лежали лишь рассыпавшиеся кости, но, подняв очередную надгробную плиту, шведы остолбенели — там лежал... живой человек. Через несколько секунд испуг солдат прошел — это был мертвец. Он был одет в роскошные княжеские одежды, которые здорово истлели от времени, но сам труп не подвергся тлению. Шведы забрали все драгоценности, а тело поставили у церковной стены «яко живо». Шведский командир расценил это как курьез и звал сослуживцев в церковь, как в кунсткамеру.
Слух об этом дошел до новгородского митрополита Исидора, и тот обратился к шведскому главнокомандующему Якобу Дела-гарди с просьбой отдать нетленное тело. Дела к тому времени у шведов пошли неважно, и ссориться из-за пустяков с митрополитом Делагарди не захотел. Тело перенесли в Софийский собор в Новгородском кремле. Не мудрствуя лукаво, Исидор признал тело за нетленные мощи князя Федора Ярославича, который княжил в Новгороде с 1228 по 1233 г. Мощи были торжественно захоронены в Софийском соборе.
Канонизация всех русских правителей от князей Бориса и Глеба до императора Николая II имела политическую подоплеку. Само собой, не обошлось без политики и на сей раз. Исидор устроил антишведскую демонстрацию. Ведь князь Федор был старшим братом князя Александра Ярославича Невского.
На веруюших должно было произвести впечатление хорошее состояние трупа: в начале XVII века Федор выглядел как живой. Ведь православная церковь всегда видела в нетлении святых «особый дар Божий и видимое свидетельство их славы». Со временем князь Федор Ярославич из местного святого превратился в общерусского. Ежегодно 5 июня (18 июня по новому стилю) православная церковь отмечала день благоверного князя Федора Ярославича. В начале XIX века на деньги Д.С. Яковлевой (урожденной княжны Баратаевой) была сделана серебряная рака, в которую положили тело святого Федора.