В это время каменное строительство захватывает обширные территории. Если ранее каменные храмы строились по преимуществу в больших городах, то теперь такие храмы появляются в небольших городах удельных княжеств (этому способствует формирующееся «региональное сознание» жителей отдельных княжеств) – Путивле, Ростове, Торжке, Дмитрове, Суздале и др. Взаимообмен мастерами и строителями между княжествами привел к тому, что смоленские мастера приносят новые архитектурные формы в Новгород, а в Смоленскую архитектуру новшества вносят мастера из Полоцка. Становится иным и строительный материал – на смену плинфе (основному строительному материалу домонгольской Руси) приходит брусковый кирпич.
Новгородская и Псковская земли стали немногими территориями Руси, на развитие которых существенно повлияли два фактора – самостоятельность и недостижимость для монголов. Благодаря этому с конца XII столетия новгородская и псковская архитектура постепенно приобретает свой неповторимый стиль. Следует отметить, что в прошлое уходят монументальность и величие, присущие новгородской Софии или Георгиевскому собору – больше таких зданий не строят. В то же время в большом количестве строятся плотные, приземистые посадские церкви – кубовидные, однокупольные, с тремя апсидами, органично вписывающиеся в жилую застройку. Таковы храмы Петра и Павла на Синичьей горе (1185 г.), Апостола Фомы на Мячине (1195 г.), Ильи на Славне (1198 г.), Спаса на Нередице (1198–1199 гг.). Последний был знаменит уникальными фресками, которые погибли вместе с храмом в 1941 г.
В XIII и в первой половине XIV в. в новгородской архитектуре складывается новый упрощенный тип храма: с одной алтарной апсидой вместо трех, с восьмискатным покрытием и с узорчатым украшением стен в виде впадин различной формы, выкладываемых из кирпича. Такого типа были храмы Николы на Липне (1292–1294 гг.), Благовещения на Городище (1342 г.), Спаса на Ковалеве (1345 г.) и церковь Успения на Волотовом поле (1352 г.), погибшие, как и Спас на Нередице, в 1941 г.
Расцветом новгородского зодчества считается вторая половина XIV в. – период экономического могущества Новгородской земли. Лучшие из памятников этого времени – церковь Федора Стратилата на Торговой стороне (1361–1362 гг.), Спасо-Преображенский собор на Торговой стороне (1374 г.), храм Петра и Павла на Софийской стороне. Лучшие среди псковских храмов этого периода – церковь Сергия в Залужье, купол которой сохранил оригинальное покрытие из зеленых поливных черепиц, храм Николы со Усохи (1371 г.), Василия на Горке (1413 г.), Успения на Пароменье со звонницей (1521 г.), Косьмы и Дамиана с Примостья.
Новгород и Псков стали родиной очень яркого явления в русской архитектуре – звонниц, где, в отличие от колокольни, колокола размещаются в ряд. Лучшая из них – Пароменская пятипролетная звонница в Завеличье (1521 г.), а также близкая к ней по типу звонница церкви Богоявления на Бродах. В XVII в. были созданы замечательные звонницы церкви Николы Явленного и большая звонница Псковско-Печерского монастыря. В Новгороде до наших дней сохранилась знаменитая софийская звонница. Очень интересным памятником новгородского зодчества является «Евфимиевская часозвоня» конца XV в. – слегка суживающаяся кверху высокая и стройная восьмигранная башня с восемью пролетами вверху, которая играла роль дозорной башни.
До наших дней сохранилось и несколько памятников гражданского зодчества Новгорода и Пскова. Среди них наиболее интересными являются Поганкины палаты с двухметровыми стенами, сложенными из огромных камней, – дом торговых людей Поганкиных (XVI–XVII вв.) в Пскове.
Особенностью новгородской архитектуры, как уже говорилось, было отсутствие резных украшений на фасадах храмов – местный камень не позволял сделать эти украшения качественно. Огромную роль в общей концепции храма в новгородском строительстве играли алтарные апсиды – И. Грабарь писал, что «новгородский храм красивее всего именно с алтарной стороны и ни одна стена не производит такого нарядного впечатления, как восточная, хотя нарядность эта лежит не в узорах, часто совсем здесь отсутствующих, а в том изумительном искусстве, с которым зодчий облюбовывал формы трех закругленных выступов и искал прихотливых линий их волнистых изгибов».
Большое внимание уделялось куполам храма, которые обычно были очень красивой формы и тесно сдвигались между собой. Кроме того, в силу природных условий (очень много дождя и обильные снегопады) купола новгородских храмов стали быстро эволюционировать от почти плоской византийской формы к выразительной заостренной луковице, на которой не задерживаются снег и вода. Кресты новгородских храмов были обыкновенно деревянные, обитые жестью или железные. Более сложные формы появляются гораздо позже. Во всех храмах устраиваются «полати», первоначально на сводах, соединяющих два западных столба со стенами, а позже на дубовых бревенчатых настилах.