Между тем реформа распространялась преимущественно в Северной Германии; Иоанн Фридрих, курфюрст Саксонский, Албрехт, маркграф Бранденбургский, и Филипп, ландграф Гессенский, и другие менее значительные князья приняли реформу; церковные имущества конфисковались в их владениях; связь с Римом была порвана; чрез уничтожение таинства священства духовенство лишилось прежнего своего значения и подчинилось светской власти; для надзора за ним и поставления явились деканы, суперинтенданты (кой-где удержавшие название епископов) и консистории. Другие германские князья, преимущественно в Южной Германии, остались верны католицизму. На сейме в Шпейере (1529) большинство оказалось за ними, и они постановили, что реформа не должна иметь нигде дальнейшего распространения. Тогда часть Саксонии (Кур-Саксония, т. е. находившаяся под властию курфюрста), Гессен, Люнебург, Ангальт, маркграф Бранденбургский и 14 имперских городов подали
Протестанты хотели составить союз для защиты своего дела против католиков; но им мешала рознь между последователями Лютера и Цвингли. Филипп, ландграф Гессенский, хотел помирить реформаторов и пригласил обоих, Лютера и Цвингли, в Марбург на публичную беседу, которая кончилась, однако, ничем: реформаторы не согласились относительно Евхаристии. Вследствие этого разошлись, ничего не постановивши о союзе, два собрания протестантов; на третье, в Нюренберге, не явились депутаты многих городов, потому что города эти не хотели подчиниться мнению Лютера об Евхаристии, на принятии которого настаивал курфюрст Саксонский. В 1530 году император созвал сейм в Аугсбурге для решения религиозного вопроса. Протестанты представили свое исповедание веры, написанное Мелан-хтоном и утвержденное Лютером; католики написали возражения; назначены были конференции для соглашений между обеими сторонами, но не повели ни к чему; протестанты оставили сейм, не дожидаясь решения, которое не могло быть для них благоприятно; сейм постановил, что все должно быть возвращено в прежнее состояние под страхом жестокого наказания ослушникам. Постановление это должно было иметь следствием междоусобную войну; протестантские князья заключили в Смалькалдене (1531) оборонительный союз на случай нападения со стороны католиков, но этого нападения не последовало, потому что у католических князей было мало охоты к междоусобной войне, и, кроме того, страшные враги — турки — грозили империи. Император счел за нужное заключить перемирие с протестантами; оно было заключено в 1532 году на 12 лет в Нюренберге, почему и носит название
Во время этого перемирия протестантизм не переставал обнаруживать больные места; кроме ссоры между лютеранами и цвинглианами продолжало высказываться и крайнее направление реформы. Анабаптистский писатель Себастиан Франке высказывал, что нет греха перед Богом, ибо что считается грехом перед людьми, то не грех перед Богом, что Бог присутствует в растениях, животных и во всем существующем, что Христу нельзя приписывать какой-нибудь особенной божественности, кроме той, которая присуща всем великим людям.
После смерти Мюнцера анабаптисты, жестоко преследуемые в Германии, нашли убежище и последователей в Нидерландах. Прогнанные наконец и отсюда, они перешли в Вестфалию и утвердились в Мюнстере под предводительством своих апостолов, булочника Яна Матисона и портного Яна Бокольда из Лейдена, которые хвалились, что находятся под непосредственным наитием Святого Духа. Бокольд воцарился в Новом Сионе (как был назван Мюнстер); имение было роздано поровну между всеми жителями, все книги, какие только нашлись в городе, были сожжены; Бокольд, царь Нового Израиля, взял себе 14 жен по примеру Соломона. Лютер, Меланхтон и другие протестантские богословы тщетно старались сочинениями своими обратить своих собратий, которые быстро скатились с верхушки горы к подошве, тогда как богословы спускались с той же самой горы, только тормозя. Князья употребили светское оружие против анабаптистов; в 1535 году Мюнстер был взят с страшным кровопролитием с обеих сторон; Бокольда постигла участь Мюнцера; во всех областях Германии анабаптистам определена была смертная казнь; один Филипп, ландграф Гессенский, не позволял казнить людей за то только, что они анабаптисты; но Лютер был очень недоволен такою снисходительностию.