Вступление СССР в глубокий кризис совпало с началом движения за российский суверенитет.
Самосознание россиян было уязвлено тем, что недовольство со стороны национальных регионов часто направлялось против России и русских, в то время как РСФСР для многих союзных республик выполняла функцию донора. В мае 1990 г. начал работу I съезд народных депутатов РСФСР. В результате Ельцин с незначительным перевесом голосов был избран Председателем Верховного Совета РСФСР. 12 июня 1990 г. съезд почти единогласно принял Декларацию о государственном суверенитете России как основу выхода из кризиса. Мало кто сознавал, что это был важный шаг к распаду СССР. Во второй половине 1990 г. постепенно формируются параллельные союзным российские государственные структуры. В стране фактически устанавливается «двоевластие».С самого начала отношения новых российских структур с союзными властями стали носить конфронтационный характер. Спор шел о выборе социально-экономического и политического курса. Весной 1990 г. правительство Рыжкова разработало программу выхода из кризиса. Она исходила из идеи стабилизации экономики. Сочетая государственные начала с элементами рыночных отношений, предполагалось постепенно перейти к рынку. План был рассчитан на 6–8 лет. Одновременно с правительственной программой был подготовлен более радикальный вариант, получивший название «500 дней» (авторы – экономисты Шаталин и Явлинский). За эти 500 дней предлагалось радикально реформировать экономику, полностью отказавшись от регулирующей роли государства, и перейти к рынку на всем пространстве СССР при заключении экономического союза между республиками. В такой модели советской экономики не находилось места для союзных министерств и ведомств. Ельцин и правительство РСФСР, а также радикально настроенные депутаты Верховного Совета СССР поддержали план немедленных действий – программу Шаталина – Явлинского. Переход к рынку они обещали осуществить без ущерба населению. Президент СССР Горбачев сначала также заявил о поддержке этого варианта. Но в октябре 1990 г. под напором противников идеи «500 дней» он склонился к компромиссному варианту, в котором сама идея рынка была выхолощена. Российский парламент, в свою очередь, отверг союзную программу перехода к рынку. Между центром и республикой началась «война законов». Налицо был кризис власти.
Умеренным реформам Рыжкова был положен конец в декабре 1990 г., когда правительство было отправлено в отставку. Совет министров был преобразован в Кабинет министров во главе с Павловым. Деятельность нового правительства в 1991 г. свелась к обмену денег и апрельской денежной реформе, нацеленной на подрыв теневой экономики. В результате произошло двукратное повышение цен. Реформа окончательно подорвала доверие населения к центральной власти.
«Парад суверенитетов», экономический хаос, межнациональные конфликты вели к нарастающему краху партийно-государственной системы. В стране шло фактически становление многопартийности.
Кризис КПСС в полной мере проявился на последнем для нее XXУШ съезде (июль 1990 г.). Съезд заменил Программу партии программным документом «К гуманному демократическому социализму», содержавшим общие декларации, и возродил в партии фракционность. Была установлена фактически неограниченная «самостоятельность компартий союзных республик», что наносило еще один удар по государственному единству СССР. На съезде ряд делегатов во главе с Ельциным вышли из партии.Осенью 1990 г. в крупнейших городах России руководство перешло к демократам.
Председателями городских Советов Ленинграда и Москвы были избраны А. Собчак и Г. Попов. Постоянные колебания Горбачева привели к тому, что консерваторы обвиняли его в «буржуазности», «предательстве дела социализма», в срыве перестройки в том виде, как она замышлялась; демократы осуждали за нерешительность и непоследовательность. Все громче раздавались требования «наведения порядка», введения жестких, чрезвычайных мер для преодоления кризиса. Союзный центр пытался найти выход в наделении Президента СССР дополнительными полномочиями. Горбачев формально подчинил себе структуры КГБ и армии. Либеральные политики полагали, что Горбачев попал под влияние консервативных сил. Отражая эти настроения, Э. Шеварнадзе на IV съезде народных депутатов СССР в декабре 1990 г. заявил, что «грядет диктатура», и в знак протеста подал в отставку с поста министра иностранных дел. Подтверждением консервативной тенденции стало избрание на том же съезде вице-президентом СССР Г. Янаева.