Вслед за Государственным советом преобразованы были по плану Сперанского министерства, учрежденные манифестом 8 сентября 1802 г. Сперанский находил двойной недостаток в этих министерствах: отсутствие точного определения ответственности министров и неправильное распределение дел между министерствами. Они были преобазованы двумя актами - манифестом 12 июля 1810 г. о разделении государственных дел на особые управления и «Общим учреждением министерств» 25 июня1811 г. По новому распорядку упразднялось одно из восьми прежних министерств, именно коммерции, дела которою распределялись между министерствами финансов и внутренних дел; зато из ведения последнего выделены были дела о внутренней безопасности, для которых образовалось особое министерство полиции. Кроме того, учреждено было несколько особых ведомств под названием «главных управлений» со значением отдельных министерств: «главное управление ревизии государственных счетов» (или государственный контроль), «главное управление духовных дел иностранных исповеданий» и, наконец, еще раньше, в 1809 г., «главное управление путей сообщения». Таким образом, отдельных центральных ведомств, между которыми были распределены дела в порядке исполнительном, т. е. административном, явилось всех одиннадцать вместо прежних восьми. В «Общих учреждениях» определены были состав и делопроизводство министерств, пределы власти министерств, их ответственность и другие подробности министерского управления. Оба акта, которыми преобразованы были министерства и особые главные управления, по стройности плана, логической последовательности его развития, по своеобразности и точности изложения доселе признаются образцовыми произведениями нашего законодательства, которыми не без основания гордился сам автор, и административный порядок, им установленный, даже в подробностях доныне продолжает действовать.
Предположено было преобразовать и Сенат. Проект преобразования приготовлен был к началу 1811 г. и в июне внесен в Государственный совет. Этот проект был основан на строгом разделении дел административных и судебных, которые смешивались в прежнем устройстве Сената. Согласно с этим Сенат было предположено преобразовать в два особых учреждения, из которых одно, названное Сенатом правительствующим и сосредоточивавшее в себе правительственные дела, должно было состоять из министров с их товарищами и начальниками особых (главных) частей управления, это прежний комитет министров; другое под названием Сената судебного распадалось на четыре местных отделения, которые размещены по четырем главным судебным округам империи: в Петербурге, Москве, Киеве и Казани. Особенностью этого судебного Сената была двойственность его состава: одни члены его назначались от короны, другие выбирались дворянством. В этом особенно блеснула искра тех идей, на которых построен был общий преобразовательный план Сперанского. Этот проект вызвал резкие возражения в Государственном совете; сильнее всего, разумеется, нападали на право выборов дворянством членов Сената, видя в этом ограничение самодержавной власти. Несмотря на то что при подаче голосов большая часть членов Совета высказалась за проект и государь утвердил мнение большинства, но различные препятствия, внешние и внутренние, помешали осуществлению новой реформы, и сам Сперанский советовал ее отсрочить. Благодаря тому Сенат сохранил прежнее смешение ведомств, внося некоторую нестройность в общий склад центрального управления. Значит, из трех отраслей высшего управления - законодательной, исполнительной и судебной - были преобразованы только две первые; третьей не коснулась реформа. К преобразованию губернского управления не было и приступлено.