Участвовал Кутузов и в создании Новгородского ополчения. В сентябре столичные и новгородские ополченцы прибыли в действующую армию. Они отличились в сражениях под Полоцком, Витебском, Чашниками, при Смольне, на Березине, закончив свой боевой путь участием во взятии крепости Данциг. Санкт-Петербургское ополчение торжественно возвратилось домой через два года после начала Отечественной войны 1812 года — 12 июня 1814-го.
Формируя столичное ополчение, полководец одновременно продолжал руководить Нарвским корпусом. В конце июля ему были подчинены кроме Новгородского ополчения все сухопутные и морские войска в Санкт-Петербурге, Финляндии, морской крепости Кронштадт. Из Старой Руссы и Пскова к столице притягиваются восемь резервных эскадронов и пять рот артиллерии. 200 матросов-артиллеристов отправляются в Нарву для укомплектования штатов крепости. Для действий на реке Нарве и озере Пейбус образовывается военная флотилия…
Между тем обстановка на театре военных действий становилась все более напряженной. Положение генерала от инфантерии М.Б. Барклая-де-Толли после оставления Смоленска окончательно пошатнулось. В нем стали видеть причину всех неудач в начавшейся большой войне. Против него роптали в армии и обществе. Стратегия военного министра понималась в те дни немногими.
После Смоленска П.И. Багратион, пользовавшийся в армии громкой славой ученика генералиссимуса A.B. Суворова, позволял себе открыто осуждать командование военного министра. Если старшие офицеры обвиняли Барклая-де-Толли в нерешительности, младшие — в трусости, то солдаты — в том, что он подкуплен Бонапартом и изменяет России. Сведения о таких настроениях в армии доходили до Александра I от разных лиц.
Наконец, императору пришло письмо от московского военного губернатора и главнокомандующего Федора Васильевича Ростопчина. Граф со всей доверительностью и прямотой сообщал самодержцу: «…Москва желает, государь, чтобы войсками начальствовал Кутузов и двигал наши силы, иначе не будет великого единства…»
Все эти обстоятельства заставили Александра I поручить специально созданному Особому комитету рассмотреть вопрос о назначении нового главнокомандующего всеми действующими русскими армиями и сделать свои предложения. В состав комитета вошли его глава генерал-фельдмаршал Н.И. Салтыков, председатель Государственного совета и Совета министров, генерал от инфантерии С.К. Вязмитинов, он же главнокомандующий в Санкт-Петербурге, действительные тайные советники князь П.В. Лопухин и граф В.П. Кочубей, министр полиции А.Д. Балашов.
Комитет заседал вечером 5 августа, в день оставления Смоленска, в доме Н.И. Салтыкова. Заседание началось с заслушивания A.A. Аракчеева о положении дел в армии и длилось три с половиной часа. При обсуждении кандидатуры на пост главнокомандующего назывались имена Д.С. Дохтурова, А.П. Тормасова, Л.Л. Беннигсена, П.И. Багратиона, хотя для собравшихся было очевидным, что лучшей кандидатуры, чем М.И. Голенищев-Кутузов, не найти. Но все прекрасно знали и о нерасположении к нему государя — после Аустерлицкой катастрофы об опальном полководце при дворе не хотели и слышать.
Думается, что монарх предвидел решение «учиненного им совета». Итогом заседания комитета (скажем так — не бурного) стало единогласно принятое постановление, в котором было записано: «…Рассуждая, что назначение общего главнокомандующего… должно быть основано, во-первых, на известных опытах в военном искусстве, отличных талантах, на доверии общем, а равно и на самом старшинстве, посему единогласно убеждаются предложить к сему избранию генерала от инфантерии князя Кутузова».
Комитет рекомендовал М.И. Барклаю-де-Толли либо остаться на посту военного министра и возвратиться в Санкт-Петербург, либо остаться на посту командующего 1-й Западной армией и поступить под начальство М.И. Голенищева-Кутузова. На следующий день управляющему департаментами Военного министерства князю А.И. Горчакову 1-му (с августа 1812 г. — военный министр) было поручено доложить императору решение чрезвычайного комитета.
Князю Горчакову пришлось выдержать непростой — жаркий и продолжительный разговор — с государем Александром I Павловичем. Выйдя из императорского кабинета, он произнес: «…Я осмелился наконец сказать его величеству, что вся Россия желает назначения Кутузова, что в отечественную войну приличнее быть настоящему Русскому главнокомандующим».
Не сразу царь согласился с предложением Особого комитета, им же созданного. Три дня он размышлял и только после этого решился 8 августа подписать указ Сенату о назначении генерала от инфантерии князя Михаила Илларионовича Голенищева-Кутузова главнокомандующим всеми армиями. Эта весть была встречена всеобщим ликованием.
Указ Правительствующего Сената, высочайше утвержденный, гласил следующее: «Нашему генералу от инфантерии князю Кутузову всемилостивейше повелеваем быть главнокомандующим над всеми армиями нашими, с присвоенными к сему званию преимуществами последними узаконениями».