За Измаил Голенищев-Кутузов получил чин генерала-поручика, а за предыдущие отличия орден Св. Георгия III степени. В кампании 1791 г. Голенищеву-Кутузову было поручено произвести поиск на Тульчу и предупредить турок в Бабадаге. Он блистательно исполнил эти поручения. <...> Его кавалерия опрокидывает турецкую конницу и, пользуясь этим успехом, ведет энергичное наступление на главные турецкие силы. Турки бросают весь лагерь и бегут. В конце июня Голенищев-Кутузов принимает деятельное участие в сражении при Мачине. <...> За Мачинское сражение он был награжден орденом Св. Георгия II степени. Когда в 1792 г. началась 2-я польская война, Голенищев-Кутузов содействует победе при Дубенке, после которой поляки кладут оружие.
В 1793 г. Голенищев-Кутузов назначается чрезвычайным и полномочным послом в Константинополь. Ему ставится задачей упрочить наше влияние в Турции и склонить ее к заключению союза с Россией и другими европейскими державами против революционной Франции. Голенищев-Кутузов исполняет и это поручение с большим успехом, свидетельствующим о его выдающихся дипломатических талантах. Влияние Франции было совершенно ослаблено, и французские подданные получили приказание выехать из пределов Турции; вместе с тем были устранены Голенищевым-Кутузовым и недоразумения по некоторым статьям Ясского договора. В феврале 1795 г. Голенищев-Кутузов был назначен командующим сухопутными войсками, флотом и крепостями в Финляндии, а в октябре и генеральным директором Императорского сухопутного шляхетского корпуса. На этом последнем посту Голенищев-Кутузов проявил себя отличным педагогом. Он установил в корпусе строгий порядок и дисциплину, ввел преподавание тактики и часто сам лично читал лекции как по тактике, так и по военной истории.
Воцарение императора Павла не отразилось на судьбе Голенищева-Кутузова; он сохранил свое служебное положение и даже приобрел доверие государя успешным исполнением его поручения – склонить Пруссию к союзу с Россией и Англией против Франции. В начале 1798 г. произведен в генералы от инфантерии, пожалован кавалером большого креста ордена Св. Иоанна Иерусалимского и назначен шефом Псковского пехотного полка; в 1799 г. назначен литовским генерал-губернатором, а в 1800 г. за искусное руководство маневрами награжден орденом Св. Андрея Первозванного.
По восшествии на престол императора Александра I Голенищев-Кутузов получил назначение санкт-петербургским военным губернатором, но в августе 1802 г. вызвал неудовольствие государя неудовлетворительным состоянием санкт-петербургской полиции и был уволен в свои поместья, где оставался до 1805 г., когда был поставлен во главе войск, двинутых в Баварию для совместных действий с австрийцами против Наполеона. В операциях своих Голенищев-Кутузов должен был подчиняться указаниям из Вены, откуда настойчиво требовали наступления и выручки Макка, окруженного под Ульмом. Имея в виду дальность расстояния и то, что армия его не была еще вполне сосредоточена, Голенищев-Кутузов вопреки этим настояниям принимает самостоятельное решение отступить. На предложение австрийцев удерживать Наполеона на каждом шагу Голенищев-Кутузов отвечает: «Если мне оспаривать у неприятеля каждый шаг, я должен буду выдерживать нападения, а когда часть войск вступает в дело, случается надобность подкреплять их, от чего может завязаться большое сражение и последует неудача».
Когда 15 октября обнаружилось наступление Наполеона на Браунау и Зальцбург, Голенищев-Кутузов отступил за реку Траун. Дальнейший план действий, высказанный им императору Францу, заслуживает особого внимания: «Отдать Вену французам, действовать неторопливо; сперва защищать переправы на реке Энсе, потом перейти на левый берег Дуная, не перепуская за собой неприятеля; соединить все разрозненные части союзной армии и, собравшись с силами, начать новую кампанию». Предлагая, таким образом, меру очень тяжелую – отдать Вену, Голенищев-Кутузов советовал преследовать цель более важную – сосредоточение сил, основной принцип военного искусства. Согласно желанию императора Франца было решено: русской армии держаться за рекой Энсом, а затем в предмостовом укреплении у Кремса до подхода подкреплений. Выдержав бой у Ламбаха, разрушив мосты на реке Траун, Голенищев-Кутузов 23 октября достиг реки Энса, заслонился укреплениями и рекой, но отход австрийцев у Штейна обнажил его левый фланг под удары Даву, Мармона и Бернадота. <...>
Тогда Голенищев-Кутузов вторично решается не исполнить приказания императора Франца – защищать предмостовое укрепление у Кремса во что бы то ни стало, – и 27 октября <...> сам переходит на левый берег Дуная. Это сохранило русскую армию, улучшило ее стратегическое положение и разрушило план Наполеона, который на следующий день стал свидетелем уничтожения дивизии Газана при Дюриштейне, результатом чего был переход корпуса Мортье на правый берег Дуная и вследствие этого безопасность правого фланга и тыла русской армии.